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不用R语言,如何10秒内搞定Venn韦恩图!

2017-06-09 孙大咖 科研小助手

在上一期《精准快速地选择miRNA的靶基因,我就服这个神器!》我们为大家介绍了一款挑选miRNA靶基因的数据库网站,这个网站无非也是根据各个数据库的情况综合了一个结果给大家,但是实际使用起来可能效果并不是很理想。另外有些童鞋肯定想到了用个Venn图来取交集,这样不仅直观清楚还达到了筛选靶基因的目的,最重要的是瞬间解决了文章中的一个小Figure~~o(>_<)o ~~。绘制Venn图的一个非常好的工具自然是R语言,但是很多童鞋苦于不会R语言,所以无法做出漂亮的韦恩图,今天科研小助手的孙大咖就为大家介绍三款做韦恩图的在线工具,这些工具不用你写语言,只需要把你的数据pia进去,点个按钮就出来一个韦恩图!

来来来,快点搬个小板凳来围观!


1. http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/

今天我们就以hsa-miR-21-5p的靶基因为例来给大家示范一下这些在线工具的使用方法和效果。靶基因的预测我们前面已经讲过好多了,不知道的可以点击标题查看:研究miRNA,这些数据库你必须得知道!| 常用数据库汇总》《教你玩转miRNA靶基因及其结合位点的预测》。hsa-miR-21-5p这个miRNA在很多数据库中都有其靶基因的预测信息,在miRBase中的情况如下:

大咖不知道什么时候已经下载了三个hsa-miR-21-5p靶基因数据的文件,并且保存成了TXT格式,这个Venn图网站即可上传文件也可以输入文本,如果上传文件需要TXT格式的纯文本,每行一个信息。我们把这三个文件上传,如下图:

大咖也不知道啥时候从哪个数据库下载的这些数据了,而且当时偷懒直接命名为了1/2/3这样的简单名字,咳咳,大家不要纠结这些小细节哈~我们暂且将1命名为TargetScan,2命名为miRDB,3命名为RNA22,其他默认,点击Submit就出现下面的结果了:

点击保存为PNG或者SVG格式的图片,没有水印哦~另外一些具体每个交集是哪些靶基因该网址也给你呈现出来了,所以你可以多提交几个数据库,那么交集会越来越小,靶基因就越好选了哈~


当然,该网站也详细列出了到底每个交集去的元素:

该网址不仅仅可以提供三个文件,你还可以继续添加哦~具体可以添加多少个就自己去尝试吧~


2. http://www.biovenn.nl/index.php

大咖为大家介绍的第二个网址的界面是下图酱紫滴!该网址也是支持上传TXT文件的,大咖比较懒,直接用了网站的示例O(∩_∩)O~。该网址也不错,可以修改标题,选择字体和颜色,建议大家把X/Y/Z title给删掉,太丑了,勾选上print numbers。点击Embedded PNG,好了,大功告成,一个Venn图就出来了!


3. http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

该网站也还不错,不过仅支持4个列表,且不能上传,只能复制粘贴,默认都是白色,要把style一栏选择colors出来的才是彩色的韦恩图。另外比较赞的是,直接在韦恩图上点击某个交集的数字就可以在results一栏显示交集的元素。


怎么样,是不是很实用?这些网址你用过几个呢?你还知道哪些好用的类似网址呢?欢迎在留言区留言交流哦~

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