YuLabSMU

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ggtree给你精致​妆容

不想说啥了,因为图中其实已经很清楚了。欢迎买书,【我筹划了近10年的书,终于出中文版了!】,加入交流群。图中传达的关键信息就是要会变通,思路打开了,啥不能画?ggtree不仅仅是系统发育树,只要是树状的层次结构,全部通杀,所以大家都是用得到的。最近就有人问我pvclust的可视化,非常高兴pvclust的作者也推荐使用ggtree。这软件我是用过的,这就是我在2011年发表的文章里的图,用的就是pvclust,大家知道我在2010年发表了GOSemSim,可以使用GO来度量基因或蛋白的功能相似性。当年我就提出来,可以通过miRNA的靶基因来度量miRNA的功能相似性。那时候miRNA还是比较火的,我就用这样的简单思路,写了一篇文章,把人的miRNA相似性给算了一遍,聚个类,分个功能家族啥的。然后就有了主编邀稿,学术新人嘛,看到邀稿,异常开心,现在这些邀稿,不5分以上,都直接当spam删了。当时这个Journal
3月27日 上午 7:45
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不仅仅是翻译的fanyi包

最新的版本已经上线,所以大家可以通过下面的指令来安装了:install.packages("fanyi")这个包支持了哪些翻译服务?百度翻译必应翻译有道智云火山引擎彩云小译腾讯翻译君智谱清言其中智谱清言就是基于大语言模型的,后续我们可能会探索一下,在这个包里是否有可能利用大语言模型做点其它的事情,而不仅仅是翻译。这个包怎么工作的?你首先要注册并开通这些服务,拿到密匙这些信息,通过set_translate_option()给进去,然后就可以用了。每个翻译服务,事实上我们都有对应的函数,可以调用。如百度的就是baidu_translate()而必应的就是bing_translate(),所以不会混。然后我们还有一个函数是translate(),它的翻译可以是任何一个支持的服务,到底用哪个,取决于当前的设定,而设定是set_translate_source()函数来指定的。对于每一个翻译服务,我们在包的主页,https://github.com/YuLab-SMU/fanyi,的README里,都有详细的介绍:翻译实例library(fanyi)####
1月10日 上午 7:30
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fanyi包新版是值得期待的

说到做到,我就简单地写了一点,挂在BioRxiv上。今天下午连着收到两封邮件,都想我把这篇文章投过去:还都有5分+,也不算太水,起码可以满足博士毕业。CRAN团队放假了,等8号之后,我就传个新版本的。这半个月,代码基本上是做到了日更的,每天一小块,小步快跑。现在能够支持的翻译引擎已经有百度、有道、必应、火山(就是字节跳动呀,你天天玩的抖音)、彩云。写了小工具,直接翻译ggplot2图的坐标轴,可以爬基因的信息回来翻译,还有个基于有道的小词典。还是那句话,必定是爆款。让子弹飞一会,肯定还有更好的期刊来约
1月6日 上午 12:01
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fanyi支持有道智云,每年立省30万!

有道的翻译是长这样子的,我们在fanyi包里现在是支持的。要使用,可以按照我们在README里给出的指引:to
2023年12月30日
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把R当成你的翻译器

写了个小函数,调用了百度翻译,这样我可以在R终端用来查查单词,把它当成是个简易版本的词典。当然最主要的是,你可以批量去干点啥。比如上图例子中,我把画图的KEGG通路换成中文的,过于简单了。我们可以画一下中英文的对照版本,其实翻译得还是不错的。这样子,你在组会讲PPT的时候,用个中文的,讲起来方便,我时常也看到中文期刊文章以及学位论文里用中文的,如果你要这么干,那现在就简单太多了。就算你不用中文的图,你写毕业论文对着图解说,你还是会翻译一下英文条目,然后后面的叙述中,就使用中文了。所以工具虽简单,但堪称神器,因为它可以在R里对接各种东西。我们虽不缺个翻译软件,但场景对接起来,太累。比如基因的名字,你要写中文名,是不是很头大?有这个翻译神器,信手拈来啊。上面的例子中,我就用基因ID检索基因名称,再翻译成中文,如丝顺滑!其中有个基因叫
2023年12月18日
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执行系统指令:小如麻雀的函数

