使用iTOL美化进化树

小编之前写过一篇使用“ggtree" 快速美化进化树的文章（使用ggtree对进化树进行分组美化），但是有好多同学反映不会使用R语言，很难读懂那些代码。于是，小编又仔仔细细研究了一下经常使用的iTOL，意外发现，它也可以快速、批量化地完成一些个性化美化！不会使用R语言的同学们可以简单上手！

首先，我们进入iTOL（http://itol.embl.de/），完成简单注册后即可使用。

点击“My Trees”后，选择“Upload tree files”上传自己的树文件。

之后点击自己上传的进化树，进入操作页面。

在控制列表里，用户可以根据自己的需求调整进化树的展示方式、标签字体、颜色、线条粗细等等……（具体的功能大家可以自己尝试）

还可以左键点击进化树上的标签或者枝干调整相应的名称、字体、颜色以及删除不要的分支。

进行完这些微调之后，小编就要教大家如何批量修改进化树啦！

批量修改的方式很简单，只需将参数文件保存为txt格式拖入进化树界面即可！

本文以修改进化树的颜色为例：

# 修改类型 TREE_COLORS # 分隔符类型（此处为逗号分隔，也可以使用TAB或者空格分隔，具体查看官方文档） SEPARATOR COMMA DATA # 修改标签颜色 NODE_ID,label,COLOR,label_style(normal为普通，bold为加粗，italic为斜体，bold-italic为加粗并且斜体),label_size # 例如，我想修改标签NU_1008为蓝色，且加粗字体，字体大小为2 NU_1008,label,#0000ff,bold,2 # 为标签添加背景色 NODE_ID,range,COLOR # 例如，我想为标签NU_1008添加淡紫色背景 NU_1008,range,rgba(200,200,255,0.8) # 例如，我想为NU_1008至NU_1018之间的标签添加淡紫色背景 NU_1008|NU_1018,range,rgba(200,200,255,0.8) # 修改分支颜色 NODE_ID,branch,COLOR,branch_style(normal为实线，dashed为虚线),branch_size # 例如，我想修改标签为NU_1008的分支为蓝色，且把分支设置成宽为2的虚线 NU_1008,branch,#0000ff,dashed,2

我们把所有要更改的部位根据模板格式要求进行整理，然后拖入进化树修改界面，即可完成修改！

不知道所要修改的颜色编号时，可以在调色板中查询！

当然，我们这篇文章只是“抛砖引玉”，iTOL还有更加丰富的功能，比如添加标记、与其他类型的图结合等等……具体的参数格式要求，在iTOL的网站上均有说明。

iTOL官方文档地址：

http://itol.embl.de/help.cgi

如，我们想要在标签后面添加domain。

我们就可以在官方文档中找到对应的模板文件，然后根据模板内容进行相应的数据整理，即可实现我们的目标。

这样，我们就不需要钻研R语言代码，便可根据自己的需求美化进化树啦！

此外，iTOL官方还有视频教程，有兴趣的同学可以看一下！

http://itol.embl.de/video_tutorial.cgi

参考资料：

http://itol.embl.de/help.cgi

另外，小编也开通了知乎专栏“小王子的生信笔记”，欢迎大家关注！

共同学习！共同进步！