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两大中国首富双双被重挫-释放信号强烈

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雄安为啥没动静了?清华教授道出实情!

15岁当妓女,22岁成总统夫人,53岁全裸,76岁跳钢管舞,看看她是谁……

深度解读 | 姜文《让子弹飞》

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生信宝典

谈谈数次生信线下活动的收获和体会

为了更好地方便学习和应用,我们写的流程自动化程度比较高,只需要按要求做好实验设计文件,就可以应用于自己的数据的分析。绘图脚本也提供了输入、输出和调整参数,另外还有在线工具可辅助出图
2018年4月7日

ChIP-seq基本分析流程

document.write("分享一篇ChIP-seq分析流程,供大家点评。".replace(/\r/g,"").replace(/\n/g,"").replace(/\s/g,"
2018年4月4日

表观调控高通量测序分析培训开课啦

document.write("易生信第6次培训课,每次一个方向,越来越成熟,期待您的到来。".replace(/\r/g,"").replace(/\n/g,"").replace(/\s/g,"
2018年4月4日

Bedtools使用简介

赠送价值188元线上生信基础课程一门,目前的《应用Python处理生物信息数据和作图》、《生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版》和《生物信息中的Linux应用》任选其一。
2018年4月4日

表观调控高通量测序分析培训开课啦

基本流程见ChIP-seq基本分析流程,本次课程将在此基础上做出更多拓展和深入。 如果您有关注的问题,也请报名时提出,把这次课程变成您的定制讲解。
2018年4月2日

生信宝典文章集锦 (20180402)

通过大量的生信例子、关键的注释和浓缩的语句形成下面的一系列学习教程。每一篇内容都不多,可以当做小说阅读,也可以跟着去练,反复几遍,每读一次都会有不同的收获和体会。
2018年4月2日

莫烦Python机器学习

赠送价值188元线上生信基础课程一门,目前的《应用Python处理生物信息数据和作图》、《生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版》和《生物信息中的Linux应用》任选其一。
2018年3月30日

高颜值可定制在线绘图工具-第三版

document.write("16种常见图的在线绘制,简单、快速、强大、高颜。".replace(/\r/g,"").replace(/\n/g,"").replace(/\s/g,"
2018年3月30日

ChIP-seq基本分析流程

document.write("分享一篇ChIP-seq分析流程,供大家点评。".replace(/\r/g,"").replace(/\n/g,"").replace(/\s/g,"
2018年3月30日

你和PPT高手之间,就只差一个iSlide

赠送价值188元线上生信基础课程一门,目前的《应用Python处理生物信息数据和作图》、《生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版》和《生物信息中的Linux应用》任选其一。
2018年3月28日

ChIP-seq基本分析流程

做个小广告,我们也打算于2018年4月14在北京鼓楼推出《ChIP-seq分析专题培训》,在此基础上继续深入讲解ChIP-seq分析,希望有兴趣的朋友加入。具体见文末或点击
2018年3月27日

一网打进Linux下那些查找命令

-60可以查看当前目录下(包括所有子目录)一小时内修改的日志文件。再配合head就可以查看每个日志文件的内容,以方便查看使用过程中出现了哪些错误,如何增加提示或修改画图程序。
2018年3月22日

江西农大“网红”教授上头条| 油菜不只多彩,也能去“污"

近日,来自江西农大的青年付东辉教授培育的“多彩油菜”在我们平台发布后(见请驻足,“多彩”油菜花,让江西农大的教授“火”了一把!),在朋友圈,好评如潮,值得当做景观花盆开发,都纷纷给教授打call!
2018年3月21日

高颜值可定制在线绘图工具-第三版

(错误矫正基金:如果您在阅读过程中发现文字或命令错误,请留言或加小编微信指出,获取红包或累积奖励。希望大家多监督,反馈。适用于所有原创文章。)
2018年3月21日

Nature邀请6位专家为您支招如何写出一流论文?

值得注意的是,论文应该重点传递一条核心信息,而且要反映在论文题目里面。不仅如此,论文中的所有内容都应该在逻辑上和结构上支撑该观点。以富有创造性的方式打破规则是一件好事,但是你首先得知道规则是什么。
2018年3月20日

生信必备Linux培训,助您扎好根基

相反基础薄弱些的朋友,就需要一些时间在基础内容上。在自己的不断地尝试和老师们的帮助下,可以领会整个理论内容和实战流程。但实战的细节的变通性和自如性不免不足,需要后期继续花一些时间去巩固、学习、拓展。
2018年3月19日

你该知道的杂志分区和影响因子及最新表格下载

两者最大的不同在于分区方法。在中科院期刊分区表中,主要参考3年平均IF作为学术影响力,最终每个分区的期刊累积学术影响力是相同的,各区的期刊数量由高到底呈金字塔式分布;在JCR的Journal
2018年3月14日

如何入门生信Linux

但作为基础内容,可以入门Linux,距离生信应用还有些距离,故于2018年3月24日在北京鼓楼推出生信Linux研讨活动,希望能把Linux在生信中的应用进一步推广。
2018年3月10日

