Diamond软件问题集锦（下）

接上期：Diamond软件问题集锦（上）

21. diamond保存图片时可以设置分辨率吗

用diamond画图，保存图片选择tif格式直接保存后，像素很低，感觉不清楚。diamond里可以设置，像素，分辨率，再保存吗？

答：当然可以。在layout里设置一下，600最好。

答：一般300就可以了。

答：“当然可以。在layout里设置一下，600最好。”这个好象是对bmp起作用。

22. 关于diamond中氢键粗线设置问题

如题，在diamond中，由build-create h-bond产生的氢键为较细的虚线，如何把氢键设置得粗一点 我试了一下，如果在picture-bond design 设置粗细，则氢键也会变成实线，与其他的化学键分不开。麻烦大家指导如何把氢键设粗又还是保持虚线的形式？

答：首先进入edit,选edit bonds,然后选中你要设置的氢键类型，比如ＮＯ键，选中ｄｅｓｉｇｎ，通过调节ｒａｄｉｕｓ可以调节键的粗细，然后在ｆｒａｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ里输入大于１的数字线就成虚线了，我一般选４，你可以自己调节。

答：你可以全选键然后加粗，点应用、不点确定。

23. 控制晶体的层状结构数目

Diamond画单晶的结构图，把CIF文件导入后，用grow命令的话，晶体的层状结构会一下长很多层，用什么命令才能实现我让它长两层就长两层？我想让它长三层就长三层？

答：用对称操作一个一个加，对称操作码在platon里面。

答; structure/fill/cell range里面可以控制大小。

24. 使用diamond生成氢键

在使用diamond 画图时，craete H-bonds 总是不成功，没有氢键产生；实际上存在氢键，有哪位虫友也遇到过类似问题，帮小弟一把！

答：你设置供体和受体之间的距离了吗？先设置好氢键的距离。

答：必须有氢，否则无法craete H-bonds。

25. Diamond里面如何选择一个分子

请问在Diamond里面有没有简单的方法直接选择一个分子？（除了destroy的时候选中分子中的一个原子就可以删除全部之外） 就像xp里面的uniq命令那样，谢谢。

答：右键有一个“select molecule”。

26. 如何用diamond画C-H……pai 和pai……pai堆积

如何用diamond画C-H……pai 和pai……pai堆积，请多指教。

答：用假原子，可以完成。

答：用picture中的bond designs，出现复选框，在Atom groups中选择对象，在style and colors中有一个fragmetation选项，在它的旁边有一个可供选择的小箭头，按向上的箭头，选择你想要的虚线度，数字越大，虚线的长度越小。 先选定原子，在Diamond（一般是左下角）的picture工具栏里有一个图标，中间是个棕黄色的小圆球，外面有一圈虚线，按一下那个图标试试看，应该可以。

或者在build中的fix spere 即可。 或者click built---fill----Rectangular---Area。

27. 怎么插入假原子

请教DIAMOND里，怎么在两原子中心插入一个假原子。谢谢!

答：选定两个原子 insert就好啦，呵呵。

28. 如何看两个原子间的距离

请问用DIAMOND画图时,如何看两个原子间的距离.期待高手指点.

答：在build功能里，连及INSERT--bond两个原子，右键点击即可察看。

答：tool -----measure distance，然后在分别点击你所测的两个原子，将鼠标放到一个原子上就会出现距离。

29. 怎样在diamond里测面与面之间的距离

想通过测面面之间的距离来说明π-π堆积，可是在diamond里面怎样测啊？

答：Diamond的帮助文件里都有详细说明，自己查一下。平行平面之间的距离实际上就是点到面的距离。Diamond可以非常方便的测出，用Tools/Measure Planes etc命令。

答：先选中一个平面中所需原子, Objects->planes-> creat plane from atoms；同样建立第二个平面.；tools->calculate->distance from planes.

