神奇小工具丨ggplot处理标签遮盖问题工具ggrepel

有时样本比较多，而我们想在图形中添加标签的时候，容易出现标签遮盖的问题，ggplot2的辅助包ggrepel就是专门处理遮盖问题的。

ggrepel（https://github.com/slowkow/ggrepel）是发表在github上的开源包，使用之前是要先安装：

安装稳定版本：

install.packages("ggrepel")

或者安装最新的开发版本：

install.packages("devtools")devtools::install_github("slowkow/ggrepel")

睁大你的眼睛，原图来袭：

图片来源于ggrepel在github主页

孙老湿举栗子

library(ggplot2)

library(ggthemr)             #载入上期介绍的主题配置包

library(ggrepel)              #载入ggrepel

ggrepel就一个函数geom_text_repel，是对geom_text的封装，geom_text的参数geom_text都可以用（除了vjust，hjust，position，check_overlap），常用参数如下：

参数	说明
segment.color	连接点与标签线段的颜色
segment.size	线段的粗细
segment.alpha	线段的透明度
box.padding	文本框周边填充
point.padding	点周围填充
arrow	线段添加箭头
force	强制性将重叠文本散开
max.oter	最大迭代次数
nudge_x,nudge_y	标签开始位置在坐标轴的移动距离

我们使用mtcars数据集作为演示，用head()函数查看前6行，用mpg和wt变量绘图：

首先我们用ggplot的geom_text()函数绘图，效果如下：

ggthemr("flat")

p <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) +

   geom_point() +

   geom_text(aes(label = rownames(mtcars)))

p

我们在用geom_text_repel()函数绘图：

p<- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) +

    geom_point() +

    geom_text_repel(aes(label =rownames(mtcars)))

p

p<- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg, col = factor(cyl))) +

    geom_point() +

    geom_text_repel(aes(label =rownames(mtcars)),

                    box.padding = unit(0.35,"lines"),

                    point.padding = unit(0.5,"lines"),

                    show.legend = F,

                    size = 3)

p

本系列课程主要侧重于讲解图形原理，以及在R中的实现过程，并没有特意追求美观，故很多图的细节部分修饰有限，大家重点理解实现过程。

有任何问题，欢迎在文末留言讨论。

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回复文字：好好学习，收听喜马拉雅FM电台栏目《一分钟听懂NGS基础概念》，让生信分析不再遥不可及。

回复文字：果然科学，给你看另一篇好玩的文章。