再给大家介绍一下yulab.utils包中的一个小函数。小到只有几行,但是非常方便。首先安装包是:install.packages('yulab.utils')装好之后,加载:library(yulab.utils)然后就可以使用了,这次给大家介绍的是exec()函数,它能够运行系统命令。假设你在使用R的时候,想跑一下命令行程序,切换终端总是有点不爽是吧?那么你就可以在R里面运行它,这个不难,用system()指令。exec()也是调用一句system()来干这活。但我给它搞得稍微方便一点,仅此而已。使用就是把指令传给它,比如用ls列出文件,输出会直接打印出来:>
2023年10月10日
教育新闻

加载包顺道把包给安装了

写个教程,要可重复性,于是你就先写安装软件,你去渲染这个R
2023年10月2日
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听说你要在长城内装github包

标题这句话,最近老看到,但是这有何难,yulab.utils这个包里有个小功能,install_zip能安装zip包,就是windows那种编译好的R包,它能装。源码包用zip压缩,它也能装。然后github上的repo,虽然访问可能会有问题,但Download
2023年10月1日
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本科生写的新包:wikiprofiler

这个包简单说,就是能让你把数据(比如说基因的倍数变化)映射到wikipatwhays上进行展示。我设计了一下类似于ggplot2一样的语法,用的不是+号,而是管道%>%或|>来操作,每次就往上加点东西,当然当前能加的东西也比较有限。然后我让一个大三的学生写具体的实现,也就是包的第二作者Chen
2023年9月30日
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科研人学习R统计和数据可视化的最新组合(福利送书15本)

《R数据可视化》+《R速成》+《R实战》三本R书都是知名教授多年课程和研究的精华凝结三本R书都是2023年上市的新书,软件版本新,内容案例新双节送福利15本,每本R书各5本还有京东独家5折购~R实战:系统发育树的数据集成操作及可视化(全彩)2023年4月上市,当月飙升京东畅销榜榜首!多次断货,多次加印!
2023年9月22日
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转眼一个五年过去了,教师节快乐!

教师节快乐!刚来南医大那会,画了一张图,亲测还能用。点击图片直达,感慨时间过得很快。
2023年9月9日
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用R比小心心天花板

​mathart:一个富有逼格的R包​130岁了,祝你生快
2023年8月22日
其他

文章发表:MicrobiotaProcess - 微生物组数据分析新工具

这个系列今年除了说出版了一本书之外,就没有再更新了,再不写点东西,2024都要来了。MicrobiotaProcess这个包首次在公众号里介绍是在2020年,那时候还没有设计复杂的数据结构来存储和管理宏基因组数据。时隔三年的打磨,最终文章于今年发表在《The
2023年8月20日
自由知乎 自由微博
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ggplot2版本的oncoplot来了

事情的缘由总要先说一下,正如上图所示(图可点,有链接)。然后上一次,我们干成了一个事情,就是富集分析的结果,你可以画PPI相互作用网络图了。今天的主角是用aplot来画oncoplot,这个你可以理解成用ggplot2来画子图,然后用aplot来拼。这个事情本来就可以做,但我觉得我不搞个现成的,大家可能不太会。为什么要oncoplot,因为它是用base
2023年8月6日
其他

clusterProfiler开始支持Pathway Common

code当mentor,指导一下学生写代码,睡前看到她的PR,于是着手改代码,一不小心就2点了,纯粹是看着代码来改,还没有测试,欢迎当小白鼠,我先睡了,晚安。
2023年8月2日
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干了这碗鸡汤

