ggplot2绘图点的形状不够用怎么办？

群里有这么一个问题：

请问老师，fviz_pca_ind 做pca，当设置geom.ind = “point”，group>6时，就不能显示第7，8组的点，应该如何处理（在不设置为文本的情况下），只改变点的几何形状和颜色

fviz_pca_ind是factoextra里面用来可视化PCA结果的一个参数，具体见PCA主成分分析实战和可视化 | 附R代码和测试数据。

这个问题是ggplot2绘制形状时的通用问题，默认只支持6种形状。我们生成个测试数据看下效果：

x <- 1:50
y <- dpois(x, lambda = 10)
data <- data.frame(X=x,y=y)
data$type <- as.factor(x)
library(ggplot2)

ggplot(data, aes(x=x, y=y)) + geom_point(aes(shape=type))

图效果如下。同时给出了一段提示：

Warning: The shape palette can deal with a maximum of 6 discrete values because more than 6 becomes difficult to discriminate; you have 50. Consider specifying shapes manually if you must have them.

Warning: Removed 44 rows containing missing values (geom_point).

就是说我们需要自己手动指定形状。

ggplot2默认支持下面122种形状。

# 代码来自 http://sape.inf.usi.ch/quick-reference/ggplot2/shape
d=data.frame(p=c(0:25,32:127))
ggplot() +
scale_y_continuous(name="") +
scale_x_continuous(name="") +
scale_shape_identity() +
geom_point(data=d, mapping=aes(x=p%%16, y=p%/%16, shape=p), size=5, fill="red") +
  geom_text(data=d, mapping=aes(x=p%%16, y=p%/%16+0.25, label=p), size=3)

那怎么利用起来呢？需要转换计算下能用的符号编号，这里选取0:14, 33-127  (15-25是其它形状加了颜色或变了大小，可能会对设置的大小或颜色属性有影响，先暂时忽略了; 32没看出来是什么形状)。

下面根据设定的符号列的因子数，通过取余数的方式获取这些数字，然后传递给scale_shape_manual函数。

shape_level <- nlevels(data[["type"]])
if (shape_level < 15){
  shapes = (0:shape_level) %% 15
} else{
  shapes = c(0:14,c((15:shape_level) %% 110 + 18))
}

ggplot(data, aes(x=x, y=y)) + 
  geom_point(aes(shape=type)) + 
  scale_shape_manual(values=shapes)

回到上面的问题，因为没有给代码和数据，这里也就只能意思一下了。

# type 需要改成自己映射到形状的列名
shape_level <- length(levels(data[["type"]]))
if (shape_level < 15){
  shapes = (0:shape_level) %% 15
} else{
  shapes = c(0:14,c((15:shape_level) %% 110 + 18))
}

fviz_pca_ind(....) + scale_shape_manual(values=shapes)

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