如何从5分文章到10分以上文章

By季博

这两年大家科研水平都提高了，很多老师的目标已经不是5分以上，而是10分以上文章。这段时间，不少老师找过来问个问题，“同样的临床问题，为什么我的课题做来做去，都只能在5到10间徘徊，上不去呢？看10分以上文章，跟我做的差不多呀，很多也没我做得深呢。”

确实，这个情况现在很普遍，季博也在不断总结，今天就跟大家分享一下。

季博喜欢从实际经验进行总结，这样才可靠。那就从我最开始帮临床专家看课题开始。

1、做基因阶段

十多年前，很多临床专家做研究，是不做基因的，仅观察现象。季博就开始给专家们讲临床研究的课题设计，指出临床问题的出现，最核心的地方是基因出了问题。“疾病，都是基因惹的祸”。临床药物的药靶是基因（蛋白编码基因）。

2、完整设计及新基因阶段

其实上面这个图，完整图是有机制部分的。完整课题设计包含五大部分。提出的课题假设是“A基因通过B机制在C疾病中发挥D功能”。课题设计的四要素。

在四要素完整的前提下，指出，创新性应该是在A基因，也就是说，我这临床研究的课题是要找到解决这个临床问题的“新候选诊疗靶点”。

创新性在A基因，课题中要找新功能基因，这一点，很多老师都做到了。

3、机制深度和热度

在四要素都齐全，且A基因创新性OK的情况下，更深入一步提出机制的深度。机制的深度才是课题严谨性体现的地方。提出10分以上文章，机制上需要做到直接互作。

并指出，如果是要发到20分以上，需要在机制细分方向上与目前领域内的热点相关。

4、完整路径

最终从CNS文章中提炼出我们临床基础研究的路径，从临床问题开始，收集临床样品，用组学筛选差异基因（确保候选基因的临床相关性），信息学分析找有创新性的基因（确保候选基因的创新性），功能高通量筛选新功能基因（确保候选基因的功能）。到这一步，我们就拿到该临床问题相关、有创新性有功能的基因。这一步拿到的每个新功能基因都是一个独立课题，在此基础上，把细胞及动物实验补充完整，把机制做上。数据都比较理想的话，5分以上文章就有了。如果要发10分以上，机制做到直接互作。如果要发20分以上，多筛新功能基因，把跟热点相关的新功能基因做深，做严谨，往20分以上冲。

很多老师，是按照这个路径走的，在功能高通量筛选这一步拿到与临床问题相关的新功能基因后，很多老师按照建议去申请国自然，大部分老师都顺利拿到青年基金或面上项目。再往下做，很多老师把5分以上文章发了。而10分以上文章，却不多。

不是没有做直接互作，不少老师拿A基因做了IP-MS，做了CO-IP验证。但，仍然上不去。就如JBC杂志的文章一样，都是直接互作的数据，但只能发在JBC。不是说JBC不好，JBC虽然只有4分，但其可是二区杂志哦，因为其实验是直接互作很严谨，是高分文章的基础。

为啥上不去呢？

在机制的3大类中，I类机制，要找的B基因，要求是重要的通路分子，因为我的A基因是未报道的，这个A意义有多大，就看A踩在谁的肩膀上。所以，这里B基因一定要为重要的通路分子，或者是近两年发表过CNS文章的基因。

那么我们来看看III类机制，要找直接互作的B基因。不少老师拿A基因做了IP-MS，找到CO-IP可验证的直接互作基因B。如果这个B基因，最高文章就发个7、8分，那我的A基因如何踩着他上10分呢。

上不去10分的课题，大部分的问题出在这个地方，有创新性的A基因，找到的B机制，平淡无奇，衬托不了A基因的重要性。

I类机制中，A基因干预后做个组学，从组学中可以很容易找到明星分子及通路，根据找到的明星分子或通路补充相关个性化实验，如果不顺利，换个明星分子或通路。组学数据中一堆的明星分子，所以，5分文章很容易发。而且不少老师，验证的时候会多找几个明星分子和通路，在第一篇5分发完后，这个组学中验证出来的其他明星分子或通路，还可以再发发小文章。

但III类机制，IP-MS出来的基因，如果CO-IP验证出来的基因B，没发过什么好文章，想换，很难。或许，A基因发挥功能，其下游的明星基因并不与A直接互作，这种情况并不罕见。季博前面文章中说过一个情况，大牛实验室墙上，有3类文章。第1类，CNS。基因创新性好，所研究问题重要，机制是明星分子。第2类，molecular cell等，基因创新性好，所研究问题在领域内不是最重要的哪一类，或者机制找到的B，不在现在领域内关注的第一梯队里面。或者，验证上缺点东西。那就投MC。第3类，JBC，基因创新性好，可惜运气不好，跟最重要的问题没关系，B基因跟领域内关注点没关系。那就投JBC。所以，很多JBC的文章，做得跟CNS差不多。