30. Diamond里面原子符号的上标怎么弄 想标原子名称，而且有对称符号，如i, ii, iii之类的，请问在Diamond里面怎么把他们弄成上标啊？谢谢！

答：可object--->text 然后打i, 加入后移动到某原子那, 比如Cd1i (i为上标). 答：要标某原子, 点到那原子, right click, add--->label。

答：画完图后在photoshop中处理就行。

答：点右键add: atom label；点右键edit atom label 中content的下拉菜单，找到（individual type）；然后在下面ndividual 对话中输入你要表达的内容，点OK就行了。

答：我一般在微软的画图工具中进行标记。

31. 如何用diamond画纳米空心管 最近看到了一篇关于纳米管的文献，很好奇里面的空心管是如何画出来的，我用diamond画出了那种圆柱管，但不知道怎样把它弄成空心的，因此在这里请教一下高手了。

答：可以参考，photoshop画空心圆

用椭圆选择工具画圆，然后“描边”，选择好描边的宽度、颜色、位置就可以了。其中，描边的位置有居内、居中、局外三种，我们把描边宽度设的宽点就可以清楚的看到这三种位置有什么区别。 但是描边的宽度大到一定像素（比如３０）就不圆了。这时候的方法是，新建图层上做圆形选区，填充一个颜色，然后变换选区，删掉多余的。 

具体做法：Alt+Delete填充前景色——右键“变换选区”——Shift+Alt＋鼠标拖动角部控制块，以中心为固定点等比缩小合适大小——按下Enter键确定——按下Delete键删除移动后的选区内容。 变换选区也可以通过按键“Alt+s+t”（Alt+s是键盘打开“选择”菜单的方式，Ｔ是选择菜单下的“变换选区”）实现。 

如果使用快捷键“Ctrl+T”，这是“自由变换”快捷键。它是对被选中的对象进行变换，不针对选区自身。 如果使用“Ctrl+Alt+T” ，则是对选中对象的复制并进行自由变换。这个当它出现和变换选区一样的手柄框时，可以用鼠标拖动来看到是复制了一个出来了，而且是对复制的对象进行变换，也不是对该选区进行变换。

32. 怎样去掉不合理的键 有些键是不合理的键连，怎样才能去掉这些键？

答：build--->connectivity 可以改吧.

答：如果你要删除的是一类键，可以在右侧下拉框找到table of bond group，上面会有键的列表，找到你要删的一类键，右键select by group，发现图片上所有的这类键的会被选中。然后再图片上对准选中的其中一个键，右键选删除便可。

答：在buil——connectivity里，上面是键的类型，下面的框是键长，在上面把你不想要的键的类型前面的框里的对勾去掉，下面的键长可以输入你认为合适的范围。

33. 怎样在grow的时候添加上非键的原子 我在用diamond 的时候，在使用grow 的时候不知道为什么非键的原子未被增加，请问这个问题怎么解决啊？

答：grow只会将已经存在的并且成键的原子向外延伸，非键的原子当然就不会增加了。如果要非键原子一同产生的话可以用fill功能。

34. diamond画图如何只长几个分子 我用diamond画图，是多核的配合物，我想只长出几个分子，怎样可以实现呢，如果把一个晶胞都填充了再删好像很麻烦啊。

答：用GET MOLECULES命令就可以做到。

答：你的如果不是多核应该很好画的，选中任意一个原子，按住ctrl+alt+S就可以长出该原子附件的所有原子，叙述不大清楚，楼主试试就可以吧。

答：选中一原子--build---fixed spheres--设置数值。

35. 如何改变背景颜色？背景色是黑色怎么变成白色啊？

答：在picture-layout-background里，也可以刚进去软件时设置。

36. 用diamond输出黑白图 因为投稿彩图收费的问题，所以我打算用黑白图画晶体，可是我只会画彩图，不知道怎么弄成黑白的，请高手指点，不胜感激！

答：这个问题很好解决。你将Diamond图片贴到Word里后，在设置对象格式里将图片颜色设为灰度就可以了。

答：你也可以在用Diamond绘图时就把它绘成灰白的，因为原子的颜色等在Diamond

里是可以调整的。

37. 用diamond计算MOF微孔 得到一个MOF，但不知道怎么算孔有多大？

答：孔隙率还是孔直径？孔隙率的话用PLATON算，孔直径的话就直接量距离再减范德华半径。

38. diamond的legend问题 在diamond中如何把右下角legend中图中没有的原子隐藏起来 而只显示图中有的原子。

答：这个没法隐藏的，不过你可以在Structure/Atomic Parameters对话框里将你不需要的原子删除，然后再绘图就可以了。还有一个办法就是做好图后在Build/Atom Groups对话框中将你计划要隐藏的原子Assign给其它原子就可以了。

