SSR动植物中从事的三大行业

SSR，简称微卫星DNA，一般指1到6个核苷酸的短串联重复序列或2到8个核苷酸的串联重复， 与其他分子标记相比，SSR具有分布广泛，共显性遗传，多态位点多，信息含量丰富，物种间转移性好，易于检测，重复性好的特点。目前SSR分子标记已成为动植物遗传多样性、亲缘关系分析、品种鉴定等研究首选的分子标记。下面我们具体看看SSR标记在动植物中主要从事哪些行业。

第1行业  遗传多样性研究

研究物种：乔木（茶树、油桐、核桃树、榛子、杜仲、枣树、桃树）、小乔木（荔枝、枇杷、樱桃）、灌木（杨梅、杞柳、越桔）、蔬菜（茄子、甘蓝型油菜）、藤本植物（葡萄）、草本植物（百合、大豆、甘蔗、魔芋）、花卉（地涌金莲、玫瑰）、玉米、棉花、小麦、牦牛、驴等。

研究原因：居群中遗传变异的大小与其进化速率成正比。因此对遗传多样性的研究可以揭示物种或居群的进化历史（起源的时间、地点、方式），也能为进一步分析其进化潜力和未来的命运提供重要的资料，尤其有助于物种稀有或濒危原因及过程的探讨。

研究案例：为了解西藏牦牛品种或类群的遗传多样性和亲缘关系，李铎等选用 8对SSR引物，通过计算基因频率(P)、有效等位基因数(Ne)、群体杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和遗传距离(D)，对西藏 11 个牦牛类群共 480个个体进行了遗传多样性和系统进化分析。结果表明：(1) 8 个微卫星标记在西藏牦牛类群中均表现出多态性，且均属高度多态位点，遗传多样性丰富；(2)在11个牦牛类群中，桑日牦牛的平均多态信息含量最高(0.7949)，该群体内部存在较多的遗传变异，丁青牦牛最低(0.7505)，则群体相对较纯；(3) 在 11 个牦牛类群中，西藏东部牦牛的遗传多样性较西部的遗传多样性大，预示西藏东部可能是牦牛的发源地之一； 

表4 西藏11个牦牛类群8个微卫星位点的遗传多样性指标

(4) 根据遗传距离，用 UPGMA 法构建聚类关系，表明西藏 11 个牦牛类群可以分为三大类，即嘉黎牦牛、帕里牦牛、桑桑牦牛、

巴青牦牛、类乌齐牦牛、康布牦牛聚为一类，斯布牦牛、工布江达牦牛、桑日额牛、江达牦牛聚为一类，丁青牦牛单独成为一类。这可能与西藏牦牛所处的地理分布有一定的相关性。本研究利用SSR研究了西藏11个牦牛类群的遗传多样性及类群间的系统进化关系，为评价、保护和利用西藏的牦牛遗传资源提供理论依据。

第2行业  亲缘关系研究

研究物种：果树、棉花等物种

研究原因：种质资源中有大量的天然杂种，在实际生产中，有时对一些品种的亲本无法加以判断，因此可利用品种的指纹图谱，对其进行相应的聚类分析，可以对供试材料进行聚类分析，以确定物种之间的亲缘关系。

研究案例：枣原产中国，种质资源丰富。刘秀云等对来自中国22个省区的255个枣品种进行SSR分析，揭示这些不同产地来源的枣种质资源之间的亲缘关系，为枣种质资源的科学管理和分子标记辅助育种提供参考。结果从64对SSR引物中筛选出23对高效率SSR引物，各引物扩增的多态性位点数为2-10条；建立了只需1-2个标记就可鉴别出来部分枣品种的SSR指纹，可用于这些品种的快速分子鉴定； 

图1 筛选出的引物对（JSSR97和JSSR128）对30份材料的扩增结果

255个枣品种的聚类分析将所有枣品种分为15个亚类，包括4个大类和11个小类，其中北京花生枣单独聚为一类，与其他枣品种关系较远；结合聚类图、供试品种的用途和原产地分析，不同枣品种间的亲缘关系与品种原产地有一定相关性，但和品种用途没有显著相关性。总体看，山西或陕西的枣品种出现在绝大部分居群中，说明这两个省的资源在不同群体间的基因交流中发挥了重要作用；南方栽培区域中来自湖南的枣品种形成了相对独立的居群，可能是其起源相对单一，且在长期栽培过程中和其他产地枣品种间基因交流较少所致。

 图3  基于SSR分析的255个枣品种聚类图

第3行业   品种鉴别研究

 这两个，你能分的清吗？

研究物种：

无性繁殖的果树；

自交系玉米、玉米

中药材

研究原因：

无性繁殖的植物，新老品种数量繁杂众多，极易造成同物异名或同名异物的混乱现象，合理的利用SSR分子标记技术可以有效的鉴别果树品种系。

玉米或棉花的亲本自交系比较集中，导致了种质基础日趋狭窄，品种间某些性状区别较小，基于SSR指纹图谱的分子标记鉴定法可以直接测定的是品种的DNA差异，可以很好地用于玉米品种鉴定，适宜于给种子做个“亲子鉴定”。

对中药材真伪品的检测通常采用眼看、手摸、嘴尝、鼻闻等方法，正确的辨别药材真伪品需要较高的专业技能和长时间经验积累。分子标记鉴定法可以在短时间内实现对药材真伪品的检测，且不受药材外观形态、个体大小和完整性的影响，有利于提高中药材质量监管的科学性和管理效力。

研究案例：

Botta[4]等利用4对SSR引物对意大利的24个葡萄品种进行了鉴定分析，结果表明其中3个品种的扩增片断一样，据此判定三者可能属于同物异名，其它品种均能被区分开来。

李育强等利用331对SSR分子标记方法对长江流域大面积推广种植的湘杂棉系列进行研究，筛选出了挑选出19对多态性较好条带易读取的SSR引物构建了湘杂棉指纹图谱，这19对多态性较好的引物平均每个位点的等位基因数为3.16个，从筛选结果发现，某些湘杂棉品种利用1对SSR引物就可与其它品种相区别，这些特异引物对这些杂交种的扩增带型与其它杂交种均不相同。

图6  19对引物制作的湘杂棉品种的指纹图谱

图片来源于网络。

有了SSR，不管您怎么变，您永远是：

卷福、本尼、缺爷

本尼迪克特·蒂莫西·卡尔顿·康伯巴奇。

关于天昊

天昊推出基于FastTarget的高通量SSR分型服务，该技术针对目的区域设计多重PCR扩增体系，从而达到富集目的片段的目的，对研究者感兴趣的SSR位点进行捕获富集。一个扩增反应体系可以完成16-20个PCR反应，该技术方法非常成熟，方法快速、操作简单，无需复杂的建库过程，另外利用Illumina测序仪的2×150 bp测序模式对目的片段实现双向高深度测序，大大提高数据的准确度。

更多内容，请点击链接：

 创新基因科技，成就科学梦想