dotplot展示富集分析结果

clusterProfiler最早的dotplot是用来比较不同实验组的富集结果，而单一的富集分析结果使用barplot来展示，后来有用户feature request，于是dotplot也可以用于单一富集分析结果， barplot柱子的长度可以是基因的数目或者是gene ratio，而颜色可以通过p值来填充，dotplot是类似的，点的位置和颜色与barplot是对应的，但dotplot更好在于，还有点的大小可以编码另外的信息。

library(DOSE) deg = names(geneList)[abs(geneList) > 1] do = enrichDO(deg) dotplot(do, showCategory=20)

点的颜色可以用‘pvalue’, ‘p.adjust’ 或 ‘qvalue’来填充.

dotplot(do, x="count", showCategory=20, colorBy="qvalue")

这个dotplot在clusterProfiler, DOSE, meshes和ReactomePA包中都可以用。

后来又有用户来说想应用于展示GSEA结果，于是又实现了，具体请猛击此处.

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