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引物设计?现成的随便拿啦!

2016-06-08 Freescience 弗雷赛斯
Freescience按:

啥叫引物?就是你想看看某些样本,或血液或组织里有没有某一种你感兴趣的基因的表达,通畅情况下,你要根据你的目标基因,根据碱基互补配对的原则,设计上下游两条核苷酸序列,遵循什么原则设计,那有很多指标,也有一些常用软件,比如:Premier5和Oligo7。

但我的电脑太老,讨厌又要装啥软件(刚卸载了Visio,哈),也懒得到处找破解版,还要不断调试各种参数,有没有现成的?有啊!推荐这个在线工具:Primer bank(百度下,第一条网址就是了嘻嘻)

这是个免费的PCR引物库,属于哈弗大学,有近20万条现成的引物可供查询和选择,更让人惊喜的是,其有效率接近90%,比我自己设计的还高,不用才傻。


以下以查找EGFR的引物为例:



1、首先,到NCBI上,左边选择Gene,右边输入EGFR。




选择你想要的,如图,第二个是老鼠的,我们选择人的EGFR(homo sapiens),ID是1956,因为不同物种同一个基因的引物是不一样的。



进入primerbank的首页,Search by选择NCBI Gene ID,Species(物种)与之前对应,即人,For text里要和Search by里内容相应,这里就是输入1956.



以上就是结果啦,共有2对引物,看第一个,PCR产物是177,引物长度是21,各种指标都很标准,把这个序列告诉生物合成公司,老板交给的任务搞定,耶。。。





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