prausnitzii）和3个被标注为其他Faecalibacterium物种的物种中。已知普拉梭菌与多种宿主健康状况有关。它的丰度与宿主肥胖呈负相关，与躯干脂肪量减少具有因果作用。与

分析流程三、主要结果1、荔枝芽样snRNA-seq主要结果利用芽的三种不同形态组织（U、V、F）（图1A）进行单细胞核测序，总共分析了表达

2024年1月2号凌恩生物客户沈其荣院士团队LorMe实验室与西南大学张勇教授（资源环境学院/长江经济带绿色农业发展研究中心）合作的最新研究成果《Effects

velocity的方法重构大豆根瘤分化过程，鉴定到两个新的潜在调控根瘤形成功能的基因：GmbHLH93和GmSCL1，利用毛状根过表达体系验证了其在根瘤形成过程中的功能。图4

functionality”研究论文中，通过对宏基因组测序结果和物理化学测定参数进行分析，发现了湖泊塑料际特有的生态过程对病原体定殖、微生物功能的重要作用。期刊：Hazardous

微生物通过一系列氧化还原反应驱动生物地球化学循环，有的微生物可以耦合不同元素的生物地球化学循环，例如碳、氮、磷、硫等，存在复杂的耦合关系。图

广阔的夜空有几颗星，浩淼的海域有几条鱼，是科学界一直努力解答的问题。各种各样的环境包括土壤、沉积物、排泄物、空气、水体中生活着不同的生物个体，这些生物个体的各种痕迹会携带着自身DNA掉落到四周环境中，这些释放到环境中的DNA，便是我们所说的环境DNA（Environmental

示ITS扩增子保真性评价实测欢迎感兴趣的老师同学抓紧联系您身边的凌恩生物销售经理进行咨询，也可在公众号后台留言。

在微生物生态学的研究中，微生物对基本元素的生物地球化学循环是研究的一个重点内容，主要涉及到碳、氮、磷、硫等元素的生物地球化学循环。这些参与生物地球化学循环的生命有机体的数量、质量及其代谢速率与各种生态系统乃至整个生物圈的结构、功能、动态过程和生产密切相关。

是基于PacBio成熟的单分子实时（SMRT®）测序技术开发的最新的长读长测序仪。通过增加仪器内部的数据处理和运算能力，新系统可以比以往任何时候都更快，更经济高效地直接产生高精度的长读长（HiFi

Reads测序技术开展的基于5例人类粪便样本组装获得的102个的完整单菌基因组（cMAGs）。并在此基础上，对其组装结果的数量、完整性、数据质量、基因组大小等方面进行组装结果的评价。01组装效果比较

微生物群落研究中的多样性指数是指物种多样性测定，主要有三个空间尺度：α多样性（Alpha多样性），β多样性（Beta多样性），γ多样性（Gamma多样性）。每个空间尺度的环境不同测定的数据也不相同。Alpha多样性：指特定群落或生境内的物种多样性，主要关注群落内的物种多样性。Beta多样性：是生境之间的物种多样性，用以衡量群落之间的差别。Gamma多样性：测度最大地理尺度上的多样性，体现一个地区或许多地区内穿过一系列群落的物种多样性总和。图1

学生信，做分析，就上凌波微课！群落中单个物种的绝对定量不看视频看文字版！同学们大家好，学生信，做分析就上凌波微课，欢迎大家扫描二维码关注凌波微课，加入凌波微课交流群参与我们的课程和课下交流，我是主讲人线条姐，今天我们给大家分享的内容是微生态研究中，单个物种如何进行绝对定量？这个问题也是许多微生态研究的老师关注的问题，16S扩增子测序可以获得细菌类群的相对丰度，但很多情况下解释样本的微生态、状态及功能则需要绝对丰度的加持，除了QPCR这种传统的定量手段外，还有没有什么别的方法可以更快捷地实现单个物种的绝对定量呢？其实在微生态的研究中，无论是医口还是农口，都存在类似的问题。微生物的医学研究中，很多疾病的严重程度和治疗反应最直接的体现者实际上是单一病原体的绝对丰度，农业研究中也报道了基于相对丰度的研究结果，很难与作物生态生理指标进行联系。然而，QPCR技术虽然可以用于各种物种的绝对定量，但针对不同样本中的每一种菌都开发一套QPCR的检测方法，他是不现实的。图1

碳水化合物亦称糖类化合物，是自然界存在最多、分布最广的一类重要有机化合物，是一切生物体维持生命活动所需能量的主要来源。作用于各种糖复合物、寡糖和多糖等碳水化合物的酶类构成了地球上结构最多样的蛋白质集合。碳水化合物活性酶数据库（CAZymes，http://www.cazy.org/）是关于能够合成或者分解复杂碳水化合物和糖复合物的酶类的一个数据库资源，其基于蛋白质结构域中的氨基酸序列相似性，将碳水化合物活性酶类归入不同蛋白质家族。该数据库提供了碳化合物合成、代谢、转运等酶的分类和相关信息。

jumping)”而感染松毛虫以外的非靶标昆虫，但同当地菌株季节性感染不同昆虫的“地方病”现象类似，不构成明显的非靶标安全性问题。这种频繁的转主寄主可能会减轻对昆虫病原体的选择压力。图2

