火视全球|Ambry：基因测序发现变异，解码生命“天书”
如果将人体细胞中的30亿个碱基的序列印刷成册，以每页3000个印刷符号计，就有100万页，这无异于一本“天书”。对“天书”的解读还在进一步探索中，而这一探索的基础是大量基因测序数据的共享。Ambry Genetic作为一家免费向全球研究组织提供基因数据库的基因测序、遗传咨询公司，致力于破解疾病的奥秘，为人类的健康而努力。
文|马欣欣
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公司名片
公司名称：Ambry Genetic
公司属地：美国洛杉矶
所属行业：生物科技公司
创办时间：1999
公司网址：http://www.ambrygen.com
公司总裁：Charles Dunlop
核心技术：临床基因诊断和基因软件
公司简介
Ambry Genetic 是一家私人控股的生物科技公司，总部位于美国洛杉矶，为遗传性和非遗传性疾病提供最全面的基因诊断和解决方案。自1999年成立以来，Ambry已经测试了大约50万患者的样本。Ambry致力于通过免费向全球医学研究组织提供匿名基因组数据库，帮助研究人员研究基因手段治疗疾病的方法。Ambry的公司理念是人类的健康不应该被专利化或被私人垄断，基因数据应该共享，这样人类才能攻克所有疾病。
公司CEO
Charles Dunlop 是Ambry Genetics公司的董事长兼首席执行官。他曾是加州斯克里普斯研究所的一名分子生物学家，曾在Biophysica药物开发公司负责分子生物学组和药理学组的管理工作。1999年，他成立了Ambry genetic公司，将世界上最有声望的科学家、学术组织以及制药企业联合起来，共同攻克医学难题。
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商业模式画布
核心技术
公司的核心资源为基因变异分析技术，主要包括：基因芯片分析技术和外显子组测序技术。
1、基因芯片分析技术主要有CMA和SNP-array技术
染色体芯片分析（Chromosomal microarray analysis ，CMA）是一种全基因组的检测手段，可以检测基因的拷贝数变异，识别染色体中额外或缺失的区域。CMA技术对特发性DD、ID和自闭症等疾病的诊断精确性是传统染色体分析的5倍，除此之外，在其他疾病，包括慢性肾病、先心、婴儿痉挛，也是具有较高成本效益的检测方法。
微阵列单核苷酸多态(SNP-array)技术有助于明确诊断基因拷贝数变异、纯合子区域以及发生单倍体和二倍体的风险。SNP-array技术的亮点如下表：
2、外显子测序临床诊断技术（ExomeNext）
主要对所有蛋白质编码区域所有基因的基因组测序，以明确疾病表型的潜在遗传因素。多数基因突变位点位于外显子，而外显子仅占全基因组的1-2%。该技术主要亮点：ExomeNext, ExomeNext-Rapid和 ExomeNext-Select。
ExomeNext是使用NGS方法对外显子进行基因测序。
ExomeNext-Rapid是Ambry最快的外显子组测试，主要面向需即刻诊断的病人，也可用于高危妊娠的产前诊断。
ExomeNext-Select是一个可定制的外显子组测试，能根据病人的临床表现检测多达500个基因。
关键业务
遗传性乳腺和卵巢癌症（Hereditary breast and ovarian cancer ,HBOC）的基因测序：
HBOC简介
HBOC是由BRCA1/2基因胚系突变导致的常染色体显性遗传性癌症易感综合征，这两种肿瘤抑制基因在细胞损伤修复中具有重要作用，基因的突变会大大增加乳腺癌、卵巢癌、输卵管癌以及前列腺癌的发病风险。Ambry Genetics公司主要是对BRCA1基因编码的外显子1-22，BRCA2基因编码的外显子1、22、26以及内含子和非翻译区的5’和3’端进行测序。
主要流程包括：
基因组DNA提取——目标基因筛选——文库构建——高通量基因测序
基因突变检出率
Ambry对发生BRCA1/2突变的基因检出灵敏度达99.9%。
检测意义
明确乳腺癌患者基因突变携带情况；
乳腺癌患者的复发风险评估提供参考；
判断乳腺癌患者的亲属是否存在患乳腺癌的风险；
对于未患乳腺癌患者，检测出突变基因携带后，可以采取多种方法控制乳腺癌的发病风险。
癫痫的基因测序：
癫痫（Epilepsy）是一种由多种病因引起的慢性脑部疾病，以神经元多度放电导致发作反复性和短暂性的中枢神经功能失常为特征。癫痫在任何年龄、地区和种族的人群中都有发病，但以儿童和青少年发病率较高。目前认为65-70%的癫痫是有遗传因素，基因测序能够识别癫痫综合征的潜在原因，研究疾病在分子学上的改变，进而为疾病提供诊治方案。
EpiRapid是Ambry公司最快的癫痫测试项目，约8-10即可获得测试结果。如果未能识别某个致病基因，可以选择更广泛的基因面板检测。