教育部推出首批490门“国家精品在线开放课程”

课程内容涉及本科教育的大部分专业,开课学校主要有北大、清华、人大等综合性顶尖高校和有特色的众多专业院校,发布于华文慕课、爱课程、智慧树、清华在线、Coursera、edx等著名MOOC平台。
2018年3月2日

为了速成生物学,一位程序员探索了"爆款"基因背后的秘密

年代早期举行的重要遗传学会议和血液疾病会议上,这类基因是讨论重点。但当研究者获得基因测序和基因编辑等新技术后,他们开始把目光投向其它基因和疾病,包括当时似乎主要攻击男同性恋者的“神秘感染疾病”。
2018年2月28日

network3D: 交互式桑基图

diagram),即桑基能量分流图,也叫桑基能量平衡图。它是一种特定类型的流程图,图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小,通常应用于能源、材料成分、金融等数据的可视化分析。
2018年2月21日

network3D 交互式网络生成

(错误矫正基金:如果您在阅读过程中发现文字或命令错误,请留言或加小编微信指出,获取红包或累积奖励。希望大家多监督,反馈。适用于所有原创文章。)
2018年2月18日

生信宝典视频教程(更新版)

来一场蛋白和小分子的风花雪月。这个本来应该录制视频的,尤其是可视化部分。但后来写了代码简化了操作,一个命令就可以获得对接结果的可视化效果并且找出结合的氢键、列出最近的残基,也就省去了操作过程。
2018年2月8日

来一份Python学习题

每个提到提到的“用到的知识点”为相对于前面的题目新增的知识点,请综合考虑。此外,对于不同的思路并不是所有提到的知识点都会用着,而且也可能会用到未提到的知识点。但是所有知识点都在前面的讲义部分有介绍。
2018年2月6日

3分和30分文章差距在哪里?

广大粉丝的期待下,生信宝典系列易生信培训班为大家提供一条走进生信大门的捷径,真正的实操教程,独创线下2天+线上5天+线下/上2天三段式教学,给予充足的实践和发现问题的时间,真正实现独立分析大数据。
2018年2月5日

IGV基因组浏览器可视化高通量测序数据

IGV是本地浏览测序数据功能最为强大的基因组浏览器,支持多种不同类型的输入格式和不同的显示方式,如峰图、线图、柱状图、Sashimi-plot。同时还可以配合bedtools使用。
2018年2月1日

扩增子分析基本流程和结果解读

大家不要迷信流程一次可以分析出想要的结果,好的结果一般都是经过不断思考,不断优化和改进分析参数和方法得出的。发表前修改流程重新计算30次不算多。具体可看3分和30分文章差距在哪里?。
2018年1月31日

别人的电子书,你的电子书,都在bookdown

"images/2.png")) ``` ~~~~~~~~~~~~~~~~如果图或表的标题中有Markdown语法,输出为HTML时是可以正确解析的,但是输出为PDF时却不可以。这时可以使用Text
2018年1月30日

微生物组——扩增子分析专题实战开课啦!!!

在2018年春节前报名且成功缴费的用户,不仅可以获得上课的前排座位(座位按报名并成功缴费顺序从前到后龙摆尾式排序),更可同时享受如下三重优惠。
2018年1月27日

还在用PCA降维?快学学大牛最爱的t-SNE算法吧(附Python/R代码)

None:plt.title(title)#----------------------------------------------------------------------##
2018年1月24日

SCI-HUB镜像, SSH隧道访问学校内网

全网真正24小时可用的SCI-HUB镜像导航,每隔5分钟自动严格检测镜像池里所有镜像的可用性,并提取打开速度最快的前5个给大家,所有镜像均可正常打开、正常搜索、无验证码。
2018年1月21日

Python学习 - 可视化变量赋值、循环、程序运行过程

下面的动图展示了一段Python程序的变量赋值,变量交换,列表赋值,列表增删,循环,判断,全局变量在运行时发生的动态变化,方便更好地理解。
2018年1月20日

生信宝典之傻瓜式 (五) - 文献挖掘查找指定基因调控网络

作为Cytoscape的插件,安装很方便,基本的Cytoscape使用见Cytoscape之操作界面介绍和新出炉的Cytoscape视频教程。前段时间R,
2018年1月19日

CIRCOS增加热图、点图、线图和区块属性

ATTRIBUTE #ParentID对应于karyotype文件的ID(第3列) #ATTRIBUTE列颜色的获取看前面两篇的介绍以获知有多少可用颜色 chr1
2018年1月17日

CRISPR-CAS9发展历程小记

我们作为特邀媒体,也为大家提供了一份福利。凡通过生信宝典报名成功的朋友,都可以获得生信宝典提供的线下价值4000元的《转录组分析》或《生信编程作图系列R、Cytoscape、AI使用》视频课一门。
2018年1月15日

基于200篇文献对中式英语常见错误的人工总结 (附学习体会和写作视频)

