融合基因：是致癌魔鬼，亦是治癌天使

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本文作者：Richard  转载自：医世象

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精准检测辅助精准医疗，RNA-NGS用于融合基因检测能为医生提供更多诊疗信息，让更多癌症患者获益。

世界卫生组织统计数据表明，“癌症已成为全球第二大死因，近1/6的死亡是由癌症造成的”。预计到2025年，全球每年新增癌症病例数将高达2449万例。癌症的高发病率主要源于人们的日常不良生活习惯，如较少的摄入果蔬、缺乏锻炼和过度吸烟饮酒等。

癌症新增和死亡病例中，亚洲占比都超过欧美。WHO指出，“近70%的癌症发生在低收入、中等收入国家”。此外，高龄人群成为癌症发病率和死亡率的“重灾区”。在全球总人口的最新癌症发病率排行中，肺癌的发病率和死亡率都排在了首位。

新时代的肿瘤基因检测

传统的常规肿瘤诊疗过程包括医生对患者进行肿瘤影像学检查后确定病灶位置，然后通过手术或穿刺获取病理组织再进行病理学活体组织检测，根据活检结果和经验制定诊疗方案。

肿瘤基因检测出现后，医生可以对肿瘤或含有肿瘤分子标志物的体液（血液、脑脊液）进行无创检测，直接获取肿瘤的基因图谱或突变位点信息，这成为临床医生使用靶向药的重要依据。肿瘤基因检测直接反应不同患者间的个体化差异，实现个性化的精准治疗。

基因检测技术经历了分子杂交技术、PCR技术和生物芯片技术的不断迭代发展，高通量测序技术和生物信息学的发展将基因检测技术推向了新时代，NGS已经深入到肿瘤早筛、易感基因检测、分子分型、预后判断和疗效监控等肿瘤诊疗的各个阶段。

融合基因如何实现精准检测

总的来说，癌症是正常细胞由于基因突变造成异常增殖所引起的疾病，从本质上来说是一种基因病。常见的肿瘤基因突变包括点突变、基因片段插入缺失、拷贝数变异等。

在众多基因突变类型中，有这么一类突变种类变化多端，假阴性率高。这便是我们今天要为大家介绍的融合基因（Gene Fusion）。它是指两个或多个基因的编码区重新排列组合，共同置于一套ORF阅读框中，既可以发生在DNA水平上也可以发生在RNA水平上。

大多数情况下，融合基因可以导致序列异常、某些基因表达失调及蛋白质功能异常，从而导致或促进肿瘤的发生。

图源：https://ashpublications.org/blood

迄今，人们已经锁定了大约2万多个融合基因，但是它们在癌症发展中的确切功能和作用则知之甚少。因此，辨别融合基因是否与癌症病人的预后相关具有重要的临床意义。

目前，融合基因的检测方法包括传统的荧光原位杂交（FISH）、PCR扩增技术（RT-PCR）、免疫组化（IHC）以及NGS等技术。每种技术都各有优劣势。

融合基因检测方法对比

在RNA水平上行NGS检测融合基因相较于DNA水平上天然存在各种优势。RNA水平融合的靶基因功能相关性更强。

首先，RNA水平上发现的融合基因在DNA水平上不一定存在对应的基因融合现象，行DNA-NGS检测或为阴性；其次，RNA水平的基因融合更有可能翻译成蛋白质，更有可能影响肿瘤的发生发展；再次，DNA水平上的基因融合可能是一种非常罕见的结构变异，而转录形成的RNA水平上的基因融合则较为常见。

在一项纳入了2522例肺腺癌患者的研究中，对于DNA-NGS检测驱动基因阴性的254例患者行RNA-NGS检测后，有14%的患者检测出融合基因阳性。这其中，有13%的患者检测出的是具有临床意义的融合现象，故而匹配到了靶向药。

总的来看，RNA-NGS本身技术优势不仅使其对于新的、罕见的融合事件的检出一网打尽，在面对常见融合基因上也并非无所适从，避免漏检重要的靶药相关融合（如剪切水平融合及复杂结构融合），不遗漏靶向治疗机会。

融合基因检测作用凸显

目前，已经有越来越多的与融合基因相关的靶向药物处于在研阶段或已获批。

例如，在针对非小细胞肺癌（NSCLC）的ROS1融合基因阳性患者上，可供使用的靶向药有克唑替尼、塞瑞替尼和恩曲替尼等。

 图源：臻和科技

又例如，从化疗到靶向治疗，从第一代的克唑替尼到第二代的塞瑞替尼、阿来替尼、布加替尼以及第三代的劳拉替尼，ALK融合阳性NSCLC患者的生存得到了显著改善。

此外，多种融合基因检测已被纳入NCCN指南常规推荐。例如在2020版的《非小细胞肺癌NCCN指南》中明确指出，对于通过多基因NGS 检测未发现驱动基因突变的患者，建议行RNA-NGS检测，从而更大程度地发现融合事件。

在2020版《结直肠癌NCCN指南》中，专家建议对于已用IHC检测NTRK融合阳性的患者，由于检测方法的局限性可能存在假阳性率高的现象，故而推荐再用RNA-NGS确诊。

NCCN指南的推荐体现出了融合基因检测的重要性，通过融合检测最大化的匹配靶向用药，已经成为肿瘤精准治疗的中流砥柱。

利剑出鞘，药物伴随诊断再迎新伙伴

以臻和科技目前上市的自主研发产品容适博^TM为例，这是一款适用于多种实体瘤患者用药评估的伴随诊断产品。产品基于RNA-NGS方法，检测29个重要融合基因及6个内参基因。使患者匹配到靶向药物的机会最大化，从而为患者提供更全面、精确的用药指导。

为保证容适博^TM产品的质量，臻和科技对数百例标准品与临床样本历经数千次实验，进行Panel的分析性能优化与验证；并通过将NGS方法与传统金标检测方法（FISH和IHC），以及其它高灵敏度单一位点检测方法（如ddPCR、RT-PCR）进行反复交叉验证，从而确保在临床样本检测中的准确性与精密度。

在技术性能充分验证的基础上，通过与临床研究者以及药物临床研究的药厂伙伴合作，利用回顾性以及前瞻性的临床研究队列样本，确认产品的临床适用性，通过患者的临床疗效分析，对RNA-NGS方法用于融合检测的临床价值进行了进一步的验证。

结语

容适博^TM基于NCCN指南推荐的RNA-NGS检测方法进行融合基因检测，直接在转录组层面检测融合事件，不仅可以弥补DNA水平上的假阴性现象，而且临床相关性更强。

此外研究表明，不同融合形式使用靶向药的疗效存在一定的差异，容适博^TM可以全面检测所有融合形式，不仅是经典融合，对于罕见及未知的非经典融合也信手拈来。

容适博^TM以治疗需求为导向，检测所有靶药相关融合，为患者争取更多可能的治疗机会。

参考资料：

1.http://www.360doc.com/content/18/0419/17/54029135_747060618.shtml

2.https://baijiahao.baidu.com/s?id=1634753780175072646&wfr=spider&for=pc

3.https://mp.weixin.qq.com/s/lnEvwqGGU_osNVueRUcXkg

4.http://www.genecast.com.cn/news_content.aspx?id=3757

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