整体转让个人独资企业，个人所得税缴纳分三步
需要厘清的几个法律问题
根据《个人独资企业法》第二条规定：
个人独资企业指在中国境内设立，由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体。
个人独资企业能否转让？
《个人独资企业法 》第十七条规定：
个人独资企业投资人对本企业的财产依法享有所有权，有关权利可以依法进行转让或继承。
个人独资企业转让后债务由谁承担？
个人独资企业实行的是由投资人最终承担无限责任的制度，《个人独资企业法》第三十一条规定：
个人独资企业不足清偿债务的，投资人应当以其个人其他财产予以清偿。
转让个人独资企业是否需要清算？
《个人独资企业法》第二十七条规定：
个人独资企业解散，由投资人自行清算或者由债权人申请人民法院指定清算人进行清算。
计税步骤
（一）转让前生产经营所得按照个体工商业户生产经营所得缴纳个人所得税。
《财政部、国家税务总局关于印发〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的法规〉的通知》（财税〔2000〕91号）第十八条规定，企业在年度中间合并、分立、终止时，投资者应当在停止生产经营之日起60日内，向主管税务机关办理当期个人所得税汇算清缴。第十九条规定，企业在纳税年度的中间开业，或者由于合并、关闭等原因，使该纳税年度的实际经营期不足12个月的，应当以其实际经营期为一个纳税年度。
根据上述规定，个人独资企业转让，应当首先计算当年1月1日至转让时的应纳税所得额，并按照个体工商业生产经营所得和5%～35%的超额累进税率计算缴纳个人所得税。
（二）清算所得按照个体工商业户生产经营所得缴纳个人所得税。
财税〔2000〕91号文件第十六条规定，企业进行清算时，投资者应当在注销工商登记之前，向主管税务机关结清有关税务事宜；清算所得应当视为年度生产经营所得，由投资者依法缴纳个人所得税。
因此，个人独资企业在转让前应当就整个生产经营期进行一次清算，就清算所得按照个体工商户生产经营所得适用5%～35%的超额累进税率计算缴纳个人所得税。
（三）整体转让所得按照财产转让所得缴纳个人所得税。
经过清算缴税后，个人独资企业投资者获取的“剩余财产”，实际上属于其税后投资收益。
再转让这些财产，属于一般的财产转让，应按财产转让所得缴纳个人所得税，财产转让所得为转让收入减原值及合理税费，适用20%的税率。
举例说明
举个例子
2016年1月1日，自然人王某现金出资100万元设立A独资企业，当年实现生产经营所得30万元。2017年上半年实现生产经营所得20万元，7月1日王某以150万元的价格将A企业整体转让给张某。
经第三方评估，转让时A企业全部资产公允价值为180万元，欠某公司货款30万元，账面净资产135.45万元，清算费用5万元，转让环节王某负担税费3万元。
1.王某就2017年上半年的生产经营所得，应缴纳个人所得税=
200000×35%-14750=55250（元）；
2.王某清算所得=全部资产的公允价值-清算费用-损失-负债-以前年度留存的利润-实缴资本=
1800000-50000-300000-354500-1000000=95500（元）；
清算所得应缴纳个人所得税=
95500×30%-9750=18900（元）；
3.王某财产转让所得=转让收入-原值-合理税费=
1500000-（1000000+354500+95500-18900）-30000=38900（元）；
财产转让所得应缴纳个人所得税=
38900×20%=7780（元）。