这篇文章通过示例,一对一的指出原文写法错误是什么,应该怎么写,为什么会出现这个错误,并给出一些修改建议。可以作为自己写作前指导或写作后检查指导。并且有斯坦福视频写作课可以同步提高。
2018年1月10日

一个函数抓取代谢组学权威数据库HMDB的所有表格数据

网页爬虫需要我们了解URL的结构、HTML语法特征和结构,以及使用合适的抓取、解析工具。我们这篇先看一个简单的处理,给一个直观的感受:一个函数抓取网页的表格。以后再慢慢解析如何更加定制的获取信息。
2018年1月8日

生信宝典之傻瓜式(四)蛋白蛋白互作网络在线搜索

增加一些相互作用,结果如下图。形成了2个子网络。右下角子网络是剪接复合体构成的调控,可变剪接在癌症过程中的作用是研究比较火的一个点。它们与传统癌基因的研究之间形成了两个孤岛,这一现象值得深思。
2018年1月5日

生物研究中不可缺少的数字概念,多少,多大,多快

mm长,HeLa细胞的100倍,而扩散时间与距离的平方成反比,所以大约需要两天,一个蛋白才可以从轴突的一端扩散到另一端。这表明需要有其它的机制负责长距离运输大分子。一个速度为1
2018年1月3日

关于Python中的__main__和编程模板

args) #-------------------------------------------------------------------- def
2018年1月2日

Nature | 我的研究对后人毫无用途:21%的学术论文自发布后从未被引用

Science索引族群文章中占到24%,比自然科学领域高很多。拉瑞维尔认为,这个更高的比率可能与许多这类论文的技术性本质相关,因为它们解决的是更具体的问题而不是为后来者的学术研究奠定理论基础。
2017年12月30日

高颜值可定制在线作图工具-第二版(含使用统计和功能更新)

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年12月29日

YANDEX搜索,不翻墙稳定使用近谷歌搜索

analysis”,学分析先搜索下有没有好的文章和教程。生信宝典内有不少转录组分析的内容,有兴趣可以做套题测试下。(说到这,我们也有号内搜索引擎,使用很方便,后台回复任意关键字即可)
2017年12月23日

一个月学会Python的Quora指南和资料放送

cookbook,这里有中文翻译版本http://python3-cookbook.readthedocs.io/zh_CN/latest/preface.html
2017年12月22日

Python学习没有捷径,但可以加速,零基础九天你也可以会编程

(图例“编程信心与能力”:纵轴为信心值,横轴为能力水平,虚线从左至右依次分割出手牵手蜜月期、混沌悬崖、绝望沙漠、令人兴奋的上升期四个阶段,第5条虚线标志着工作准备就绪)
2017年12月19日

2017年最后10000天,学习1010个热图绘制方法

什么是热图?热图是矩阵中的数值以颜色来显示的图形化表示。热图因其丰富的色彩变化和生动饱满的信息表达被广泛应用于各种大数据分析场景。之前生信宝典出过三篇文章介绍热图的绘制、美化、简化:R语言学习
2017年12月15日

小学生都学Python了,你还不知道怎么开始

http://nbviewer.jupyter.org/github/phelps-sg/python-bigdata/blob/master/src/main/ipynb/pandas.ipynb
2017年12月12日

最简单漂亮的免费在线生信绘图工具

绘图页面布局参照下图,提供数据和必选参数就可提交了。如果想更多调整布局和增加元素,可在对应版块针对性修改。成功绘出的图片会显示在页面下方,并提供下载功能。绘制完后,可继续调整参数,以使图满足需要。
2017年12月11日

生物信息9天速成班 — 你也可以成为团队不可或缺的人

在生物学领域,随着二代测序和多组学的发展,生物信息工程师己经成为了生物学团队中不可或缺的岗位。差不多每个老板都想招一位懂生信的人才,在团队中承前启后,成为团队快速发展的引擎,全力为团队打Call。
2017年12月8日

基因共表达聚类分析及可视化

K-means算法执行过程,首先需要随机选择起始聚类中心点,后续则是根据聚类结点算出平均值作为下次迭代的聚类中心点,迭代过程中计算出的中心点可能在观察数据中,也可能不在。如果选择的中心点是离群点
2017年12月1日

Bash概论 - Linux系列教程补充篇

(包括最基础操作、环境变量、可执行属性,命令行运行监测、常见错误、快捷操作、管道、标准输入输出、软件安装、Docker、Conda、定期备份、配置信息查询、awk、sed、vim)的补充。
2017年11月24日

120分的转录组考题,你能得多少

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年11月22日

维密摔倒不可怕,关键时有人搀一把,坚持走下去

GeenMedical:文献查询、筛选、引用排序、相似文献、全文下载、杂志分区、影响因子、结果导出、杂志评述、直接投稿,一站服务
2017年11月21日

一篇压根不存在的文献被引用400次?!揭开"幽灵文献"的真面目

我能够获取这20篇文章中12篇的全文。在这12篇文章中,6篇“幽灵文献”作为参考文献列表中的第一篇,3篇作为最后一篇,2篇位居中间的某个位置,1篇根本没出现在参考文献列表中......
2017年11月20日

