开门弟子要出师了

2018年9月来南方医，2019年9月有第一批学生，今天举行了答辩，算是完整地培养了第一届学生，我们很荣幸请来了中山大学中山医学院的杨建荣教授担任答辩主席，以及中山大学中山肿瘤防治中心的左志向教授、南方医科大学检验与生物技术学院左大明教授、南方医院杨新平教授和生物信息学系朱浩研究员作为答辩委员。

博士生徐双斌，主要从事微生物组学数据分析和可视化，论文主要内容是开发了MicrobiotaProcess（文章在审稿中）、开发了ggtreeExtra并发表了一篇Molecular Biology and Evolution（一作）、分析了绝经前后女性骨质疏松和肠道菌群的关系（Aging-US，共同一作）。除此之外，还开发了ggbreak并发表在Frontiers in Genetics（一作），ggstar等包，参与维护ggtree全家桶（N作文章若干）。

硕士生周烺，开发了ggmsa，ggtree里面有个msaplot函数，我本来是打算搞个更好的版本，把树和MSA画在一起，最后做的还是超出了预期，加入了像sequence logo, sequence bundle，RNA二级结构（并且我们拓展到可以比较结构，可视化相互作用等功能），可视化基因组比对结果（MAF文件），以及可视化序列重组信息等。就在答辩前一周，这个工作顺利被Briefings in Bioinformatics接收。另外还封装了一个将序列数值化的C++软件为R包，方便将序列特征转换成数值向量，应用于机器学习中。

硕士生冯婷泽，基于癌症干性预测肝细胞癌预后以及识别索拉非尼耐药机制，这个工作是基于TCGA和GEO的数据挖掘，最后找到了4个关键的基因，并且propose了调控机制，文章在修回中，大概率是可以接收的。工作还是蛮好的，缺陷是我们没有自己的数据，以及没有实验条件后续往下做，另外我对她的指导也没有像写R包的那么多。

恭喜三位学生顺利通过答辩，希望在以后在工作岗位上能够有更好的表现。

今天还和杨教授谈起我们是怎么成为网友的，杨教授是ggtree最早期的用户，当时在微博上给我发私信，说ggtree在circular layout上的tip labels有些是翻转的，杨教授问完问题之后，又提出了解决方案，于是他的方案就成了geom_tiplab2()，当然现在已经不需要用geom_tiplab2()了，不管是什么layout，都可以直接 + geom_tiplab()。（为此我专门登录了许久没上的微博，重温一下，并在此处感谢杨教授对ggtree的贡献）。

和左教授倒是第一次网友见面，希望以后和各位教授（包括校内的三位教授）能够有更多的交流，以及合作，最好是能够搞事、搞事、搞大事。