SSR究竟能干些啥？
SSR常常作为一种遗传分子标记，在基因组学研究中发挥了重要的作用，之前我们详细总结了SSR在遗传多样性方面起到的作用（聊聊SSR•遗传多样性；聊聊SSR•遗传多样性（二）），今天小编再跟大家简单聊一聊SSR在科学研究和实际应用中的重要作用、生物学功能以及常用的数据库。
简单重复序列（Simple Sequence Repeats，SSR），也称微卫星DNA（Microsatellite DNA），是一类由几个核苷酸（一般为1~6个）为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列，在基因组学研究中具有重要作用。（欲知SSR的基本概念、SSR标记的基本原理、分类及特点等内容，就猛戳这里！（聊聊SSR•遗传多样性）。
有人也许会说，现在已经是第三代分子标记即单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）的时代了，SSR早该淘汰了。其实不然，SNP虽然在数量上比SSR多很多，但是因为SNP是二价态，单个SNP所含信息量低，相比之下SSR的突变频率会高很多，具有更高的多态性，蕴含的信息也更丰富。目前SSR无论是在基础研究领域，还是在实际应用领域，能够做的事情还是很多的，大致的研究及应用领域如下图所示：
图片来源：doi:10.1186/s40529-014-0073-3
可以看到，SSR标记不仅可以来源于细胞核，也可以是来源于线粒体和叶绿体的，还可以通过表达序列标签（Expressed Sequence Tag，EST）信息获得。
从研究领域上看，SSR标记可以进行 ①群体遗传学、②系统进化学、③分子标记辅助选择、④保护生态学方向的研究。进一步拓展到应用领域，SSR的作用可以涉及到：①群体遗传学：种质资源鉴定、遗传完整性分析、种群多样性分析、种子园遗传多样性及异交率统计以及种群交配系统分析等；②系统进化学：系统发生树的重建、进化历史、遗传多样性等分析；③分子标记辅助选择：关联分析、连锁不平衡分析、比较作图、杂交验证、QTL作图、物理作图和基因定位等；④保护生态学：遗传资源管理、测试率分析、基因流分析、群体动态分析、群体结构分析和物种恢复等。
SSR除了作为分子标记在基因组学研究中发挥重要作用外，当它位于基因调控区或者编码区时，也可能导致表型的改变甚至疾病的发生。研究表明，在哺乳动物中大约有20%到40%的蛋白存在SSR编码的氨基酸。SSR序列长度的变化可能引起表型差异，比如在家养的狗（Canis familiaris）中，Runx2基因中SSR长度的变化可导致了面部长度的变化。
SSR长度变化如果发生在基因启动子区和顺式作用元件区域，则可能导致基因表达变化，如在Haemophilus influenzae菌启动子区的SSR长度变化就能够影响菌毛的形成。此外内含子区的SSR也能导致一些疾病的发生，如遗传性共济失调等。
SSR标记信息除了通过发表的文献获得以外，还有很多相关数据库可以利用，例如NCBI的Probe数据库中，就包含了许多物种的近60万条SSR引物序列信息。此外，还有很多不同物种特有的SSR数据库，例如：
人类SSR数据库：http://strbase.nist.gov/
动物类SSR数据库：
1、小鼠数据库：http://shigen.nig.ac.jp/mouse/mmdbj/top.jsp
2、大鼠数据库：https://rgd.mcw.edu/
植物类SSR数据库：
1、树木类数据库： http://ssrdatabase.pierroton.inra.fr/home
2、鹰嘴豆数据库：http://cicarmisatdb.icrisat.org/
3、大豆数据库：https://soybase.org/
4、麦类数据库：https://wheat.pw.usda.gov/GG2/
5、小麦数据库：https://wheat.pw.usda.gov/ggpages/SSR/WMC/
6、玉米数据库：http://www.maizegdb.org/
7、棉花数据库：https://www.cottongen.org/
8、水稻数据库：http://archive.gramene.org/markers/
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