在R中赞扬下努力工作的你,奖励一份CheetShet

fondly!"回想刚学R的时候,总记不住,偶然发现有CheetSheet,就打印出来。听讲座时带着,没睡着时看一下;平常遇到问题也看一下。简单几页,提供了很大帮助,后来翻烂了,也就忘记这个东西了。
2017年11月19日

生物信息作图系列 - R、网络图及文章图形排版

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年11月16日

CIRCOS圈图绘制 - 染色体信息展示和调整

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年11月16日

易生信转录组培训总结和优惠分享

易生信九天的转录组分析培训班第一期伴随着5个小时的考试在上周日晚8点在紧张中结束了。说是培训,倒不如研讨更确切些。在一个个问题的交流中学会转录组分析,效果远大于一人讲,众人练。
2017年11月15日

基于人工智能的文献检索,导师查找,更聪明

上次推出的GeenMedical:文献查询、筛选、引用排序、相似文献、全文下载、杂志分区、影响因子、结果导出、杂志评述、直接投稿,一站服务文章讲述了文献检索的良器。
2017年11月10日

GeenMedical:文献查询、筛选、引用排序、相似文献、全文下载、杂志分区、影响因子、结果导出、杂志评述、直接投稿,一站服务

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年11月9日

CIRCOS圈图绘制 - 最简单绘图和解释

background.white.conf>>image.generic.conf内容如下,定义了输出的图形的名字、格式、大小等,这些都可以在自定义配置文件,即前面提到的ehbio.conf中覆盖。
2017年11月8日

生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版和Python编程培训研讨班开课了

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年11月8日

CIRCOS圈图绘制 - circos安装

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年11月6日

为什么会搞反狗脑 - 我们是不是直觉的奴隶

http://science.sciencemag.org/content/early/2016/08/26/science.aaf3777
2017年10月30日

最简单的漂亮的生信绘图工具

绘图页面布局参照下图,提供数据和必选参数就可提交了。如果想更多调整布局和增加元素,可在对应版块针对性修改。成功绘出的图片会显示在页面下方,并提供下载功能。绘制完后,可继续调整参数,以使图满足需要。
2017年10月20日

生信宝典Linux学习系列文章整理

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年10月19日

GO、GSEA富集分析一网打进

(参考http://guangchuangyu.github.io/2015/10/use-simplify-to-remove-redundancy-of-enriched-go-terms/)
2017年10月16日

转录组分析的正确姿势

测序环节通常不需要自己操作,测序公司都很成熟,但测序的原理需要知道。这会影响到后续分析时参数的选择,比如知道什么是插入片段大小,什么是链特异性测序,什么情况会有接头序列,双端测序如何测等。
2017年10月15日

GSEA富集分析 - 界面操作

经过紧张的筹备,生信宝典团队要开培训课了,第一期是大家最为关注的转录组分析,实行三段式培训,集中讲解实战(2天)-自行练习(5天)-再讲解答疑考核(2天)。点击原文可查看具体信息。
2017年10月14日

为啥我的Python这么慢 - 项查找 (二)

Python中实现了一个hash函数,把字典的key转换为哈希值,组成连续地址的数字哈希表。字典的每次查询转换为了从数组特定位置取出一个元素,所以时间复杂度为O(1)。
2017年10月10日

为啥我的Python这么慢 (一)

140405344245520而列表就不一样了,无论是使用append增加一个元素,还是使用extend增加一组元素,列表变量aList的id都没有变化。说明这是追加,不是新建。
2017年10月9日

一场大病引起的诺贝尔2017年生理学奖角逐

尽管我们的研究是动物尤其是果蝇的节律调控,但这一转录-翻译节律调控在植物中也是逻辑一致的。不过,在原核光合生物比如蓝藻细菌中,节律钟的调控很不同。这个节律钟在最简单的形式下只需要三个基因,kaiA,
2017年10月4日

学习生信的系列书籍

如果想看中文的,书好像是没有的,但公众号和博客还是很多的。不管看懂看不懂,每篇都翻一翻看一看,说不准什么时候就会了。就像大学时,去图书馆,不看书,而是挨个书架的走动,浏览书名就会有不少收获。
2017年10月3日

学习生信的系列教程

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2017年10月2日

好色之旅

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2017年9月30日

Linux学习 - SED操作,awk的姊妹篇

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2017年9月27日

Linux学习 - 常用和不太常用的实用awk命令

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2017年9月25日

文章用图的修改和排版(2)

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年9月21日

R语言学习 - 非参数法生存分析

http://www.sthda.com/english/wiki/survminer-r-package-survival-data-analysis-and-visualization
2017年9月20日

去东方,最好用的在线GO富集分析工具

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2017年9月15日

生信宝典视频教程

有些操作类的内容,虽然没有录制视频,但几乎也是一步步截图出来的。绘图系列脚本和Linux学习系列,无论是否录制估计都差别不大,对着文章敲不出来的,录了视频,估计也没效果。这已经是手把手系列了。
2017年9月11日