当我看到A图的时候,我说那下面也可以再画圈圈,这样就可以比较结构了,比如一个核糖开关的两种构象,于是有了B图。这完全是来自于我当年写第一篇文章时的知识,读研的第一篇文章就是读文献,写一篇综述。这是当时文章里的配图。我想说的是,所有的努力都没有白费,这些经历定义了今天的自己。有些知识就像流淌在身体中的血液一样,这些知识用起来,几乎就是本能一样。
2023年7月25日
科学研究

简简单单讲insertion size

library可以保证获得足够的coverage,它可以告诉你contigs之间的序列,但信息是local的,它没办法告诉你怎么拼;而long-insert
2023年7月21日
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恭喜The Innovation喜提首个影响因子32.1分

Genetics搞个可视化专刊的时候,就有人咨询我,大家说得好好的,最后对方投了Bioinformatics。但我是君子一言,说好了这一篇投过去,我写完直接就投了。这篇clusterProfiler
2023年6月30日
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节日快乐!

鼓励生三胎之后,这张图是不是得更新了?
2023年5月31日
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配置ssh访问github的极简教程

key添加进去。测试一下:好了,大功告成。最后,要用git指令,你还需要告诉它你是谁。git
2023年5月31日
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好大一个瓜

唉,就这张截图里说论坛上到处推广,好像你们很难在论坛上看到我的身影,有的只是我自己的博客和公众号上,介绍一些新功能,或者解答一些问题而已。如果有其它的地方,在介绍clusterProfiler,那也是粉丝自来水。1万多的引用,靠的不是我到处推广吧,我一般还不怎么讲clusterProfiler,毕竟我觉得这个软件不足以立我的形象。点击上方的图片,直达生信技能树的瓜,我觉得扒得还算挺克制,毕竟都是某教授B站、博客、微博上自己主动宣传的东西,甚至是课堂上宣传的东西。除此之外,并没有什么涉及人身的信息。然后这瓜吃得,有学到东西咯,被科普到什么叫‘先父遗传’()。
2023年5月29日
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当clusterProfiler遇见stringdb...

上次搞的ProjectYulab,还是有小伙伴响应的。当前最好的一个案例就是我说支持PPI网络的,直接上截图。那么在当前github版本的clusterProfiler中,我们把这块功能给加进去了。直接上实例吧。require(aplot)require(ggplot2)require(clusterProfiler)genes
2023年5月22日
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当clusterProfiler遇见stringdb...

上次搞的ProjectYulab,还是有小伙伴响应的。当前最好的一个案例就是我说支持PPI网络的,直接上截图。趁着出来徐州开会,晚上醒醒酒的时间,把这些代码整理了。那么在当前github版本的clusterProfiler中,我们把这块功能给加进去了。直接上实例吧。require(aplot)require(ggplot2)require(clusterProfiler)genes
2023年5月15日
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听说你想跟我们学习

有时候会时不时收到这样的邮件,也有一些是提前联系想考研的,我以前都是说,那你就去看我们的github主页吧,从解决一些issues开始,基本上就不了了之,包括诸多想考研的。其实要是真的能参与,肯定是有受益的,就拿我之前写的一段话来解释吧:在自己还没什么能力的时候,多做一些这样的公益活动,是可以给自己的简历攒一些经历的,是可以让自己成长的,是可能给自己带来机遇的。我帮统计之都校稿ggplot2中文版,Hadley写第二版的时候,我又帮他校了稿,所以你不管看第一版的中文版还是看第二版的英文版,你都可以在序言里看到我被致谢了。也不要问我对ggplot2为什么这么熟,那本书我自己也不知道看了几遍。Hadley还给我寄了一本签名版。《我在MSnbase里做了什么?》这一篇文章我也介绍了我主动去联系MSnbase包的作者Laurent,后来我要去找地方读博的时候,我也是找Laurent给我写的推荐信,我找他写推荐信的时候,他问我要不要去剑桥加入他的实验室。所以说多参与一些无私贡献的事情,能让自己成长,也有可能收获一些新的机会。我后面转念一想,可能直接就这么扔我们开发中的R包,对于大家来说,gap太大,当然也有学生做到了,成了我们团队2022级的研究生。另一方面,团队的博士后新人提议说,可以搞点事情让别人做,也是给别人一些成长的机会。于是,我就在github上开了一个repo,我的初衷是我们提一些不太难的需求,然后有兴趣的小朋友,不管是想练手,还是想增进彼此的了解(比如想加入我们),有一个可以开始的地方,迈出第一步,成功一大半。
2023年5月2日
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和《R实战:系统发育的数据集成操作及可视化》读者聊聊天

