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中科院的算法开发博士带你真正玩转这项平均每个月都有多篇高IF文章的技术

易生信 生信宝典 2022-03-29

2019年10月9日,单细胞转录组再登Nature。题为Decoding human fetal liver haematopoiesis的研究,对受孕后4周至17周的人胚胎肝脏、卵黄囊、肾脏和皮肤组织的单细胞转录组数据进行分析,构建了完整的人胚胎造血和免疫系统发育图谱。(https://www.nature.com/articles/s41586-019-1652-y)

数据分析是相同的,通过一个简单的课程理解其中的原理,就可以推而广之,延伸到其他类型的数据分析,如扩增子转录组宏基因组分析

单细胞转录组之前是跟常规转录组一起开课的,但后来因为涉及内容多,也需要更专业的讲解,8月份第一次单飞独自开课,邀请中科院单细胞分析算法开发博士倾力授课,一鸣惊人,取得了很好的效果。

现于2019年11月29日-2019年12月1日在北京鼓楼推出《单细胞转录组数据整合分析第二期》专题培训,在第一期基础上进一步精进提高,适合研究临床、动物、植物的科研工作者参加。


如果时间等不及,可以参加我们的线上视频课程,随时加入,随时开始。(购买之前联系我们,更有办法获得本次课程更新的视频)

课程简介

本课程一共3天,每天6节课,共18节课,全部课程均理论与实战结合(只要课上讲的都是可以带你自己实现的分析)。从分析平台搭建、Linux和R基础、图表解读和实战、单细胞转录组设计、分析标准流程、单细胞分型 (Cellranger, Seurat3, Scater, Monocle3, Scran),Marker基因鉴定,Pseudo-time分析,单细胞整合分析(CCA,Seurat Anchor, label transfer, )及功能富集分析及各类高级分析(WGCNA、通路图绘制等),和CNS级图片修改排版。3天时间,老司机带您完成自学需要3个月甚至是1年的崎岖之路,助力您真正玩转单细胞转录组分析。

课程大纲

每节课1小时一个主题,理论结合实战,学懂原理,实战实操,全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排,如11代表第一天第一节课,26代表第二天第六节课,41为两周后的线上集中视频答疑。

编号主题简介
11单细胞转录组特点介绍注意事项
12单细胞转录组分析环境搭建Win/Linux
13二代三代测序原理介绍建库测序过程及注意事项
14单细胞数据预处理原始数据到表达矩阵
15基因富集分析和可视化GSEA富集分析
16文章常见图表解读和Illustrator制作CNS标准图版
21单细胞数据质控细胞基因筛选
22单细胞数据降维可视化PCA,tSNE,umap
23单细胞数据分型Kmeans,层级聚类,graph-based method
24可视化、分型实战Seurat3
25Marker基因鉴定Seurat3, Scran
26基于知识和常规转录组细胞类型定义
31单细胞发育轨迹分析Paga, Monocle3
32单细胞数据整合分析高级分析, mnnCorrect, Seurat Anchor
33单细胞数据影响因素鉴定批次校正, Seurat Anchor
34圆桌论坛自评学习效果、知识点回顾
41答疑-线上答疑、考试内容串讲

教程内容简介如下:

单细胞转录组技术介绍

  1. 单细胞转录组学研究技术介绍

  2. 单细胞转录组学实验设计和测序原则、注意事项

  3. 二代、三代测序过程和原理解析

  4. 单细胞转录组学文章案例分析

  5. 目标基因GSEA/GO富集分析

单细胞转录组分析

  1. 单细胞数据预处理和校正

  2. 细胞分型,PCA,  TSNE,  SC3聚类 (Seurat3, Monocle3, Scater)