教师节献礼 - 文章用图的修改和排版

著名的Adobe公司出品,应该都不陌生,照片拍出来是不是好看,有他家Photoshop不少的功劳。试用后(买不起,也只能用试用版;如果有钱,还是推荐购买正版,维护原作者的权益),发现果然很强大。
2017年9月10日

参考文献中杂志名字格式混乱问题一次解决

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年9月8日

查看服务器配置信息

学习Linux命令,我们需要有一台Linux服务器。有了服务器,就想看看它的性能怎样。翻出自己较早前写的一个脚本,一键查看系统大部分参数。国师在这个基础上,对命令进行了注释,方便。
2017年9月7日

R语言学习 - 图形设置中英字体

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年9月5日

Linux学习 - 又双叒叕一个软件安装方法

path${bldred}[NECESSARY]${txtrst} EOF } command_cmd='' environment='' conda_path='' while
2017年9月4日

Linux学习 - 命令运行监测和软件安装

解决这些问题,就需要自己去软件官网查找最新的分发包,又有两种可能,一种是分发包直接就是编译好的软件,下载下来设置下可执行属性并放入环境变量就可以运行了,如blast或bowtie这样的工具。
2017年9月4日

生信宝典调查总结

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2017年9月3日

无参转录组分析工具评估和流程展示

拼装的基因编码框的完整性和编码的蛋白的完整性。预测编码的蛋白时不只考虑了完整读码框,还考虑到由于拼接的不完整导致只拼出部分编码序列,但根据同源比对,也可以翻译出蛋白。这样提高了能鉴定出的蛋白的比例。
2017年8月31日

UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)

数据分析所用的参考基因组序列、基因注释信息、重复序列信息、区域保守性信息、CpG岛信息都可在UCSC的FTP服务器或TableBrowser获取。当然也可以在ENSEMBLE,详细阅读
2017年8月29日

ICGC数据库使用

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年8月28日

Python解析psiBlast输出的JSON文件结果

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年8月27日

生信宝典小调查

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年8月26日

TCGA数据库在线使用

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年8月26日

不用Linux也可以的强大文本处理方法

正常模式:打开或新建文件默认在正常模式,可以浏览,但不可以写入内容。这个模式也可以称作命令行模式,这个模式下可以使用VIM强大的命令行和快捷键功能。其它模式下按ESC就可以到正常模式。
2017年8月25日

生信宝典文章集锦

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年8月25日

生信软件系列 - NCBI使用

做生物研究的对NCBI都不陌生,网站资源、软件丰富,也在不停地迭代更新,越来越容易使用。本文是较早时用于内部培训的资料,最近翻出来看下,还是有一些有意思的点在里面,故分享出来,供大家评阅。
2017年8月24日

新出炉的Cytoscape视频教程

利用一个简单的组织构建图展示Cytoscape的基本使用,导入网络、导入节点属性,更改点的形状、颜色,在点上插入图片、绘制饼图、柱状图、加入颜色条纹,点的手动对齐、横向分布等。
2017年8月23日

Cytoscape之操作界面介绍

Cytoscape是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。软件的核心部分提供了网络显示、布局、查询等方面的基本功能。软件的核心可以通过插件架构进行扩展,这样就能快速地开发出新的功能。
2017年8月20日

本地安装UCSC基因组浏览器

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年8月17日

NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件

注意在BioMart的Attribute选项里如果选择了蛋白相关的选项,得到的结果中只有蛋白编码基因的信息。如果要下载所有基因信息,请不要选择蛋白相关的选项。
2017年8月16日

NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换

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2017年8月16日

psRobot:植物小RNA分析系统

1335miRNAs靶基因的预测此步需要fasta格式的miRNAs序列,可以是miRBase上发表已知的,也可以是上面预测的。本文以上面预测的miRNAs为例,靶基因库为物种的cDNA序列。
2017年8月15日

R语言学习 - 柱状图

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2017年8月14日

NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件

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2017年8月13日

生信宝典文章集锦

1云笔记积累个人知识体系2云协作建立实验室工作总结和内部资料共享平台3公众号建立实验室共享知识体系和宣传窗口宏基因组14天原创-诚邀同行共享研究经验如何注册一个名字好记的公众号
2017年8月10日

转录组分析工具大比拼 (完整翻译版)

我们的分析流程是经过广泛而深入的评价后提出的。这个流程也更具综合性,包含了其他分析流程如Galaxy和Grape缺少的从头组装、变异位点检测、RNA编辑位点检测、长读段RNA-seq分析等。
2017年8月4日

转录组分析工具哪家强?