因为书卖得太好,出版社邀请我线上联麦,这可以说是首秀,线上讲座有,但这种直播联麦真还是第一次!和各位小伙伴聊一聊,希望能够对大家有一点启发。有小伙伴留言问我带货吗?带!必须带,我为自己带盐,请戳《第一次的联麦直播
2023年5月1日
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第一次的联麦直播 =,=

由于书卖得太火了,出版社邀请我联麦和大家互动一下,来吧,来问我问题吧。直播会抽幸运观众,会送书耶。PS:上一次有赞的出版社直销,好多小伙伴联系我说开发票,你们还是联系出版社吧,微信号就在下方,之前通过有赞买的,也是加她开发票。微信号:
2023年4月25日
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想起以前说的“你换个人试试”

easy,觉得你是在键盘上按了个RUN。点图片,看我多年前的吐槽吧。本公众号最吸引人的地方,就是一会是个树洞,一会是个吐槽
2023年4月21日
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想找我签名?

今天刚参加完TICSSO会议,很多人可能留意到我有个报告以及当主持人,公众号有些留言说能否找我签名,不好意思我没有一一回复。但我想这显然你遇到我的话,我肯定不会拒绝的。平时也老有人问,本校是不是可以签名,搞得好像还预约一下似的(要是真这么互动,能签多少名了),其实假装偶遇一下,就像上次我去上课,有研究生拿着书在教室门口等我一样,也不耽误时间,就挺好。所以一句话,不要问,尽管来,但最好不要强行拉我聊天。今天在会场也有人找我签名,有个学生我让等一下,结果在会议结束后,我看了看,发现已经走了。今天在会场上还有个大二的学生过来加微信,还问我以后有没有机会加入课题组,真的是很好很卷,有这想法的猛点这里参考一下。这次会议遇到了高歌老师,他对我说生信的书,能在京东卖到断货,绝对是现象级的事件,表示已经出圈了。在此我要感谢大家的认可和捧场,我总觉得自己的能力配不上现在的虚名,我总是觉得心虚。只不过是兢兢业业地做一点自己力所能及的事情而已,真正厉害的人做的东西阳春白雪、曲高和寡,我这种小打小闹,做些下里巴人的事情,套用现在的时髦话,干着脱掉长衫的事情而已!如果要给自己一点肯定的说法的话,那就是我们写的一些软件包,让一些下游分析能够触手可得,让更多的生物学家能够把时间更多地花在思考生物学问题上;另一方面就是让更多的年轻人能够更快地上手,影响一些年轻人进入这个专业,也算是对这个专业的一点贡献。希望我和我的团队能够做得更好一些,不辜负大家的期望。最后我想说,有没有人来做博士后?大家都知道我开发一些R包,这可以说是我们团队的老本行了,我们之前发表的ggmsa,ggtreeExtra,都是学生的作品,还有一个MMINP的R包文章在修回,以及今天会议上讲的单细胞方向的MSGNN和其它一些开发中的包。另一方面我想往一些生物学问题上靠,去年拿的面上项目是做PCOS的,会测宏基因组和meta-hic,通过噬菌体-细菌-人的角度来研究这个疾病。我们还联合其他教授,想测一些空转的数据,来研究神经性疾病。所以写代码可以,做数据分析编生物学故事也可以。我想总能找到一点结合点的。那么我对博士后的期望,也是要么做我的事情,要么可以做你自己的想法,但能够和我有一些结合点,这样你在我这里,也就不是自己一个人在做事情,而是能够利用我这边的一些资源或者是团队能力,这样也更容易产出一些。简单点讲,带着你的背景优势,也能够利用我们的团队优势,做到互相取暖、共同进步的同时,也能够更快地有产出。以前总有人说自己是医学背景,想学生信,问我行不行,这是最差的做法,想来学东西是可以的,甚至于你都不会,就是想来尝试转行都是可以的。但问题是你不能摆出一副我是来学东西的,因为这不是我关心的,我关心的是你对我的团队能有什么贡献?医学背景对于我们来说,也是欠缺的,我们也是欢迎的,而你联系我,应该突出你能带来点什么?而不是单纯说想获得点什么。还是那句话,要互相取暖,推销自己不要拿着短板出来,而是拿着长板来吸引人,你有你的长板,我有我的长板,那我们一起就必然1+1>2。一个好汉三个帮,共同成长,共同成就,是我所期望的。
2023年4月16日
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四面杵鸽