皮肤是人体最大的器官。作为保护人体不受外界侵害的第一重防护关卡，皮肤也极容易受到真菌感染的侵害——皮肤癣菌就是其中的一大类。近日南京皮肤病研究所与凌恩生物技术团队合作报道了一类重要的皮肤癣菌Arthroderma

中国有两个香菇种群：香菇和未挖掘的形态学物种，分别命名为A和B。已有研究发现这两个种群的核基因类型不同，根据其ITS2序列，香菇（ITS2-A）包含两个分支（ITS2-A1和ITS2-A2），未挖掘的形态学物种（ITS2-B）也包含两个分支（ITS2-B1和ITS2-B2）。凌恩生物合作客户于《Scientific

微生物群落功能概况对宏基因组组装数据KEGG注释，我们主要关注不同湖水深度中碳固定，氮和硫循环的途径。（1）光系统总体而言，在采样时，光系统I和II的丰度在光合区内20

关于带时间节点的系统发育树，先给大家看一个例子：分支带有物种的分化时间，并添加了分化时间的置信度范围（右图蓝色数字为分化时间）。图片引用自：Guo

range”->填写Label并选择颜色；可以选择Label标签、Clade分枝、Full全部、Off不显示颜色。

串联法和并联法构建进化树串联法(Concatenation)：先将不同物种之间的每个单拷贝基因单独进行多序列比对，然后将这些比对后的单拷贝基因进行首尾相连串接成一个supergene矩阵，最后将这个supergene用于构建系统发育树。并联法(Coalescence)：先将不同物种之间的每个单拷贝基因单独进行多序列比对，并构建每一个单拷贝基因对应的基因树，然后将所有单拷贝基因对应的基因树进行合并重构出相应的物种树，再进行ML系统发育树的构建。目前主流的进化树构建基本都是基于串联法，并联法构建进化树的方法很少见。针对这种情况；Mirarab

穿越数万年）。研究中发现，没有任何一个由单个基因构建出来的演化树与物种树完全一致。造成这一情况有一个非常重要的原因——不完全谱系分选（incomplete

核苷酸序列在不同位点有不同的突变速率。核苷酸序列又分为编码基因和非编码基因。编码基因中，密码子第一第二位往往较为稳定，第三位往往变异速率较高。非编码基因因为受到的选择压力一般较小，所以往往可保留更多突变。不同基因以及不同位点的突变速率不同，可能对所推断进化树的稳定性有很大影响。所以，在多基因建立进化树过程中，设置分隔模型就显得很重要。RAxML、MrBayes、BEAST等常用系统发育软件都支持分隔模型，但并不能帮忙确定最优化的分隔模型设定方案。设置的分隔模型过多，则拟合的参数会过多，

是个跨平台的Java程序，通过内置的PhyML等程序计算模型及相关参数，操作简单。支持命令行形式和图形界面形式，依据个人喜好选择。命令行操作示例：参数说明

Muscle：选择物种对应的密码子表，进行Codons方式的比对后，可以翻译成对应的氨基酸而不会产生内部终止子。需要注意的是输入的CDS必须完整且不含末端的终止密码子。参考文献：Robert

TreeMap用来可视地比较主、从进化树。BEAST贝叶斯进化分析软件。DNATREEDNA序列进化分析软件。Mesquite同MEGA一样，功能繁多，还包含很多复杂的群体遗传学检验、性状分析和模拟

关于生命的起源、进化——从个体到宇宙，生命是如何从无到有，又如何实现了现在的千姿百态——数千年来，这个问题引导着人们无限的遐想与无尽的探索。进化树，将穿越数万年的物种进化浓缩于一图，更是生物学研究中不可或缺的必备工具。构建进化树的类型由于不同的基因或DNA片段的进化速率存在较大的差异，我们就可以利用这些基因或DNA片段来估算各个分类水平上有机体之间的进化关系。构建的系统进化树大致可以分为以下几类：1.

2019.凌恩生物成立于2014年，专注组学技术在科研领域的应用与研究。公司成立以来，技术团队参与的项目成果成功发表在《Nature》《Cell》《PNAS》等国际顶端学术期刊。

细胞铁死亡（Ferroptosis）是代谢紊乱的结果，与肝癌密切相关。然而，肝癌中细胞凋亡的精细调节机制尚不清楚。近日，凌恩客户关于肝癌中细胞铁死亡调节机制的转录组文章在线发表在《Redox