最简单的漂亮的生信绘图工具

十一之前，出了一期画图专辑：好色之旅-画图三字经简洁明快地总结了生信宝典推出的一系列画图相关文章，包括多种形式的热图、线图、柱状图、箱线图、泡泡图、韦恩图、进化树、火山图、生存分析等(点上面的链接还有美女相赠)，这些都是基于R代码或简便封装的R脚本，便于学习和使用。另外还有Cytoscape和其它作图工具以及图形排版的介绍，是在家作图、出门收藏的必备良品。

代码很简单，封装很方便，但在使用时还是有不少朋友遇到不少问题，那么有没有办法不写代码就可以直接出图，并且既简单易用，又可定制，还能得到矢量图。

神器来了，生信宝典团队开发的在线绘图工具eChart(也请大家给起个名字)开始公测了，有问题或新增功能或用着不习惯的地方还请反馈。

图形支持

设计有生信分析常见的14种图，开始公测的有3种，线图、泡泡图和热图。

整体界面

初进入是网站展示和图形Demo界面。轮播图中贴心地提供了R中支持的颜色的名字和代码，方便绘图时查询使用，用户可点击右上角按钮全屏查看。下方每个Demo图点击都可进入相应绘图页面。右侧侧边栏有4个二维码，有我们的公众号和联系方式。页底有信息反馈邮箱，有问题或新增功能或用着不习惯的地方还请反馈。

数据格式

输入数据格式根据绘图需要支持两种格式，Wide format和Long format。

Wide format每一列为一个变量，更像常见的基因表达数据，比如每一行为一个基因，每一列为一个样品，适合于中规中矩的矩阵，可读性好。

Long format最简单的格式是两列，一列包含所有变量类型，如前面提到的样品，一列包含所有值。常见的基因表达矩阵从Wide format转换为Long format后有三列，一列为GeneID, 一列为样品名字，再一列 (通常列名字为value)为基因表达值，表示对应基因在对应样品的表达量。这种格式方便程序处理，也适合不规则数据。

初使用此网站对输入数据结构不熟悉的用户，可以试用给出的默认输入数据，并仿照其格式编辑自己的数据。注意表格类输入数据要以tab分割。

绘图布局

绘图页面布局参照下图，提供数据和必选参数就可提交了。如果想更多调整布局和增加元素，可在对应版块针对性修改。成功绘出的图片会显示在页面下方，并提供下载功能。绘制完后，可继续调整参数，以使图满足需要。

线图

线图支持2种输入格式，基因表达趋势图使用常见的Wide format，只是样品为行，基因为列，在Excel中可以很轻松转置；如果有需要，后期也会提供在线处理功能。

Wide format没有必填的参数，输入数据后，直接点击Plot就可以出图了。

再复杂一点，增加标题、X-轴、Y-轴标题，调整图例位置和X轴旋转，就得到了右边的图。(黄色字体为对应参数，绿色文字为参数设置的值)

线图还支持长表格格式，需要特别注意的是value列是必须的，而且列的名字必须是value。这种格式下有必填项需要指定哪一列作为X轴X-axis variable和哪一列做分组信息 (图例信息)Legend variable，同时需要指定X轴是数值类型Continuous还是字符串类型Discrete (数字可以做为数值处理，也可以作为字符串处理，根据图形意义的需要来选择)。然后就可以点击Plot出图了。

这个图还可以继续美化，比如增加垂线标记启动子区域，横轴改为生物含义的标示，线可在不违反趋势的条件下更圆润一些，更改线的颜色和排列顺序等。注意使用到的符号为英文符号，颜色可以是名字 (见首页颜色表)，也可以是颜色代码 (颜色参数旁边有个调色板，可获取颜色代码，写入颜色设置框中)。

富集分析泡泡图

富集分析泡泡图只需要输入Long format的输入格式，也是之前推荐的富集分析工具去东方，最好用的在线GO富集分析工具和GO、GSEA富集分析一网打进直接输出的格式。

输入数据后，必须填入的参数为X-轴类型，X-轴信息所在列名字，Y-轴信息所在列名字，点的颜色变量和大小变量，具体见下图标识 (黄色字体为对应参数，绿色为参数设置的值)或按网页提示填写即可，直接点击Plot就可以出图了。

若只有一组数据，X-axis variable一般选择GeneRatio (continuous variable)；若有多组数据，X-axis一般选择SampleGroup (用于标识分组的列)。

这是另外一种情况，同时用上了GeneRatio作为X-axis variable，SampleGroup作为Shape variable，并且改变了点的颜色等。

热图

热图的输入数据主要包括Data matrix (wide format)和Annotation matrix两部分(注释不是必须的)。

最简单情况下，只需要输入数据矩阵，点击Plot就可以出图了。

还可以选择是否需要按行或列聚类，X-轴标记倾斜角度，是否进行标准化和更改颜色。

颜色设置有多种方式，可以提供两个边界颜色 (white,blue (colortype设置为continuous，表示最小值为白色，最大值为蓝色，生成一系列的色阶))；如果只有有限的数，想单独赋给颜色，可以选择colortype为Discrete。

另外一个重要功能是添加注释和更改注释项的颜色，添加注释比较简单，如果是行注释，那么文件的第一列与Data matrix的第一列内容一致；如果是列注释，文件第一列与Data matrix的第一行内容一致，其它的列根据分组信息自由标记就好。系统会自动给注释赋值颜色，通常都是足够使用的。

如果想自定义颜色，就复杂一些了，按图中的示例，连续型变量Count需要赋值一个颜色向量，表示对Count列的值从小到大颜色赋值为white到red。离散型变量Type，则需要对每个值分别指定颜色。Type和Count都是注释矩阵中的列名字，需要根据需要修改。如果是离散变量，每个值也需要修改。

生信宝典培训班

生信宝典系列培训班，陆续开班，前3个系列可能做出在线视频模式，从第4个系列线上线下同时开始。

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