今年体验过差,我后悔没有收推免生了(我哭一会就好,自责要短暂)。一志愿还没复试,就有个数学专业说要调剂,后来说自己没想好,再后来就是开放调剂之后,又来找我。这就是为什么我昨晚说想起了吕奉先,人中赤免,马中吕布。我可不敢要,一会再来个没想好。。。今晚我又受到了爆击,被鸽也就算了,还要希望我能够和他共同努力,我感觉到了自己备受嫌弃。。。
2023年4月10日
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人中吕布,马中赤兔

今年和一些考研调剂生的互动中,我感觉到有些小孩,比较反复,吃着碗里,想着锅里,特别是有些看上去挺优秀的人。我突然就像起了三国的吕布,好利短视,反复无常,关键是就跟小孩在大人面前耍花枪一样,一目了然。好好的一手牌,非要打得稀巴烂。说这个不是为了吐槽,而是希望大家不要伤仲永,祝顺利上岸!
2023年4月9日
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我筹划了近10年的书,终于出中文版了!

非常高兴《R实战:系统发育树的数据集成操作及可视化》这本书终于和大家见面了。这本书可以说孕育了很长的时间,起始于2014年,我刚进入香港大学新发传染性疾病国家重点实验室读博士,这对于我来说是一个全新的领域,由此也接触并学习了系统发育的相关知识。为自己和实验室的师兄师姐写了一些脚本来处理系统发育相关的数据。在这个过程中,我发现大家都在用Adobe
2023年3月29日
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Windows下新装R的极简指南

配置vscode中使用R安装R包,"languageserver"和"httpgd"就可以了。然后就是vscode端的操作,安装REditorSupport。最后在.Rprofile文件里加入:if
2023年3月17日
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The Innovation | MicrobiotaProcess: 深度挖掘微生物组学数据的综合R包

导读MicrobiotaProcess定义了MPSE数据结构以整合微生物组学上游输出的多种不同格式数据以及下游的输出数据,并配合整洁语法框架(tidy
2023年3月1日
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重新定义了什么叫摸鱼!

https://github.com/isinaltinkaya/gptchatteRChatGPT这么火,R包马上跟上,拿走不谢。跟机器人聊聊天,就能把活给干了。
2022年12月6日
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从引用来看能打的都是一作是怎么回事?

