神奇小工具丨相关性矩阵可视化工具corrplot

 矩阵数据变量多，信息量大，要想一目了然的可视化，大家的第一反应我相信一定是heatmap，不过今天要给大家分享一个和pheatmap、complexheatmap包不一样的包corrplot，corrplot包专注于相关性矩阵可视化，使用起来更加简单方便。

corrplot主要偏向于使用在相关性矩阵分析中，当然不仅限于相关性矩阵，只要数据类型符合要求。

corrplot（https://github.com/taiyun/corrplot）是发表在github上的开源R包，使用之前需要安装：

安装最新的开发版本：

install.packages("devtools")

devtools::install_github("taiyun/corrplot", build_vignettes=TRUE)

安装稳定版本：

install.packages("corrplot")

睁大你的眼睛，一大波原图来袭：

以上图片来源于：

https://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html

corrplot包的主函数是corrplot，另外还有一个封装的函数corrplot.mixed，可以对上三角和下三角分别控制其显示方式，常用参数如下：

参数	说明
corr	用于绘图的矩阵，必须是正方形矩阵，如果是普通的矩阵，需要设置is.corr=FALSE
method	可视化的方法，共有7中，默认是circle
type	展示全矩阵，还是半角矩阵，默认full
add	逻辑值，若为TRUE，可以添加到现有图形中
col	颜色设置
is.corr	逻辑值，若为TRUE，表示矩阵不是正方形的相关性矩阵
diag	是否显示对角线值
tl.cex	标签字体大小
tl.col	标签字体颜色
cl.lim	值域范围

孙老湿举栗子

corrplot绘图比较简单，我们使用mtcars模拟数据演示，head(mtcars)查看：

install.packages("corrplot")  #安装包

library(corrplot)  #加载包

M <- cor(mtcars)  #计算mtcars变量之间的相关性，返回值是相关性矩阵

corrplot(M, method="circle")  #绘图

corrplot.mixed(M, upper = "ellipse")

corrplot绘图相对简单，大家可以到：

https://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html

网站查看更多的使用例子。

另外ggplot2中可以绘制，略显繁琐，而且ggplot2中也有一款辅助包ggcorrplot大家感兴趣的可以去看一下：https://github.com/kassambara/ggcorrplot

有任何问题，欢迎在文末留言讨论。

/End.

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回复文字：好好学习，收听喜马拉雅FM电台栏目《一分钟听懂NGS基础概念》，让生信分析不再遥不可及。

回复文字：果然科学，给你看另一篇好玩的文章。