查看原文
其他

Graphpad Prism一步步轻松搞定文献中的组合图&生存曲线图

April 生信者言 2022-03-29

 

上一节,我们介绍了Graphpad Prism软件的入门知识,并结合一个具体实例,介绍了软件具体操作步骤(Graphpad Prism轻松搞定论文图表


参照上节介绍的软件的操作步骤,聪明的大家,肯定可以轻松画出各种点图、线图、柱状图,所以这些不再赘述。今天,我们来看以下,文献中常见的组合图和生存曲线图是如何画出来的吧。

 

 

1

  组合

 

组合图,即多张图片组合在一起,还是以文献中具体的一张示例图来演示它的做法。

 

下图是来自2015年发表在新英格兰杂志的文献Vemurafenib in MultipleNonmelanoma Cancers with BRAF V600 Mutations展示了不同癌种靶向病灶直径的变化, 我们来一步步看看它的具体实现过程。

 

 

这个图片包含3个子图,我们先逐个绘制。


A图为一个柱状图,所以选择新建XY数据框,图形部分选择“柱状图”,选择对应的数据格式,如下图:

 


“Creat”之后,在数据框内输入绘图数据,我们便绘制了初步的图了:


当然这幅图与文献中的A图还很大差距,下面就是重要的美化我们的图片了。美化图片,利用的就是菜单栏里面的“change”一栏喽:


这一栏,包含了修改图形类型,坐标轴信息,图形元素,调整背景,魔法棒,数据集调整,图片大小及颜色修改选项,修改对应的信息,只需要单机对应的菜单,或者双击图片中需要修改的信息,相应的对话框便出现了,根据需要进行图片修改。这里,我们需要修改图片坐标轴和图形元素,修改完成后,我们便可以得到以下图形了:


依次,做出B和C图:




下一步就是将三张子图合并为一张大图了,我们使用左侧“Layouts”:




将三幅图分别拖入对应的位置,就得到最终的组合图片了:


ExtendedData Figure 5 | Phylogenetic ctDNA analysis depicts early stage lung cancerevolution(Nature)

 

需要说明的是,在各幅图中可以将任何符号粘贴到图片中。

 

这张图包含了图形元素的修图和图片的组合,原始看起来有点糙的图片,经过调整后,就得到一副满意的图片啦。


最后一步,就是将图片导出为需要的格式。

 

2

生存曲线图

 

医学数据统计,尤其是临床数据分析,生存曲线图是文章中经常出现的图形。下面,我们以2016年发表在《Côlon & Rectum》上的文章Circulatingtumor DNA analysis detects minimal residual disease and predicts recurrence inpatients with stage II colon cancer为例,来看一下生存曲线图的绘制过程。

 


图片上述文献中的Figure 2A

 

这张图片是术后ctDNA检出阳性组和阴性组的无复发生存期的差异分析。它的具体生成过程如下:

 

第一步,建立生存数据表,并输入绘图数据:



输入的数据包含三列,第一列为“Months since surgey”,即随访患者距离手术的时间(单位:月);第二列为“postoperative ctDNA-positive(n=14)”,即ctDNA检测阳性组在随访节点复发状态,无复发为“0”,复发为“1”,示例图中含14例患者,所有此列含14例患者数据;第三列为“postoperative ctDNA-negative(n=164)”,即ctDNA检测阴性组在随访节点复发状态,无复发为“0”,复发为“1”,示例图中含164例患者,所以此列含164例患者数据。


生存数据表格式如下:

 

数据表输入完成后,生存曲线图已自动绘成,见左侧“Graph”对应图:



第二步,根据统计结果,我在图片中添加对应HR值和95%的置信区间,如下:



接下来就是图形调整了,这里不再详细描述,最终我们得到的生存曲线图可以调整为如下:



最后将图片导出所需格式即可。

 

 

以上就是组合图和生存曲线图的绘制方法。


任何一种工具都是熟能生巧的,Graphpad Prism自然也不例外。随着经常使用,大家肯定会有自己的心得和收获的。


 

/End.



往期阅读,请猛戳:


Graphpad Prism轻松搞定论文图表


 

扫码关注,获取更多精彩内容

喜马拉雅FM搜索并订阅:生信者言;收听内容:

《一分钟听懂NGS基础概念》,让生信分析不再遥不可及

《亲爱的姑娘,你值得被温柔以待》,11个真实的人物故事

《众病之王:癌症传》,一起聆听人类对抗癌症的斗争史

回复文字:果然科学,看一篇好玩的科普文。

您可能也对以下帖子感兴趣

文章有问题?点此查看未经处理的缓存