DNA序列重组可视化方法

这是高老师文章里的图，每一个小图都是通过比较两条比对序列差异而做出来的，从图A和B中可以看出，CF_YL21有可能是Mont和Oz两条序列重组而来。高老师自己做出这图后，深知手工统计序列差异、画图、拼图之困难。问我有没有办法读两条序列，生成一个图。

很多东西都没有现成的，需要自己造轮子，于是我写了个R包来做这个事情：

1. library(ggmsa)

2. fas = list.files(system.file("extdata","GVariation", package="ggmsa"),

3. pattern="fas", full.names=TRUE)

4. x = seqdiff(fas[1])

5. plot(x)

一行代码读文件，然后plot画出来，就是这么简单。

这里有三个文件，我们可以三个文件一起读，三个图一起画。

1. x = lapply(fas, seqdiff)

2. plts = lapply(x, plot)

然后可以很容易把三张图拼在一起

aplot::plot_list(gglist=plts, ncol=1, tag_levels='A')

简直完美，跟文章中的图一毛一样。

这个功能写于2016年，在我的博士论文中，我也使用了这个包画了一些图。本来放在 seqcombo包中，由于我们写了一个ggmsa的包，《关于多序列比对可视化，我们做了一个包》，正好都是输入都是多序列比对的，于是把这个功能放入了ggmsa包中，将在seqcombo后续的版本中移除。

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