1、优点：①设备简单②操作简单③时间短④形象直观，直接了解粪便菌群的“像”，熟练者对诊断菌群失调有较高的准确性。
2、缺点：①检验者必须有一定的经验，否则易判断错误②主要是定性检查，确定分度较困难。
1、涂片 将新鲜大便直接涂抹在洁净的玻片上，粪便不可稀释以防细菌变形。标本务求新鲜，涂片厚薄适宜。2、外观 肉眼检查外观颜色、形状（若含有膜状物的大便应补做艰难梭菌培养）。3、镜检 染色技术是诊断准确成功的关键，革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌要对比鲜明。镜检时应将涂片视野全面观览，切不可看几个视野就计数或报告。1、细菌总数：观察菌群涂片首先要总览细菌总数。了解涂片上细菌的数量是增多还是减少，有无优势菌或真菌。细菌总数过多的情况较少见或不易引起重视。菌群失调时细菌总数多在正常、减少或消失。细菌总数评定标准每油镜视野细菌数评价：＜10显著减少，11—100明显减少101—500略微减少，501—5000正常，＞5000增多。2、观察革兰氏阳性、阴性杆菌及球菌的比率改变革兰氏阳性杆菌：革兰氏阴性杆菌：革兰氏阳性球菌：革兰氏阴性球菌（包括球菌/杆菌）比率反映了粪便菌群的质素，它一般不受粪便稀释或浓缩的影响，所以较细菌总数有更大的意义，更能反映菌群的本质和预后。选定有代表性视野中的部分区域作细菌分类计数，需要数100—200个细菌以求得比例。检查要点与报告要点为了对菌群失调的诊断有个基本的了解可将直接粪便涂片观察到的细菌分为四类：革兰氏阳性杆菌、革兰氏阴性杆菌、革兰氏阳性球菌、革兰氏阴性球菌。通过标本中四类细菌的百分比、有无比例倒置与正常菌群平衡状态的正常百分比的比较，来评定受检者的菌群状态。一、肠道菌群的种类：正常健康人的粪便，其细菌总数约为1010个/g左右，分类可达几百种，绝大多数是专性厌氧菌，约占总数的99.9%，占少数的是兼性厌氧菌、专性需氧菌及微需氧菌。
二、报告方式：1、文字描述法：具体描述细菌总数，革兰氏阳性杆菌、革兰氏阴性杆菌、革兰氏阳性球菌、革兰氏阴性球菌变化，有无优势菌，可能的特征性细菌，并考虑该年龄段菌群特点，提出肠道菌群的初步印象诊断。
注意事项：病人在选取样本是要求取粪便中段，防止被肛门处细菌病菌感染导致标本检测出错。另外检测过程中，应广泛随机选取视野进行观测，若只选取几个视野，容易扩大抽样误差导致结果不准确或观测不到部分稀少的菌。