封面中稿 | Nature Nanotechnology 使用工程纳米孔鉴定单磷酸核苷及其表观遗传修饰

本期封面由科学指南针科研绘图团队绘制

DOI：https://doi.org/10.1038/s41565-022-01169-2

使用工程纳米孔鉴定单磷酸核苷及其表观遗传修饰

研究背景

RNA修饰在调节各种生物过程中发挥关键作用，并与许多人类疾病有关。然而，通过测序直接鉴定RNA修饰仍然具有挑战性。纳米孔测序很有前景，但目前的策略因序列解码而变得复杂。酶切核苷单磷酸的序列纳米孔鉴定可以同时提供准确的序列和修饰信息。

图文信息

Fig.1:使用PBA修饰的MspA区分规范NMP

Fig.2:由MspA-PBA鉴定的表观遗传NMP

Fig.3:机器学习辅助NMP识别

Fig.4:检测RNA的表观遗传修饰

Fig.5:酵母tRNA^Phe表观遗传修饰的定量检测

结论

使用纳米孔可以完全区分的最大数量的NMP类型。唯一的限制是当前的传感策略无法检测核糖修饰的NMP，例如C_m和G_m。与质谱法相比，我们的方法提供了更高的分辨率，尤其是在区分RNA位置异构体方面。因此，它更适用于混合样品和天然样品的RNA修饰检测，无需结合任何色谱分离技术和复杂的数据解释。这种传感策略也适用于从天然RNA样品中鉴定酶切NMP，表明使用酶偶联的MspA-PBA进行外测序的可行性。

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