不经过比对的工具如Salmon-SMEM和kallisto获得了最好的一致性和最高准确度,因此,如果目标不是发现新的转录本,如Salmon-SMEM和kallisto可以作为准确而快速的解决方案。
2017年8月4日

轻松绘制各种Venn图

document.write("分享一篇文章。".replace(/\r/g,"").replace(/\n/g,"").replace(/\s/g,"
2017年8月2日

R语言学习 - 韦恩图

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2017年8月2日

贝叶斯学习记录

一所学校,男生60%,女生40%。男生总是穿长裤,女生则一半穿长裤, 一半穿裙子。假设高度近视的你未带眼镜走在校园中, 发现迎面走来一个穿裤子的学生,但未分辨出男女, 那么推断这个是男生的概率多大?
2017年7月31日

酷炫的网略图怎么绘制 - Cytoscape教程(一)

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2017年7月30日

富集分析DotPlot,可以服

如果用clusterprofiler做富集分析,write.table输出结果,那么输入文件、R、ggplot2都有了,一步出图没有问题。(Windows下没bash?看这里)
2017年7月29日

R语言学习 - 散点图绘制

可选列,标记哪些基因是上调、下调、无差异;若无此列或未在参数中指定此列,默认程序会根据padj列和log2FoldChange列根据给定的阈值自动计算差异基因,并作出不同颜色的标记。
2017年7月27日

R语言学习 - 箱线图一步法

首先把测试数据存储到文件中方便调用。数据矩阵存储在boxplot.normal.data、sampleGroup和boxplot.melt.data文件中
2017年7月26日

NGS基础 - FASTQ格式解释和质量评估

当样品数目很多时,会得到更多的质量评估图,结果很不直观。因此可以用下面所示的所有样品测序质量的散点图来表示。通过GC含量(横坐标)和碱基测序质量(纵坐标)来判断样品的测序质量。
2017年7月26日

一文看懂PCA主成分分析

主成分是原有变量的线性组合,其数目不多于原始变量。组合之后,相当于我们获得了一批新的观测数据,这些数据的含义不同于原有数据,但包含了之前数据的大部分特征,并且有着较低的维度,便于进一步的分析。
2017年7月25日

R语言学习 - 富集分析泡泡图 (文末有彩蛋)

但有时出来的结果还需要进行一些筛选处理然后重新绘图,本文介绍如何根据clusterProfiler的输出结果绘制富集分析图。本文虽主推clusterProfiler,
2017年7月25日

易汉博欢迎您加入

易汉博技术团队在生物信息领域具有很高的造诣,团队成员以科学问题为导向,依托精湛的生物信息分析技术和丰富的实验生物学设计经验,在攻读学位或博士后进修期间获得了多个创新性研究成果,并发表于Cell,
2017年7月25日

R语言学习 - 火山图

可选列,标记哪些基因是上调、下调、无差异;若无此列或未在参数中指定此列,默认程序会根据padj列和log2FoldChange列根据给定的阈值自动计算差异基因,并作出不同颜色的标记。
2017年7月25日

生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列

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2017年7月24日

R语言学习 - 箱线图(小提琴图、抖动图、区域散点图)

也可以用geom_jitter(aes(colour=factor(variable)))代替geom_quasirandom(aes(colour=factor(variable)))#
2017年7月23日

扩增子图表解读1箱线图:Alpha多样性,老板再也不操心的我文献阅读了

OTU数量展示使用了截断图,因为根际土中微生物数量是非常大的,而内生菌种类很少,使用截断图减少图中留白更加美观;不同种组织的颜色选用与实物相近,使人产生亲切感(根深棕,茎浅绿和叶深绿);
2017年7月23日

NGS基础 - 高通量测序原理

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2017年7月23日

NGS基础 - 高通量测序原理

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2017年7月23日

R语言学习 - 火山图

可选列,标记哪些基因是上调、下调、无差异;若无此列或未在参数中指定此列,默认程序会根据padj列和log2FoldChange列根据给定的阈值自动计算差异基因,并作出不同颜色的标记。
2017年7月22日

ETE构建、绘制进化树

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2017年7月21日

R语言学习 - 富集分析泡泡图 (文末有彩蛋)

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2017年7月20日

R语言学习 - 箱线图一步法

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2017年7月17日

R语言学习 - 箱线图(小提琴图、抖动图、区域散点图)

也可以用geom_jitter(aes(colour=factor(variable)))代替geom_quasirandom(aes(colour=factor(variable)))#
2017年7月16日

如何优雅的提问

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2017年7月15日

Linux学习 - 命令运行监测和软件安装

解决这些问题,就需要自己去软件官网查找最新的分发包,又有两种可能,一种是分发包直接就是编译好的软件,下载下来设置下可执行属性并放入环境变量就可以运行了,如blast或bowtie这样的工具。
2017年7月14日

Linux学习-文件列太多,很难识别想要的信息在哪列;别焦急,看这里。

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2017年7月12日

Linux服务器数据定期同步和备份方式

destination_dir/rdiff-backup-data/increments/server_add.2014-02-21T09:22:45+08:00.missing.
2017年7月11日

R语言学习 - 线图一步法

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2017年7月10日

测序数据可视化 (一)

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2017年7月9日

测序数据可视化 (四)- Epigenomebrowser

Epigenomebrowser是华盛顿大学王艇教授团队开发的强大的基因组浏览器,可以显示Hi-C和ChIA-PET等三维基因组结构的数据。同时还带有比较多的小工具方便在线获取信息、分析和作图。
2017年7月9日

