UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC) | 自由微信

UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)

原创 2017-08-29 陈同生信宝典

TCGA有自己的一批工具，ICGC也有自己的网站，但好的资源都是要整合起来，整合越多越好（虽然事实不一定如此，但有这个想法的人不少），用着才更方便。这就靠今天介绍的UCSC XENA来实现了。

首先说下UCSC，对于生物、医学的研究者来说，并不陌生，无论是这个学校还是这个网站。

数据分析所用的参考基因组序列、基因注释信息、重复序列信息、区域保守性信息、CpG岛信息都可在UCSC的FTP服务器或TableBrowser获取。当然也可以在ENSEMBLE，详细阅读 NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件。
UCSC基因组浏览器是基因组测序数据可视化的一个标志性工作。漂亮的图形展示，PDF出图，便捷的在线操作，丰富的调控信息，繁多的公共数据集，特有的多样品Overlay展示等，都是其特色。也可以在本地安装UCSC基因组浏览器，用于测序数据可视化（三） - UCSC genomebrowser。

然后就是隆重出场的UCSC Xena了。

UCSC Xena功能基因组浏览器是集分析、可视化、Galaxy与一体的新一代在线数据分析和可视化平台。现有91个队列的1098个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等都进行了标准化处理。因此不同的数据集之间可以组合比较。

另外 Xena 提供了ICGC Data Portal的Chrome扩展，可以在ICGC的界面加入XENA的Heatmap展示，不过没有测试成功。

这次测试Xena插件时，去ICGC的官网又看了下，网站又更新了。好在变化不是特别大，之前ICGC数据库的使用和TCGA数据库在线使用都还可以用。

数据库的使用主要靠自己去多操作，仔细读，多看文档，不要想着一下就可以找到想要的内容，尤其是刚接触时，就当看小说，多浏览几页，就知道都有什么了。在熟悉了几个基本操作，几种常见的数据类型和展示方式之后，数据库再怎么改版也一样操作了。

XENA提供的这个视频对熟悉XENA的使用提供了很多帮助，剩下的就看你要解决什么问题了。