中科院单细胞分析算法开发博士带你做单细胞转录组整合分析
2019年10月9日，单细胞转录组再登Nature。题为Decoding human fetal liver haematopoiesis的研究，对受孕后4周至17周的人胚胎肝脏、卵黄囊、肾脏和皮肤组织的单细胞转录组数据进行分析，构建了完整的人胚胎造血和免疫系统发育图谱。（https://www.nature.com/articles/s41586-019-1652-y）
单细胞转录组之前是跟常规转录组一起开课的，但后来因为涉及内容多，也需要更专业的讲解，8月份第一次单飞独自开课，邀请中科院单细胞分析算法开发博士倾力授课，一鸣惊人，取得了很好的效果。
现于2019年11月29日-2019年12月1日在北京鼓楼推出《单细胞转录组数据整合分析第二期》专题培训，在第一期基础上进一步精进提高，适合研究临床、动物、植物的科研工作者参加。
如果时间等不及，可以参加我们的线上视频课程，随时加入，随时开始。（购买之前联系我们，更有办法获得本次课程更新的视频）
课程简介
本课程一共3天，每天6节课，共18节课，全部课程均理论与实战结合(只要课上讲的都是可以带你自己实现的分析)。从分析平台搭建、Linux和R基础、图表解读和实战、单细胞转录组设计、分析标准流程、单细胞分型 (Cellranger, Seurat3, Scater, Monocle3, Scran)，Marker基因鉴定，Pseudo-time分析，单细胞整合分析（CCA，Seurat Anchor, label transfer, ）及功能富集分析及各类高级分析(WGCNA、通路图绘制等)，和CNS级图片修改排版。3天时间，老司机带您完成自学需要3个月甚至是1年的崎岖之路，助力您真正玩转单细胞转录组分析。
课程大纲
每节课1小时一个主题，理论结合实战，学懂原理，实战实操，全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排，如11代表第一天第一节课，26代表第二天第六节课，41为两周后的线上集中视频答疑。
| 编号 | 主题 | 简介 |
|---|---|---|
| 11 | 单细胞转录组特点介绍 | 注意事项 |
| 12 | 单细胞转录组分析环境搭建 | Win/Linux |
| 13 | 二代三代测序原理介绍 | 建库测序过程及注意事项 |
| 14 | 单细胞数据预处理 | 原始数据到表达矩阵 |
| 15 | 基因富集分析和可视化 | GSEA富集分析 |
| 16 | 文章常见图表解读 | 和Illustrator制作CNS标准图版 |
| 21 | 单细胞数据质控 | 细胞基因筛选 |
| 22 | 单细胞数据降维可视化 | PCA，tSNE，umap |
| 23 | 单细胞数据分型 | Kmeans，层级聚类，graph-based method |
| 24 | 可视化、分型实战 | Seurat3 |
| 25 | Marker基因鉴定 | Seurat3, Scran |
| 26 | 基于知识和常规转录组 | 细胞类型定义 |
| 31 | 单细胞发育轨迹分析 | Paga, Monocle3 |
| 32 | 单细胞数据整合分析 | 高级分析, mnnCorrect, Seurat Anchor |
| 33 | 单细胞数据影响因素鉴定 | 批次校正, Seurat Anchor |
| 34 | 圆桌论坛 | 自评学习效果、知识点回顾 |
| 41 | 答疑-线上 | 答疑、考试内容串讲 |
教程内容简介如下：
单细胞转录组技术介绍
单细胞转录组学研究技术介绍
单细胞转录组学实验设计和测序原则、注意事项
二代、三代测序过程和原理解析
单细胞转录组学文章案例分析
单细胞转录组分析
单细胞数据预处理和校正
细胞分型，PCA, TSNE, SC3聚类 (Seurat3, Monocle3, Scater)
单细胞发育演化分析
转录组常见图形在线绘制
单细胞Marker基因鉴定，差异分析和功能分析
单细胞数据整合分析、批次校正
单细胞数据可视化
绘制和理解单细胞分析常见图形
生信基础知识
Linux/Windows下Rstudio和Linux命令的使用
Linux/Windows下转录组分析流程的搭建
(如果基础薄弱，报名付款成功后，可免费领取基础程序课，做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石。)
单细胞系列教程
定制内容
如果您看到文章中有哪些图或分析工作需要重现，也请提出，一起讲述。
如果您有其它关注的问题，也请报名时提出，把这次课程变成您的定制讲解。
主讲教师
陈同，博士，2015毕业于中科院遗传与发育生物学研究所，生物信息专业博士，在Cell Stem Cell(IF=23.2，第一作者兼封面文章)，Nucleic Acids Research，Stem Cells and Development等高水平杂志以第一作者或主要作者发表文章，运营有数万人关注的《生信宝典》微信公众号，给你不一样的学习生信体验。
刘永鑫，博士。2008年毕业于东北农大微生物学专业。2014年中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，目前主要研究方向为宏基因组学数据分析与可重复计算。发表论文10余篇，SCI收录7篇，NBT和Science各一篇。2017年7月创办“宏基因组”公众号，目前分享宏基因组、扩增子原创文章185篇，关注人数5万+，累计阅读千万次。
授课模式
本课程以讲解流程和实际操作为主，采用独创四段式教学，封装好的代码全部分享，随处可用：
第一阶段 3天集中授课；
第二阶段 自行练习2周；
第三阶段 在线直播答疑；
第四阶段 培训视频继续学习；
实现教-练-答-用四个环节的统一协调。
培训时间
2019-11-29 到 2019-12-1 (线下讲解实战)
每天早9点到晚6点，半封闭式教学 (最后1小时为集中讨论时间，最后一天会稍微提前一些，多留出时间讨论，也方便老师乘车返回)
报到时间：开课当天
授课地点
北京市西城区鼓楼附近
课程价格
开课两周前报名 4500 元/人
名额有限，每次课程报名满40人后自动关闭报名通道 （老学员不受限）
提供易汉博基因科技实习机会或工作机会
课程福利
座位按报名并缴费或预付款成功顺序从前到后龙摆尾式排序
赠送价值99元程序基础课一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)
多人 (N，10>N>1) 组团报名并同时缴费，每人还可减免N-1百元 (最高500)
赠送金士顿U盘一个（32G含培训数据和脚本）
附推荐语分享对应的招生信息到朋友圈，截图发到train@ehbio.com 可获得200元生信宝典腾讯课堂课程优惠券（可拆分供多个课程使用）
两周后课程答疑 -你来问，我来答
免费获得价值3998元的线下课程录屏（有效期一年）
注意事项 *
需自备笔记本电脑，推荐使用win10系统（MAC也可），4G以上内存(推荐8G)。
课程实践根据需要会提供云计算平台
培训班所有数据，文档为内部资料，仅供参阅，未经允许不得翻印外传登刊
上课期间禁止录音，录像
成功付款的学员，若临时有紧急事情不能到来的，可申请延期，更换后续培训班；
也可申请退款
若临时有事不能参加，请提前联系。
开课前两周退报，预付款全退。
开课前两周内，预付款退800元，开课前一周内，预付款退500，开课前两天，预付款不退。
不可先延期再退款
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