测序数据可视化 (三) - UCSC genomebrowser

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2017年7月9日

测序数据可视化 (二)- IGV

IGV是本地浏览测序数据功能最为强大的基因组浏览器,支持多种不同类型的输入格式和不同的显示方式,如峰图、线图、柱状图、Sashimi-plot。同时还可以配合bedtools使用。
2017年7月9日

R语言学习 - 线图绘制

aesthetic?原来默认ggplot2把每个点都视作了一个分组,什么都没画出来。而data_m中的数据都来源于一个分组H3K27ac,分组的名字为variable,修改下脚本,看看效果。
2017年7月8日

生物信息之程序学习

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2017年7月7日

Linux学习 - 管道、标准输入输出

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2017年7月6日

R语言学习 - 热图简化

annotation_col=col_anno,annotation_row=row_anno,color=colorRampPalette(c('green','yellow','red'),
2017年7月5日

生信人写程序2. Editplus添加Perl, Shell, R, markdown模板和语法高亮

script ------------------------------------------------------------------------------- Copyright:
2017年7月4日

R语言学习 - 热图美化

theme(legend.key=element_blank())为了使横轴旋转45度,需要把这句话theme(axis.text.x=element_text(angle=45,hjust=1,
2017年7月3日

R语言学习 - 基础概念和矩阵操作

str用来告诉结果的构成方式,对于不少Bioconductor的包,或者复杂的R函数的输出,都是一堆列表的嵌套,str(complex_result)会输出每个列表的名字,方便提取对应的信息。
2017年7月2日

R语言学习 - 热图绘制 (heatmap)

如果包没有安装,运行下面一句,安装包#install.packages(c("reshape2","ggplot2"))library(reshape2)library(ggplot2)#
2017年7月1日

R语言学习 - 入门环境Rstudio

[user] session-timeout-minutes=30 [@powerusers] session-timeout-minutes=0/etc/rstudio/rserver.conf
2017年6月30日

Linux学习-常见错误和快捷操作

(引号或括号没有配对),就不小心按下了Enter键,终端会提示出一个>代表命令不完整,这是可以继续输入,也可以ctrl+c终止输入,重新再来。(下面sed命令使用时,还有另外一种命令不全的问题)
2017年6月29日

Linux学习-环境变量和可执行属性

但是,在命令行中执行export,对环境变量所做的修改,只对当前终端有效,退出后就无效了。为了使得这一操作,长期有效,我们需要把这句话写入一个文件中,一个登陆服务器就会被自动读取的文件中。
2017年6月28日

R语言学习 - 入门环境Rstudio

[user] session-timeout-minutes=30 [@powerusers] session-timeout-minutes=0/etc/rstudio/rserver.conf
2017年6月27日

Python学习教程(二)

每个提到提到的“用到的知识点”为相对于前面的题目新增的知识点,请综合考虑。此外,对于不同的思路并不是所有提到的知识点都会用着,而且也可能会用到未提到的知识点。但是所有知识点都在前面的讲义部分有介绍。
2017年6月26日

Python学习教程(三)

每个提到提到的“用到的知识点”为相对于前面的题目新增的知识点,请综合考虑。此外,对于不同的思路并不是所有提到的知识点都会用着,而且也可能会用到未提到的知识点。但是所有知识点都在前面的讲义部分有介绍。
2017年6月26日

Python学习教程 (四)

每个提到提到的“用到的知识点”为相对于前面的题目新增的知识点,请综合考虑。此外,对于不同的思路并不是所有提到的知识点都会用着,而且也可能会用到未提到的知识点。但是所有知识点都在前面的讲义部分有介绍。
2017年6月26日

Python学习教程(五)

每个提到提到的“用到的知识点”为相对于前面的题目新增的知识点,请综合考虑。此外,对于不同的思路并不是所有提到的知识点都会用着,而且也可能会用到未提到的知识点。但是所有知识点都在前面的讲义部分有介绍。
2017年6月26日

Python学习教程 (六)

每个提到提到的“用到的知识点”为相对于前面的题目新增的知识点,请综合考虑。此外,对于不同的思路并不是所有提到的知识点都会用着,而且也可能会用到未提到的知识点。但是所有知识点都在前面的讲义部分有介绍。
2017年6月26日

Python学习极简教程 (一)

'''注意,这不是连接字符串最好的方式。考虑到字符串是不可修改的,每次连接操作都是新开辟一个内存空间,把字符串存到里面,这样的连接操作执行几十万次会很影响运行速度。'''字符串的连接 Hello,
2017年6月26日

Pandas,让Python像R一样处理数据,但快

Pandas是python中用于处理矩阵样数据的功能强大的包,提供了R中的dataframe和vector的操作,使得我们在使用python时,也可以方便、简单、快捷、高效地进行矩阵数据处理。
2017年6月25日