答：可以隐藏，在编辑legend里面最下面的Select里，将需要隐藏的原子勾掉就可以了。

答：把鼠标放在legend上面。点右键，弹出对话框，在display前的筐子里的钩子去掉即可。

39. 请问怎样在diamond里面看配位数

我的理解是这样的,把某目标原子的配位多面体做出来,查顶点个数就行了.但是在diamond里面,做配位多面体的自由度很大,我可以设定配位多面体顶点与目标原子的最大距离,这样一来配位多面体就很主观了,我不知道这个问题怎么办？

答：你应该现在Build/Connectivity调整键长，然后再做多面体就可以了。

答：这就要依据你的金属原子和配位原子之间的键长了，一般的金属（如主族金属，过渡金属，稀土金属）与常见的配位原子（O和N）之间的键长都不超过3.0。有的文章即使报道超过3.0的也不称之为键长，而是叫做弱作用。这种弱作用也可以参与多面体的形成。个人意见，仅供参考。

40. Diamond 3里面如何画示意箭头

Diamond 3里面如何画示意箭头

答：我都是先画好图再在PPT里加的。

答：画好后，转为 .tif文件后用画图软件添加。

41. Diamond 中晶胞的白线如何去除 Diamond 中晶胞的白线如何去除

答：Build/Destroy/All Cell Edges。

答：可以在快截菜单栏点那个X,然后选择cell edge。

42. 求助-如何在diamond中画C-H...π相互作用图 急求助高手指点，如何在diamond中画C-H...π相互作用图啊，非常感谢！

答：你先找到芳香环的中心并给出一个dummy,然后连接H与dummy，再把dummy设置为invisible就行了。

43. diamond和XP画图及处理图片问题 用diamond和Xp画图画完图后，大家用什么方法处理成符合发表要求的图片的？

我们是画完图后存成.bmp格式（diamond 画图时），然后用HyperSnap-DX 5（一种截图软件）将图片截出来，再直接复制到word文档中，可是这样处理的图像虽然看起来很清楚，但是打印出来的图像质量很不好（虚），请教一下高手，怎么处理才能使打印出来的图像不虚？ 答：diamond可以调分辨率的 同时我们一般保存为tif 不要bmp 不知道别人如何。

答：直接在pdf中截图贴进word也可以啊。要看杂志的，有的杂志要求你提供pdf，有的是ps，tif，bmp等不同的。

44. diamond里面的坐标 我的diamond里面的坐标看不见了，我设置好的为什么看不见呢，objects—— coordination system，但是还是看不见无论是在边上还是在中心，都看不见，郁闷。

答：在objects-coordination system里面将X, Y的值改一下，可能会找到。

45. 讨论一下Diamond ,XP以及Mercury中哪一个画出的图是真实的 Diamond ,XP以及Mercury中哪一个画出的图是真实的，这个不太明白啊。

大家来讨论一下吧！例如我的一个晶体数据用XP画时，显示高氯酸根中的氧原子与Ｃｕ之间有虚线连接（即弱的相互作用），而用Mercury看时高氯酸根中的氧原子与Ｃｕ则是之间连接了起来，当用Diamond 画时单核的Ｃｕ则由高氯酸根中的氧原子连接成了一维的链，到底以哪一为准啊？

答：看一下距离吧~和经典键长对比下 个人觉得以xp为准。

答：主要是设置的键长不同画出来的结构就不同 看一下Cu与O之间的距离再与经典键长比较看是否成键。

答：diamond 的键长也是设置的，在编辑（edit）中就可以随意设置，你所说的问题是diamond默认的。

（来源：小木虫论坛）

如有需要电子版收藏的同学请加小编微信：18519599389 索取。

#往期热文推荐#