匆匆那年，如一场不真实的梦。
翻到了2011年生日写下的博客文，我读硕士基本上是自己导自己毕业的，硕士论文都是基于GOSemSim：GO语义相似性度量，而这个R包是我自己读paper的时候，一开始拿来练手想要把别人文章中提的方法实现出来。早期CV实在是一片空白，我只想要列几篇publications，有新刊约稿我就上了，其实2011年发表的这两篇文章，完全可以发有影响因子的杂志，起码两三分还是可以有的。下面这三篇文章就是我硕士毕业论文的内容/延续。这一篇博客文也算是为一段日子画上句号。（为什么说我硕士是自己导的，因为用靶基因定义相似性是我自己想的、然后自己实现的。而硕士老师给我做的东西，可以说没有任何方向或系统性，我一直在打杂，帮各种各样的人打杂。）
G Yu, QY He*. Functional similarity analysis of human virus-encoded miRNAs. Journal of Clinical Bioinformatics*. 2011, 1(1):15.
G Yu†, CL Xiao†, X Bo, CH Lu, Y Qin, S Zhan, QY He*. A new method for measuring functional similarity of microRNAs. Journal of Integrated OMICS. 2011, 1(1):49-54.
G Yu†, F Li†, Y Qin, X Bo*, Y Wu, S Wang*. GOSemSim: an R package for measuring semantic similarity among GO terms and gene products. Bioinformatics. 2010, 26(7):976-978.
08年的时候，结合mRNA芯片和miRNA芯片数据，做靶标预测。某一天晚上，没睡着，想到可以通过靶标来计算miRNA的相似性，正好可以利用当时写的软件包GOSemSim来计算。
09年看到BMC Systems Biology上有一篇文章，利用miRNA所调控的蛋白相互作用网络对miRNA进行聚类，当时我就觉得，利用靶标来计算，这想法不发出去，它就不再新鲜了。
记得Watson说过，科研有三大动力，其一是赶在竞争对手之前，其二用于泡妞，其三，忘记了-,-
第三点和Watson对不上，所以记不住，第一是DNA双螺旋时，谁看到那个X射线衍射结果，谁拿炸药奖，Linus Pauling当时是他们最大的竞争对手。第二点是Watson 39岁时，娶了自己的学生，19岁。
08年的时候，算好了相似性矩阵，这事就一直掠着。老板压着我第一篇文章没发，这是最主要的原因，当然自己当时在搞申请，也有影响。
毕业后，我想把它扔了。
10年又看到Bioinformatics的一篇文章，通过miRNA相关的疾病来度量miRNA的相似性。所用的方法和我的是一样的，只不过我用靶标的GO注释，他用疾病注释。
想扔掉不要了，但又觉得应该publish出去，毕竟那是自己的idea，当时花了几天的时间，重新计算，并撰写成文，没有什么新东西，只是原来那最初的想法，只想把它publish出去，发什么样的文章倒是不care。
2月份发表在Journal of Integrated OMICS，这是个新刊，没IF。
Journal of Clinical Bioinformatics的主编看到我的文章，写信过来约稿，这出乎我的意料。
2月25号的晚上收到信件，我想写个brief report似乎没什么意思，想了一个晚上，觉得既然是提出方法，就基于这方法再做点什么，我想通过病毒编码的miRNA所调控的宿主靶标，度量病毒miRNA的功能相似性，以此角度来看病毒-宿主相互作用。确立了这么个路线。26号回信，接受邀请。27号开始做，一边做一边写文章，3月8号写好文章，从产生想法，做计算，到文章完成初稿，总共10天，这是目前最短的记录。
9号发给老板，14号投出，4月5号修回，修回的时候，刚好拿到个校内基金，我把校内基金也写进Funding里，5月5号接收。刚好是我生日，算是及时的生日礼物=,=
通常是5月5号立夏，但今年是6号立夏，正如我出生那年。
Journal of Clinical Bioinformatics是BMC的新刊，虽然也没IF，但对于我来说，这篇文章有好多个记录：
完成一篇文章使用时间最短；
第一次收到约稿；
第一次在Funding里写自己的基金。