广泛的微生态研究样本保存攻略!——凌恩生物微生态样本保存试剂
摘要
广泛的微生态研究范围
高品质样本是决定高品质研究成果的第一步
高保真样本保存, from凌恩生物微生态样本保液
1、广泛的微生态研究范围 广泛存在于自然界的微生物群体与人类的生产生活息息相关——大到地理化学循环中的的微生物群牵涉的物质代谢,小到生物体微环境中的微生态功能,到处都有微生物群体的影子:环境微生态:重点关注微生物群体与所在环境相互关系,包括但不限于环境微生物与环境污染物、微生物与地化循环、或生物体(如植物内生菌等微生物农业研究)的关系,深度挖掘微生物对环境或其他生物体生存发展的贡献或影响,为解决世界环境问题及微生物类促农业发展技术的开发提供一些有效的可持续发展的方法和技术计以理论基础。样本类型包括但不限于土壤、水体、底泥、沉积物、空气、植物叶片或根等。发酵工程:以农业类及食品类研究为主,多见堆肥发酵类及食品发酵类研究,重点关注微生物在发酵过程中的作用贡献及对上下游物质代谢的影响。样本类型多见堆肥、发酵液、发酵食品样本或拭子样本等。人体(或动物体)微生态:号称“第二基因组”,重点关注微生物群体与宿主间的微生态平衡。在外环境影响下,微生态失衡与生物体的生理机能失调相关,是目前生物体健康与疾病研究的重点关注方向。样本类型对多见消化道内容物、粪便、各类拭子、组织块等。……所有上述研究中涉及到微生物群体结构及功能的研究都需要一份高质量的样本作为获得准确研究结果的基础。那么,如何定义一份“高质量”的样本保存?2、高品质样本是决定高品质研究成果的第一步
高通量测序研究可以分析样本中所有微生物的微小变化,但这项技术非常灵敏,微小的样本污染或环境变化可能引发样本中微生态的细微变化都可以被检测到。因此,处理和储存样本过程中的变化就可能影响到研究结果,如何维持样本的真实状态,维护好样本微生态的完整性也是微生物组研究中的一项重大挑战。
当采集的样本无法立刻进行相关实验时,如何确保样本的真实状况不被打乱,便成为高品质研究的第一步——如何实现一份优质的样本采集呢?建议可以从以下几方面入手,全方位准备一份“高品质”的原始样本:
🧪 样本均质化:如果一个样本不是均质样本,那么首先就要使之均质化——因为如果是非均质化的样本,取样的位点变化就会影响到研究得整体结果。用过均质化的过程,可以让样本本身实现同一,这样做也对研究中取得良好的重复性至关重要。
🧪 分管保存:一般建议在初次收集样本时进行等分分装样本,一方面是考虑保留备份样本,可备用于运输途中或其他操作意外造成的样本损失,另一方面,可以为下游其他更多研究提供同等样本。在此过程中分管保存可以避免反复冻融造成的核酸降解,避免样本因此造成的变化影响实验结果。
🧪 样本保护剂:获取的样本需要进行快速有效的固定以保持样本的真实状态,然而超低温冰箱并非能够随取随到,液氮保存样本也可能受到取样环境的限制而无法实现,但原始样本的保真工作却是从收集样本的那一刻就开始了,因此一份可以实现高保真储存样本的便携式样本保存液成为很多研究的首选样本储备方式。
3、低成本高保真微生态样本保真存储试剂盒——凌恩样本保真液(特供)
保真性能,真实测评下图示A,B,C三个样本,在凌恩生物微生态样本保存液中长期保存的保真性能测评:
图1 示16s rDNA扩增子保真性评价实测
图1 示ITS扩增子保真性评价实测