看到了phytools的作者Liam
2022年10月6日
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我的第一本书来了,ggtree全家桶的知识全在这里。

写ggtree源于要帮助实验室的小伙伴们在树上呈现点数据,本来是想顺道快速搞篇文章,结果从14年底我就一直干到现在,而且还将继续干下去。大概是因为我完全是个新手才能写出ggtree,如果我是个老手,想必也有称心的工具,或者虽然骂工具千百遍,还是爱它如初恋,应该不会去自己写一个。正因为是新手,工具难用,我没有习惯一说,难用就弃用,或者太复杂,脑容易不够,学不动。看着实验室小伙伴们用Illustrator,修图一搞就一天,实在看不下去,叠叠图层,它不香吗?我很认真去思考这个问题,于是ggtree出来了,我2014年12月开始写,到了圣诞假期的时候,我已经是在咖啡店里写文件的解析了。然而没有完,我一直更,一直更,越来越好用,越来越易用,功能越来越多。ggtree在一开始就受到了大家的关注,我在twitter上收到了很多包括拯救了博士论文、相见恨晚等对ggtree的表白,这显然是个改变游戏规划的包,但文章发起来,也不是很容易。第一篇文章返修意见总共有11页纸。当然一旦发表,就收到很多的关注,就如同上面的截图一样,还被邀请去Field
2022年8月13日
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文章发表:ggmsa - 多序列比对和相关数据的可视化探索工具

geom_facet(geom_motif)。B图使用Tree-MSA-Phenotype图形展示了特定基因序列与表型间关联,核心代码为ggtree()
2022年7月1日
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文章发表:CBNplot - 你的富集分析好助手

我们在《YuLab文章》系列中,都是列我们是第一作者(含共同)或通讯作者(含共同)的文章,挂名的我是不会拿出来说的,这次破例,为什么呢?因为这个CBNplot包是clusterProfiler的扩展包,而且我觉得挺重要的。因为正如我说的《所有人都在做富集,但没人在意它的结果》,对于这个问题,我试图通过设计一些可视化方法来解决。而Noriaki
2022年6月4日
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开门弟子要出师了

2018年9月来南方医,2019年9月有第一批学生,今天举行了答辩,算是完整地培养了第一届学生,我们很荣幸请来了中山大学中山医学院的杨建荣教授担任答辩主席,以及中山大学中山肿瘤防治中心的左志向教授、南方医科大学检验与生物技术学院左大明教授、南方医院杨新平教授和生物信息学系朱浩研究员作为答辩委员。博士生徐双斌,主要从事微生物组学数据分析和可视化,论文主要内容是开发了MicrobiotaProcess(文章在审稿中)、开发了ggtreeExtra并发表了一篇Molecular
2022年5月19日
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文章发表:第一篇Editorial article

article,这种类型的文章是编辑部福利,吹个水啥的,我也是终于划了第一次水。去年我们在Frontiers搞了一个数据可视化的专刊,随着我们这篇Editorial
2022年5月3日
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欢迎参加夏令营,到我的碗里来。

朋友圈大家又开始在推各种夏令营的通知了,内卷太厉害,一个比一个早!我想我也得来广告一下,2022年9月份要入学的一个学生,就是通过夏令营招的,当然他在这之前就已经联合过我了。大三开始找我,早鸟早扑腾,早成长。这个截图是之前截的,我把学校名也给马赛克了,不防放出来,西南交通大学,全国重点大学、211、985、双一流,一个都没落下。既然已经干了一年了,那到底干了啥,我们来看一下。除了解决ChIPseeker的一些小问题之外,最大的贡献是我们画谱图,已经不单单是画启动子区了,比如下面例子中画的是基因体,已经还能延伸,例子中是延伸20%,如果你传入的参数是1000,那就会延伸1000bp,绝对值和相对值同时支持。你以为多了一个基因体嘛,其实不止,你能画内含子、外显子,UTR等。你以为这样就完了么?还独立写了一个包:这难道不是最好的招生宣传吗?快到我的碗里来。2022年招两硕士,另一个也是保送的,专业是五年制的基础医学,完全没有生信基础,因为跟我说在一个生信的老师手下实习,人刚好我是认识的,我一问,对方跟我说,基础确实是没基础,不过在他那里实习的学生很多,只有她一人是经常去的,勤奋倒是挺勤奋。于是我就把她也录了,一个人的工作态度是非常重要的。老师的评价是非常重要的。
2022年4月29日
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文章发表:肠菌在辅助诊断骨折相关感染