某些种类的癫痫能够被有效治疗，所以早期诊断能够为癫痫患者提供更个体化和适当的治疗方案。近期临床研究表明，某些类型的治疗对遗传性癫痫有作用。下图是不同致病基因对应着不同的治疗方案。
检测意义
为有症状患者提供明确诊断；
对疾病的治疗和管理提供指导建议；
为高危、无症状家庭成员（包括产前诊断）提供测试；
分子学诊断避免不必要的检查和手术。
EpiRapid测序包含16个基因：ALDH7A1、FOLR1、 KCNQ2、 KCNQ3、KCNT1、 MECP2、 PCDH19、 PNPO、POLG、PRRT2、SCN1A、SCN8A、SLC2A1、STXBP1、TSC1和 TSC2。
突变基因检出率如下：
合作伙伴
Ambry公司秉承着“人类的健康不应该被专利化或被私人垄断”的理念，长期免费向公共基因数据库Clinvar提供其拥有的BRCA基因数据库。
Ambry公司致力于癫痫基因诊断的突破，与美国EGI保持长期合作，共享癫痫基因数据库，以促进科学发现和病人的治疗和护理。
同时，Ambry公司与Mayo Clinic（梅奥医学中心）和犹他大学的研究人员合作，对60000多例乳腺癌患者（迄今为止最大样本量研究）进行4年随访研究，这一合作有助于完善乳腺癌易感基因的数据库，对乳腺癌进行准确的风险评估。
竞争对手
Myriad Genetics是一家通过使用基因医学来开发医疗及新型分子诊断产品的基因遗传公司，1995年纳斯达克上市，其主要业务是对疾病相关的人类基因进行定位，建立基因与疾病的关联性。1997年至2000年Myriad公司获得了乳腺癌易感基因BRCA1/2相关的7个专利授权。BRCA1/2基因是1990年Mary-Claire King博士受政府资助研究发现，但其研究成果却被Myriad公司私人化，在基因专利的保护下，成为美国本土唯一可以进行对BRC1/2基因测序的公司，排挤同行，收取高昂的专利费和检测费用。
2013年，Ambry Genetics公司的乳腺癌BRCA全基因组测序的商业价格下调到1000美金左右，Myriad为了保持自己的BRCA专利权利，起诉Ambry Genetics公司。最终，美国最高法院驳回了Myriad公司的请求，认为“特定的基因”是不可申请专利的自然产物，其方法也不可予以专利保护，并宣布Myriad公司的几项专利无效。但Myriad公司拥有一个私有数据库，数据库中包含了接受过检测的200万患者的信息。不同于，Ambry Genetics，Myriad拒绝向ClinVar提交它拥有的大量的BRCA1和BRCA2数据。
并购信息
Ambry Genetics在2015年4月收购了遗传风险建模软件金标准公司Progeny，并将Progeny 纳入自己的实验室信息管理系统(LIMS)，这大大提高了Ambry基因测序的实用性，使测序结果分析管理和疾病风险预测更便捷准确。
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Ambry Genetic一直坚持共同探究人类疾病的理念，并宣布将继续与合作伙伴共享基因数据库，近期开发的匿名数据共享计划有助于帮助科学界通过Ambry更全面的分享，探究疾病奥秘。Ambry合作伙伴Mayo Clinic的Fergus Couch 博士认为遗传性基因检测需要庞大样本量的数据支持，许多研究都是基于Ambry提供的数据，这大大地降低医学研究成本，Ambry是梅奥重要的合作伙伴，更在解码基因“天书”中扮演重要的角色。
参考来源：
http://www.forbes.com/sites/emilymullin/2016/03/10/genetic-testing-company-opens-up-trove-of-cancer-patient-data-to-public/#7d33f55e1edb.
Kapoor NS, et al. Multigene panel testing detects equal rates of pathogenic BRCA1/2 mutations and has a higher diagnostic yield compared to limited BRCA1/2 analysis alone in patients at risk for hereditary breast cancer. Ann Surg Oncol. 2015 Oct;22(10):3282-8.
Easton DF, et al. Gene-panel sequencing and the prediction of breast-cancer risk. N Engl J Med. 2015 Jun 4;372(23):2243-57.
Miller DT, et al, Am J Hum Genet.2010.
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