生信宝典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里发光 - 如何查找基因在发表研究中的表达

“Experiments”蓝色链接,新窗口中有所有收集实验的列表,可在上方Filter后面文本框查找关键字过滤,如搜索”nitrogen”,会自动过滤相关研究;此时我们再单击下方的“Filter
2017年6月24日

轻松绘制各种Venn图

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2017年6月23日

生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络

点开之后即进入检索结果,可以看到有四类基因,包括被Oct4调节的71个基因、能够调节Oct4的80个基因、与Oct4有结合的133个基因、以及与Oct4共同参与调节的1336个基因。
2017年6月22日

测序文章数据上传找哪里

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2017年6月21日

来一场蛋白和小分子的风花雪月

box将会在蛋白上画出一个长方体,并且有一个弹出框。在弹出框中,拖拽刻度线查看长方体的变化,完成设置。在这个例子中,我们知道结合位点,就选取以其为中心的一个小空间。设置Spacing
2017年6月20日

你需要知道的那些前奏

http://sourceforge.net/projects/openbabel/files/openbabel/2.4.1/OpenBabel-2.4.1.exe/download,双击安装
2017年6月20日

不是原配也可以-对接非原生配体

spacing)。然后执行Docking。利用这次分子对接的结果再针对性的设定Grid的大小和位置,再执行Docking。如果蛋白特别大,那么可以分多次设置Grid,如第一次覆盖蛋白上面2/3,
2017年6月20日

简单可视化-送你一双发现美的眼睛

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2017年6月20日

用了Docker,妈妈再也不担心我的软件安装了 - 基础篇

container_id使用Dockerfile自动构建镜像除了可以像上面那样一步步地获取镜像、修改容器、存储镜像、上传镜像等操作外, 我们还可以使用Dockerfile自动实现上述操作。
2017年6月19日

生信人写程序1. Perl语言模板及配置

个人认为:是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python/Java..(胶水语言,数据格式转换,软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。
2017年6月18日

Rfam 12.0+本地使用 (最新版教程)

对已经注释好的物种,建议在ENSEMBLE或UCSC直接下载官方的注释文件,直接下载GTF或使用bioMart或TableBrowser都可。具体可在本博客或微信公众号后台回复关键字获取使用方法。
2017年6月17日

Linux学习-文件排序和FASTA文件操作

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2017年6月16日

Linux学习-环境变量和可执行属性

但是,在命令行中执行export,对环境变量所做的修改,只对当前终端有效,退出后就无效了。为了使得这一操作,长期有效,我们需要把这句话写入一个文件中,一个登陆服务器就会被自动读取的文件中。
2017年6月15日

Linux学习 - 文件内容操作(1)

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2017年6月14日

Linux学习-文件操作

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2017年6月11日

生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列

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2017年6月10日

Linux学习-文件和目录

打开Windows,首先看到的是桌面;不爱整理文件的我,桌面的东西已经多到需要2个屏幕才能显示的完。另外一个常用的就是我的电脑,然后打开D盘,依次点开对应的文件夹,然后点开文件。
2017年6月9日

RepeatMasker安装和使用

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.2.28/ncbi-blast-2.2.28+-x64-linux.tar.gz wget
2017年6月8日

生物信息之程序学习

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2017年6月7日

Linux服务器数据定期同步和备份方式

destination_dir/rdiff-backup-data/increments/server_add.2014-02-21T09:22:45+08:00.missing.
2017年6月4日

查看服务器配置信息

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2017年5月30日

ssh免密码登录远程服务器

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2017年5月29日

测序数据可视化 (二)- IGV

IGV是本地浏览测序数据功能最为强大的基因组浏览器,支持多种不同类型的输入格式和不同的显示方式,如峰图、线图、柱状图、Sashimi-plot。同时还可以配合bedtools使用。
2017年5月28日

测序数据可视化 (四)- Epigenomebrowser

Epigenomebrowser是华盛顿大学王艇教授团队开发的强大的基因组浏览器,可以显示Hi-C和ChIA-PET等三维基因组结构的数据。同时还带有比较多的小工具方便在线获取信息、分析和作图。
2017年5月28日

测序数据可视化 (三) - UCSC genomebrowser

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年5月28日

测序数据可视化 (一)

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年5月28日

参考文献中杂志名字格式混乱问题一次解决

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年5月27日

ETE构建、绘制进化树

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年5月26日

Bookdown文档生成教程

"images/2.png")) ``` ~~~~~~~~~~~~~~~~如果图或表的标题中有Markdown语法,输出为HTML时是可以正确解析的,但是输出为PDF时却不可以。这时可以使用Text
2017年5月25日

Cytoscape教程(一)

生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
2017年5月17日

Airflow配置和使用

http://www.rabbitmq.com/releases/rabbitmq-server/v3.6.1/rabbitmq-server-3.6.1-1.noarch.rpm yum
2017年5月12日

Docker基本使用

container_id使用Dockerfile自动构建镜像除了可以像上面那样一步步地获取镜像、修改容器、存储镜像、上传镜像等操作外,我们还可以使用Dockerfile自动实现上述操作。
2017年5月11日