背景骨折相关感染(FRI)是骨科创伤手术后最具挑战性的并发症之一,治疗困难,复发率高。疾病的早期诊断对于治疗的选择和手术后的恢复非常重要。然而,当没有明显的FRI临床体征(例如窦道或脓性分泌物)时,FRI只能通过术中感染体征、术后细菌培养和组织病理学结果进行确诊。FRI早期诊断的辅助参考指标血清炎症因子具有非侵入性、便宜、能快速反映机体免疫状态的特性,但其敏感性和特异性低,诊断价值有限。因此,FRI极易漏诊,从而增加治疗难度、多次手术的机会及由于未检测到的感染点而导致的复发率。有研究表明,感染和炎症会导致肠道微生物群的改变。本研究旨在探究FRI患者的肠菌变化,并评估肠菌在辅助诊断FRI上的价值。
2022年4月15日
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上课梗三则 -- 代沟过于明显了

听到学生在大声说话,我问我哪里讲错了?学生回答没有,我说没有那你们讲什么。回答说:【二十个氨基酸】,嗯,我当时在讲密码子,我说:我对着PPT念,已经够不好意思了,请你们就不要帮我念了吧。2.
2022年3月28日
其他

截断坐标轴后,你还想留更多的白?

library(patchwork)set.seed(2019-01-19)d
2022年1月19日
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都2022年了,还在用DAVID?

有点奇怪,一篇一堆实验的文章,GO分析只是一小部分,NC竟然邀请我来审GO分析!!!结果是DAVID,这必然是要被吐槽的。已然又5年多没有更新了。点击下面图片,看吐槽吧,我知道8g大家都爱。
2022年1月12日
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据说白胡子老人又来了,让我们用R画一只麋鹿吧!

library(emojifont)#一行代码画图,就是这么简单ggplot()
2021年12月24日
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当你在写论文的时候,你在做什么?

贴这张图,没想到引起了大家的共鸣。打扫卫生派白噪音派学习技能派最大的杯具莫过于学着学着,发现自己的论文的数据不对。顺势而为既然是这样,那就和它和平共处,乃至于利用它,顺势而为。引起共鸣的是哪本书?这其实是留言里问得最多的,只不过我没有放出来。这本书其实在公众号文章《站在PhD的大门前》一文的开头有提到,书名叫《教授为什么没告诉我》。还有一篇《本科生如何加入实验室/老司机的实验室入伙指南》也推荐给大家。我为什么会突然想起这本十年前看过的书?主要是因为学生一写论文就拖好久好久,推不动进度,我知道有些导师是不让学生写论文的(学位论文除外),都是自己写,这样大家省心,因为做为导师,除了推得心累,改起论文也是同样心累。不过我坚持必须由学生来写,因为这是训练的重要部分,学生成长的重要环节。在长时间推不动的情况下,我突然就想起了马桶梗,顺道就手机搜一下,出来了开头那个前言的文字。想必学生是做了太多正义而无关目标的事情,不管干什么,有了这个梗,我们都能称之为在刷马桶。在我们的留言区,也有小伙伴推荐了两本书,多读点书总是好的。写博士论文的苦,只有写过才会懂
2021年12月4日
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文章发表:ggbreak让你更好地利用画图空间

五月份参加答辩,顺道又介绍了一下ggtree的工作,在会上被问到如果树有分支特别长的话,能不能截断,我回答可以,但麻烦点。当我回到座位上的时候,我就在想,应该有可以不麻烦的手段,而且这似乎很重要,因为我们吐槽截断坐标轴的时候,总是说取个log就行了,但不见得是log
2021年11月3日