这篇文章，没做半点实验怎么就发顶级期刊Immunity了？！
概述
来自大量肿瘤样本的基因组和转录组学数据已被用于研究肿瘤微环境（TME），其中免疫浸润水平的测定鉴定出了卵巢癌，黑色素瘤和胰腺癌等癌种的分子亚型，这些分子亚型在免疫基因表达模式上存在一定差异。
肿瘤免疫疗法对癌症的治疗策略产生了广泛的影响。针对CTLA-4，PD-1和PD-L1的抗体对多种恶性肿瘤表现出一定的治疗效果。虽然TME对免疫疗法治疗策略的设计至关重要，但我们对TME如何驱动这些反应的生物学原理尚未完全了解。
今天我就来解读一篇发表在免疫学顶级期刊 Immunity（IF=19.734）上的文章，文章没有做任何湿实验，全靠数据分析！
本文整合多种免疫基因组学方法来探究TCGA的33种癌症TME
2）来自mRNA-seq数据的反卷积分析的免疫细胞组分
3）免疫基因表达特征
4）新抗原预测
5）TCR和BCR谱系推断
6）病毒RNA表达和体细胞DNA突变
7）控制TME的转录调控网络和细胞外通信网络分析
8）决定TME特征的种系因素及预后模型开发
重点
1、建立了泛癌肿（跨越不同组织类型和分子亚型）的六种免疫亚型
2、六种免疫亚型在体细胞突变、微环境和预后上呈现不同特征
3、分子网络的多种控制方式影响肿瘤免疫相互作用
结果
设计思路
免疫亚型分析
A、从已有的文献中挑选160个免疫表达标签中的5个：
1)macrophages/monocytes
2)overall lymphocyte infiltration
3)TGF-β response
4)IFN-γ response
5)wound healing
B、将全部30个癌肿（去掉血液类型肿瘤）进行分型。
C、得到六个亚型
肿瘤免疫浸润的组成分析
A、白细胞占比（LF）
B、LF在不同癌种和免疫亚型上分布不同
C、LF最高的top3癌种包括对ICHs响应最好的LUAD、DSKCM和HNSC等。
E、淋巴区域中的肿瘤空间占比在不同免疫亚型之间分布不同（TILs分析的结果）
免疫亚型与预后分析
A、六种免疫亚型在OS上存在显著差异
B、五个免疫表达标签的一致性指数与OS关系
C、六种免疫亚型的T helper细胞一致性指数
D、免疫特征构建的风险模型：高/低风险组的OS生存曲线
E、风险模型的预测性能评估（ROC）
F、风险模型与stage和tissue构建的多因素模型在训练集和全部样本集上表现性能
免疫响应与体细胞变异关系
A、DNA损伤（基因组不稳定性）与LF的关系
B、CNV与LF的关系
C、驱动基因和原癌基因突变在六种亚型上的富集
D、驱动基因和原癌基因突变与LF的关系
E、性别和种群的八种免疫特征分数在不同癌种上的情况
免疫遗传学的分析
A、新抗原负荷
1)大多数pMHC来自于单个SNV
2)出现频次最高的pMHC主要来自于BRAF、KRAS、IDH1等基因的突变
B、TCR和BCR在六种亚型上的多样性分布
C、pMHC与CDR3的关系
免疫模块的调控分析
75个IM基因
1）mRNA的表达情况
2）IM基因的表达与甲基化的相关性
3）IM基因的表达与CNV Gain的关系
4）IM基因的表达与CNV Loss的关系
研究方法
A数据
B软件和算法
结论
本文系统性的分析了来自33种癌症类型的10,000多种肿瘤中免疫基因组学特征的广泛评估。相关结果可以在CRI iAtlas门户网站上获取。
共表达聚类的荟萃分析揭示了跨越多种肿瘤类型的免疫亚型，其特征在于巨噬细胞或淋巴细胞特征，T辅助细胞表型，肿瘤内异质性程度和增殖活性的优势。
通过多种方法评估所有肿瘤样品的免疫细胞含量。这些包括从基因表达的解卷积和DNA甲基化数据估计免疫细胞部分，从突变和HLA分型预测新抗原-MHC对，以及从RNA测序数据评估BCR和TCR谱。比较免疫和癌症亚型之间的免疫细胞含量，并鉴定出与TME变化相关的体细胞改变。
通过整合已有的相互作用关系，预测了可能影响TME的调节网络和TME中的细胞内通信网络。OS和PFI在癌症类型内和癌症类型之间的免疫亚型之间存在差异。
总之，文章鉴定出了跨癌种的六种稳定且可重复的免疫亚型。 这些亚型与预后，遗传和免疫调节改变有关，这些改变可能影响我们观察到的特定类型的免疫环境。 随着我们越来越多地认识到肿瘤免疫环境在预后以及对治疗的反应中起重要作用，肿瘤免疫亚型的定义可能在预测疾病结果中起关键作用，而不是仅仅依赖于特定癌种的特定的特征。
以上就是一篇19分+的文章的全部思路！
没有做任何湿实验！
如果大家再回想下上次和大家讲的当生信扯上免疫，原来文章上5分是这么简单......这篇文章，大家能发现5分和19分文章之间的差距么哈哈哈
关于免疫微环境的具体生信做法，我已经录成了视频课程，至于价格，本来想定至少399元的，为啥呢？一篇5分的文章值多少钱呢？市面上很多1天多点的培训班课程随便蜻蜓点水下就收个两三千，哎，不吐槽了......
但是弗雷赛斯主编说fs是非盈利组织，不能这么贵，最多不能超过199元，所以就暂时定199吧，只限1个月，暂无再次特价的计划。
当然，即使手把手的课程，对于一些同学来说还是不够，要知其然，知其所以然！光会跟着做有啥用。
所以我决定：所有购买课程的同学，有关课程的细节问题都可以直接问我！
凭购买成功截屏加客服同学微信（长按以下二维码），然后会有一个专门针对这个课的学习小群。注明“生信免疫”，暗号不对不通过。
事实也说明，答疑是非常有必要的！！！
猪师兄嘱托：
生信学习需要持之以恒，大家可以到目前国内最大的生信学习社区（https://shengxin.ren/）逛逛，尤其是神秘的SangerBox可视化生信分析软件，相信对大家玩转生信一定有益。
好滴，今天就到这里啦，如果你对哪些生信文章的套路感兴趣，可以在留言处提供，我尽量满足啦
浙江大学硕博创建非盈利组织
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