哪岂不是要做到最后，看运气啦。

其实，还是可以努力一下，改变运气。给大家讲个故事，有个国外的专家，吃饭时开玩笑介绍他的研究工作，“我发CNS其实挺简单的，找个现在CNS关注的点，关注的基因，拿这个基因做IP-MS，MS出来的基因，验证出来就是一篇CNS”。说得好像很轻松，好像是开玩笑，但其中有个很重要的点。在一开始做课题设计的时候，就冲着某个明星分子，某个热点去了。找可直接调控明星分子的新功能基因。P53就是一个很好的例子，在刚开始发现P53是抑癌基因后，每发现一个可直接调控P53的基因，只要论证严谨，都是CNS级别的文章。

5分文章，一开始可以不考虑这些，等高通量筛选拿到新功能基因后，因为是有功能的，后续怎么做都能找到I类机制的明星基因。但10分以上文章，就需要多考虑了。

如果目标是10分以上文章，在组学做完，上高通量功能筛选之前，上高通量功能筛选的候选基因，就必须考虑明星机制，且为可能的直接互作的机制。这类基因上高通量功能筛选。虽然不能保证一定找到有创新性有功能的A基因，且找到直接互作明星B机制。但成功的概率大于一开始不考虑。

具体怎么做？不同的专家做法不一样，都有自己的一套方法。这种深度挖掘工作，季博是找朋友帮忙的，以前季博了解后会在微信中分享，结果被威胁，把人家看家本领给公开了，以后就不帮忙了。哈哈。

今天给大家分享两个路径，这两个是已经在微信上说过了，问题应该不大。

路径一

1、组学数据出来后，比如芯片数据。先从芯片数据中找与本临床问题相关的明星基因，尽量是发过CNS文章的基因B。

2、因为芯片检测的是转录水平的改变，所以根据这些基因，预测转录因子。

3、把这些转录因子返回到芯片中看，是否与明星基因存在表达上的相关性。拿到与B表达相关，且预测上为B的转录因子A。

4、如果A在此临床问题中未见报道，功能高通量筛选中有功能。那么后面机制就是A直接调控明星分子B。

前面微信文章“Nature：三阴乳腺癌的协同药靶-研究思路借鉴”，其中用的就是类似路径。

提醒一下，这篇nature文章的核心不是在这个机制上，而是临床意义。转录因子与靶基因的直接调控关系，如果要发到10分以上，还需要补充个性化实验，具体要补的实验看明星分子B做过啥。

路径二

其实转录因子与靶基因，论证严谨度上，没有酶调控验证深。所以，现在季博指导课题，建议做酶，做激酶。求其上，得其中嘛。尽量往高的走，最终看数据结果。

1、转录组，磷酸化蛋白组。就如贺福初院士和樊嘉院士刚发的nature文章一样，做多组学，跨组学分析。

2、转录组中找激酶，预测底物，底物到磷酸化蛋白组中看差异。拿激酶与底物的关系对。“这个地方为啥不看明星基因了呢”。因为大部分激酶本身就发表过高分文章。只是没在我所研究的临床问题中报道过。“那直接做转录组中的激酶就OK了呀”。因为转录组中激酶会有很多，不少其实在我所研究的临床问题中是打酱油的。通过磷酸化蛋白组来做一次筛选，提高成功率。

3、把激酶或底物，上功能高通量筛选。拿有创新性的功能基因。后续以激酶与底物的磷酸化调控为机制。

激酶后续怎么做，可以到季博公众号C-research上查看往期CNS文章的分享。

以上两个路径，其实是很多大牛实验室的常规路径。如果这两个路径走不通，就需要再找特殊路径了。如果您遇到这种情况，找季博，看看能否找到人帮您解决。科研遇困，找季博。如果您有好的路径，也愿意帮助其他人的话，也联系季博，或许有老师正需要您的帮助。

总结：

1、寻找领域内核心临床问题。

2、收集相应临床样品。

3、组学筛选差异基因，这里，如果经费允许，至少做转录组及磷酸化蛋白组。

4、组学中，如果只有转录组，先走上面路径一。如果两个组学都有，先走上面路径二。不过，路径二的成功率比路径一大。

5、遇到问题时，再找季博。不能保证能够帮您解决问题，但可以分享经验，或许别人的一个小经验可以帮您解决大问题。

您要是觉得本文有用，请分享给需要的人，能帮到更多的人，善莫大焉。