  3. 单细胞发育演化分析

  4. 转录组常见图形在线绘制

  5. 单细胞Marker基因鉴定,差异分析和功能分析

  6. 单细胞数据整合分析、批次校正


单细胞数据可视化

绘制和理解单细胞分析常见图形


生信基础知识

  1. Linux/Windows下Rstudio和Linux命令的使用

  2. Linux/Windows下转录组分析流程的搭建

生物学家必要掌握的ShellR语言基础知识。

(如果基础薄弱,报名付款成功后,可免费领取基础程序课,做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石。)

单细胞系列教程

定制内容

如果您看到文章中有哪些图或分析工作需要重现,也请提出,一起讲述。

如果您有其它关注的问题,也请报名时提出,把这次课程变成您的定制讲解

主讲教师

陈同,博士,2015毕业于中科院遗传与发育生物学研究所,生物信息专业博士,在Cell Stem Cell(IF=23.2,第一作者兼封面文章),Nucleic Acids Research,Stem Cells and Development等高水平杂志以第一作者或主要作者发表文章,运营有数万人关注的《生信宝典》微信公众号,给你不一样的学习生信体验。

刘永鑫,博士。2008年毕业于东北农大微生物学专业。2014年中科院遗传发育所获生物信息学博士学位,2016年博士后出站留所工作,任宏基因组学实验室工程师,目前主要研究方向为宏基因组学数据分析与可重复计算。发表论文10余篇,SCI收录7篇,NBT和Science各一篇。2017年7月创办“宏基因组”公众号,目前分享宏基因组、扩增子原创文章185篇,关注人数5万+,累计阅读千万次。

授课模式

本课程以讲解流程和实际操作为主,采用独创四段式教学,封装好的代码全部分享,随处可用:

  • 第一阶段 3天集中授课;

  • 第二阶段 自行练习2周;

  • 第三阶段 在线直播答疑;

  • 第四阶段 培训视频继续学习;

  • 实现教-练-答-用四个环节的统一协调。

培训时间

2019-11-29 到 2019-12-1 (线下讲解实战)
每天早9点到晚6点,半封闭式教学 (最后1小时为集中讨论时间,最后一天会稍微提前一些,多留出时间讨论,也方便老师乘车返回)
报到时间:开课当天

授课地点

北京市西城区鼓楼附近

课程价格

  1. 开课两周前报名  4500 元/人

  2. 名额有限,每次课程报名满40人后自动关闭报名通道 (老学员不受限)

  3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会

课程福利

  1. 座位按报名并缴费或预付款成功顺序从前到后龙摆尾式排序

  2. 赠送价值99元程序基础课一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)

  3. 多人 (N,10>N>1) 组团报名并同时缴费,每人还可减免N-1百元 (最高500)

  4. 赠送金士顿U盘一个(32G含培训数据和脚本)

  5. 附推荐与分享对应的招生信息到朋友圈,截图发到train@ehbio.com 可获得200元生信宝典腾讯课堂课程优惠券(可拆分供多个课程使用)

  6. 易生信同时推出多门相关课程,连报优惠——同时选2门课,95折;三门课9折,4门及以上85折。还可与团购同时优惠!扩增子(项目初探)+宏基因组(高精尖),祝你分析水平更上一层楼。

  7. 免费获得价值3998元的线下课程录屏(有效期一年)

注意事项 *

  1. 需自备笔记本电脑,推荐使用win10系统(MAC也可),4G以上内存(推荐8G)。

    课程实践根据需要会提供云计算平台

  2. 培训班所有数据,文档为内部资料,仅供参阅,未经允许不得翻印外传登刊

  3. 上课期间禁止录音,录像

  4. 成功付款的学员,若临时有紧急事情不能到来的,可申请延期,更换后续培训班;

    也可申请退款

  5. 若临时有事不能参加,请提前联系。

    开课前两周退报,预付款全退。

    开课前两周内,预付款退800元,开课前一周内,预付款退500,开课前两天,预付款不退。

    不可先延期再退款

更多课程的详细介绍,请扫描下方二维码。

复制以下链接http://www.ehbio.com/Training/ 或 点击阅读原文跳转报名页,成为实验中不可或缺的人,赶快报名吧!

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