ggtree给你精致​妆容

不想说啥了，因为图中其实已经很清楚了。欢迎买书，【我筹划了近10年的书，终于出中文版了！】，加入交流群。图中传达的关键信息就是要会变通，思路打开了，啥不能画？

ggtree不仅仅是系统发育树，只要是树状的层次结构，全部通杀，所以大家都是用得到的。

最近就有人问我pvclust的可视化，非常高兴pvclust的作者也推荐使用ggtree。

这软件我是用过的，这就是我在2011年发表的文章里的图，用的就是pvclust，大家知道我在2010年发表了GOSemSim，可以使用GO来度量基因或蛋白的功能相似性。当年我就提出来，可以通过miRNA的靶基因来度量miRNA的功能相似性。那时候miRNA还是比较火的，我就用这样的简单思路，写了一篇文章，把人的miRNA相似性给算了一遍，聚个类，分个功能家族啥的。然后就有了主编邀稿，学术新人嘛，看到邀稿，异常开心，现在这些邀稿，不5分以上，都直接当spam删了。当时这个Journal of Clinical Bioinformatics是新刊，从图上大家也可以看到我发的是第一卷，但起码是个BMC出版社啊，不是野鸡，我就接受邀请了，屁颠屁颠地搞了一篇文章，然后这个期刊就倒闭了。。。

 接受了就要写，我当时想，我算了个人的，再换个老鼠来算，没意思。我换个病毒的，收集感染人的病毒且有编码miRNA的，然后通过预测病毒编码的miRNA在宿主中的靶基因，用的靶基因预测工具是只考虑热力学的（因为这种情况是不适合用进化保守性的预测工具的），预测完之后，病毒的miRNA对应到人的靶基因，那么我就可以用GOSemSim来计算了，通过靶基因集的相似性来度量病毒miRNA的功能相似性。然后就有了图中这个聚类。

这就是我刚硕士毕业的时候，能够独立灌水，就证明了我导的教育还是很可以的。PS：大家不要抱怨找不到地方读博，我当年也一直没人要。

说到这个pvclust，就让我回想起来这件事。针对层次聚类，我专门写了一个包，ggtreeDendro，所以回应到邮件的提问，就是用这个包，啥都支持，干啥都好（感觉像是货拉拉的广告词）

然后再回应到开头说的，大家都可以买书学ggtree，因为层次聚类都在用。数据算了相似性聚类了，你的数据还有关联的信息嘛，在聚类树上，要展示解读，用ggtree过于容易，而其它工具，基本没戏，只能画个光秃秃的树。只有ggtree，才能让你的树以精致妆容示人。