文章发表：ggtreeExtra -- MBE
ggtreeExtra这个包之前有介绍过：《用图层叠加方法绘制环形进化树》
可以说这是我在2018年发表在MBE的延续，《文章发表：两种方法在进化树上可视化数据》，其中第二种方法，也就是facet_plot或者是后面可以用+号的geom_facet，这个可以说也是个骚操作，分面大家都以为是拿来用同一种方法可视化同一个数据的不同子集。而我却用来用不同方法可视化不同数据，突破了大家的想象力。更重要的是模块化的设计，让它背后拥有了整个世界，没错是整个世界，画树交给ggtree，已经没有对手，画数据交给ggplot2整个社区，没错是整个社区，因为各种扩展包，都能为我所用（当然有些包不兼容也是存在的），所以也不可能有对手，这一结合，就更加不可能有对手。
然而有一个问题，是利用了分面，也就意味着没办法用极坐标，限制了在circular布局上的应用。我最初写了一个gheatmap的函数，算作是个prototype吧，用来画树+热图，在函数内部对数据做了操作，让它可以画在树的右侧，变成极坐标，就成了画在外圈。
我对学生说，我想要写一个通用的，可以参考gheatmap，我要的是和geom_facet一样的接口，一样的用户体验。最终学生做出来的，在我意料之外，我本以为会按照gheatmap一样，在函数里对数据进行位移，结果学生开发出来的是通过定义Position对象，传给图层做位移，给我留下了非常好的印象。能够主动思考，做出让导师觉得impressive的成果，此处必须手动点赞！
所以ggtreeExtra可以看做是我在2018MBE文章中第二方法的一个更好实现版本，它同样拥有整个世界，ggtree和整个ggplot2社区，而且支持更多的树布局。
文章最终发表在Molecular Biology and Evolution上，文章写得比较短，但我们写了很长的附件，足足有30页，用各种例子告诉大家，这个包多么好用，且没有对手。https://github.com/YuLab-SMU/plotting-tree-with-data-using-ggtreeExtra
与其它软件的比较，我们带来了更多的可能性。下面是几张我们在示例中画的图，看看就知道大概有多厉害。
简单一点的：
搞个统计图，搞个图片啥的，都不是问题：
复杂的图一点都不复杂，因为都是搭积木出来的，每一层都是简单得不得了。
前方高能，美图秀秀：
最后这个图，是我们的得意之作，我一定要学生找到个真实的数据来画。因为既然要画圈，就得能结合弦图，最后的呈现效果，还是比较满意的。
最后来一句广告词：忘了iTOL吧，ggtreeExtra拉着嫁妆（ggplot2社区），赶着马车（ggtree）来了。