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都9102年了还在用SPSS做统计?Prism了解一下?

我是大师球 投必得学术 2022-05-07


继我们发表《科研论文作图之Graphpad Prism》之后,我们本着要做就要“做的精”的精神,编辑部沟通决定对GraphPad Prism(以下简称Prism)软件的功能进行进一步拓展学习,后续我们也会根据读者们的留言进一步补充、解答和完善这款软件的内容。本期主要内容是简单介绍Prism在统计中的使用。
一、Prism做统计的优势


医学统计,无论何时都是科研狗心中的痛。老款统计软件主要包括ExcelSPSSSAS等。基于编程的R语言和Python目前是比较火的两种统计方法。它们极大地提高了科研工作人员的工作效率,但这些软件对统计零基础入门的同学们并不友好,对天天忙碌的医学或科研狗来讲也只能说消化不良。可谓每一个软件的灵活使用都必然经过一番千锤百炼,否则总是会活在统计的阴影之中。


另外,总体而言,生物医学统计和操作并没有太复杂,所以以上经典统计软件的许多功能都用不上,并且这些软件后期还需要作图加工等,过程复杂,让人难以下咽。


基于以上几个原因,Prism应运而生,因为它不仅能分析数据还能快速作图,导出高清图片,简直是生物科研狗的福音,安装以及作图教程详见我们之前的推送《科研论文作图之Graphpad Prism》。


二、统计分析的基本操作

首先简单了解下常用的统计方法(下图),以此,大家可以自己比较SPSSPrism统计的差别。

(图片来源于互联网)


下面我将为大家详细解释Prism的统计分析法。分析操作全部都是基于以下基本分析进行,即打开Prism主界面,输入数据之后,点击Analyze,即可弹出统计方法选项卡。



三、主要统计方法分类注释


因为软件涉及的分析方法太多,在这里挑几个常用的分析方法来解释并举例说明具体操作步骤。


首先把具体的分析内容翻译一下,供大家参考(建议英语好的直接看原文)。


1. XY分析:a. 非线性回归(曲线拟合);b. 线性回归;c. 拟合样条/LOWESS;d.平滑、区分或整合曲线;e. 曲线下面积;f. Deming(模型II)线性回归;g. 行均值与标准差或标准误;h. 相关性;i. 内插标准曲线


2列分析a. t检验(和非参数检验); b. 单因素方差分析(和非参数单因素方差分析);c. 独立样本t检验和威尔科克森检验;d. 描述统计;e. 正态和对数检验;f. 频率分布;g. ROC曲线;h. Bland-Altam法比较;i. 识别奇异值;j. 分析P值堆栈

 

3.  分组分析:a. 双因素方差分析;b. 三因数方差分析;c. 行均值与标准差或标准误;

 

4. 列联表分析:a. 卡方检验(和Fisher精确检验);b. 行均值与标准差或标准误;c. 整体的构成


5. 生存分析: 生存曲线


6. 整体各部分的分析:a. 整体的构成;b. 观测分布于期望分布比较


7. 多参数分析:a. 关系矩阵;b. 多线型衰退;c. 提取和重新排列;d. 选择和转移;e. 描述统计;f. 识别异常值


好了,看完以上7条是不是觉着Prism做统计的功能很强大?但又一脸疑惑,这都是啥啊?



各位看官别着急,且看我们常用的统计方法实例: 

四、常用统计方法举例


下面以小编手里的这几个数据为例,简单举例说明几种常用的检验方法,其他检验方法均与这几种方法类似,只是细节上的差异,我们会在接下来的内容中依次提到。


01独立样本t检验(Student's T test)


首先输入数据,单击Analyze,选择T检验(图中比较的是NCMimics组中的PTEN基因变化)最后确定。



接下来选择实验设计方案、分析方法、方差齐性检验以及双尾检验方法,点击OK




这时候你就能看到实验结果了。我再稍微解释一下结果分析的内容,就大功告成了。有兴趣的同学也可以将数据与SPSS的计算结果进行比较,看是否一致。



注:F检验,即方差齐性分析,这个跟SPSS是一样的,都是看数据的方差是否存在差异,如果有则需要Welch校正,Prism软件中也有这个选项,在复选框中勾选即可。


02单因素方差分析(One-way ANOVA)


基本操作如t检验,因为要比较三组间的差异性,选择单因素方差分析。进入复选框;



在这里复选框选择非配对检验、多重比较等,Tukey法多重比较。





分析结果如下:首先是方差Brown-Forsythe分布检验(类似于F分布),结果显示差异不显著,说明符合方差齐性检验。所以进行下一步多重分析(事后比较)。




注:服从正态分布及方差齐性多组数据的比较,多采用单因素方差分析(One-way ANOVA),结果可以用Mean±SD/SEM表示;必须进行Post Hoc检验即事后分析或多重比较,如Tukey's(最常用,需要样本数目相同)、Bonferroni(比较次数不多时效果好)、Student-Newman-KeulsS-N-K)、Dunnett等事后检验。


看完以上分析是不是觉着基本的统计数据分析也很简单呢?看完注释是不是觉着SPSS的统计方法在这里大部分都能在这里找到呢?没错,这款软件是我们提高科研效率的又一大利器之一。什么?意犹未尽?好,接下来我们会分享Prism更多的内容分享,欢迎大家关注我们,让我们共同进步!



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