对此，他说自己没有什么好补充的。因为1976年周恩来去世，愤恨“四人帮”所作所为，因而写了几首政治诗贴到广场上去，他成了追查缉拿的对象，并因此下狱。至于那半年的监狱生活，按照他自己的说法，至少和许多同时代人相比，尤其是和五六十年代蹲过监狱的人相比，算不上遭了多大的罪。那一段经历如果说对他的人生观产生了什么重大影响的话，一个是他发现：“我这个人真的不怕死。”无论遭遇何种境遇，他相信自己都能很快处之泰然，绝对不会在精神方面出问题。二是他坐监狱时曾调换过两个囚室，和几个犯人有过交往。杨奎松发现几个犯人中没有一个是过去想象中的坏人。最典型的是一个小学校长的孩子，当时已经三十出头，差不多三分之一的时间是在少年犯管教所和监狱里度过的，原因是总偷东西。该犯家里并不缺钱，偷东西始于家教太严下的一次出走，事后在心理上有了某种病态（手痒）。但其父母坚持把他送进少管所，反而使他受到大孩子的教唆，出来后更难收手。再度进去后再度被染，成分也变了，服刑后干脆被送去农村，作为坏分子交公社大队管制。“文革”期间的日子可想而知。他在无法忍受后偷听了“敌台”广播，悄悄写信想要投敌。信直接从邮局被送到了公安局，而他的罪名也比过去的刑事犯更重了。几个月朝夕相处，杨奎松真切地体会到这个犯人其实也有着很善良的一面。未必不能走上正路。然而就在杨奎松出狱两个月后，他在街上偶然看见打着红×的枪毙人犯的布告，上面竟赫然写着这个犯人的名字。这让他很受震动。这件事影响了杨奎松后来对人生、社会和历史的看法，彻底改变了他以往习惯于按照表面现象把人分成好坏的认识方法，学会了设身处地和换位思考。他认为，不学历史的人尚且应当学会理解和宽容，学历史的人尤其应当善于用发展和变化的眼光看问题，不能简单凭一己印象来取好恶。他说：“如果我们对周围一时尚不能完全弄清楚子丑寅卯的人和事，都没有办法在理解的前提下尽量从同情的角度、用宽容的心态加以包容，看不到事情的复杂背景和发展变化，我们又如何能够对表面上看起来早已盖棺论定的历史，真正做到客观，并公平地注意到其背后的复杂情形和它可能的发展变化呢？毕竟，由于历史发展的关系，过去的人和事更容易受到环境和条件的局限，也更容易被后来人为的种种假象所蒙蔽。不注意这一点，就很容易凭一己印象把历史人物或政党脸谱化。”所谓脸谱化，是研究现代政治史中最典型的一种态度，其实也就是“戴帽子”。研究一个人物或政党，既不考察，也不论证，一上来就先给研究对象戴好了政治帽子，张三是唯心，李四是唯物；王五代表资产阶级，马六代表无产阶级……然后再按图索骥，照猫画虎，这种研究方法今天还相当普遍。殊不知，大千世界，纷繁复杂，所谓唯心者未必就一定不唯物，而讲唯物者也未必就真不搞唯心。至于代表云云，即使照恩格斯的讲法，也绝不取决于谁在宣言上写了什么，而是要看其实际的政策和具体的行动究竟给哪些人带来了利益。脸谱化的最大害处，是给自己戴上有色眼镜，永远也没办法做到客观、准确和公正不阿。事实上，在历史研究中给历史人物或政党的政治属性进行定性，其意义本身就值得怀疑。因为我们今天所谈论的种种政治概念，从历史学的角度都值得重新讨论和定义。
总之，在杨奎松看来，偏见的产生，很大程度上是与我们黑白分明的是非教育理念、传统的意识形态熏陶分不开的。对这种现象的反思与批判，文艺界已经走到前面去了。今天的小说、电影已经完成了对过去那种“高大全”的反动。大量描写中间人物，乃至于“坏人不坏”，“好人不好”的模式，都已经得到了社会公众的广泛认同。其原因，就在于“高大全”文艺明显脱离了人们的生活实际，而新时代的作品在相当程度上反映了人性和社会的复杂多面。历史上的人物和政党何尝不是如此，我们为什么不能设身处地地去了解他们何以想，并理解他们何以做呢？杨奎松也提到了近现代史研究上一个不可避免的问题，即当前政治的影响。这在理论上是一个学术和政治的关系问题。学术的研究，不应当受到政治的干扰和阻碍。但客观上，历史从来都是当政者用来建构政治正确的一种工具，因而也是当政者用来教育民众的一种必要手段。因此，纵然是学术的历史研究，如果与当政者的说法不合拍，在政治上受到干扰或阻碍，实难避免。不仅近现代历史的研究如此，古代史的研究也难逃此种命运。即使当政者碍于学术自由不便干预，也难保某些民众和舆论不给研究者以压力。有关这种情况，近几年在中国的近邻韩国和日本都有发生，就是证明。当然，杨奎松说，问题不仅仅在于政治干预学术，学术研究同样也有影响现实政治的条件与可能。有的是学者想证明当下的政治正确，画蛇添足，反而给当政者惹出麻烦；有的却是基于现实和历史的观察研究，相信当下政治环境中存在种种问题，想要揭示真相，以至与当政者的看法发生分歧，这同样会使当政者紧张，以结果推动机，怀疑研究者刻意抹黑。
对于这样的一种现状，杨奎松表示，任何人都很难独善其身。研究历史固然比研究现实政治问题会少惹麻烦，但研究近现代史还是距离现实政治太近，很难避免干预和影响。杨奎松研究的问题大都涉及到历史上的共产党史，其敏感度更远甚于一般的近现代史研究。但他相信，他研究的问题，是包括他自己在内的许多国民一直不清楚、一直很想弄清楚的问题，这些问题和我们今天的生活乃至整个国家的命运都有息息相关的联系，因此实在需要有人去研究。他的想法是：常在河边走，尽量不湿鞋。第一是坚持走河边，即坚持既有的研究方向；第二是尽可能把持住一些基本的界限，不去触动太敏感的神经。从技术上则坚持，第一，把事实弄清楚，交代历史的真相，而尽量不去做结论、讲道理，给读者留下思考的空间；第二，由远及近，尽量与现实政治保持一定距离。毕竟，离今天越远的问题，对当今政治的影响和刺激也越小。1980年代，陈独秀的问题还很难去碰，1990年代为陈独秀翻案的文章就多了。1990年代中期张学良与中共的关系还是较敏感的问题，再过十年，便不成为问题了。这是一个明显的趋势。杨奎松承认自己很用功，一直是尽量用心去做好自己该做的每一件事情。但他认为，人活在世上，不只是为了工作，也要学会享受。因此，如果说他有座右铭的话，就是四个字：“创造”、“享受”。他说，创造是前提，人活着，不能为人类社会有所贡献，对自己生活的环境有所帮助，活着大概也没有什么意义。但只知道工作，不懂得享受生活，享受亲情，享受大自然，享受一切可以给自己带来愉悦和美好感觉的事物，如此活着也太过乏味，至少是他不能接受的。因此，除了特别重要的某项一时的工作需要以外，他从不认为自己的时间表是不可改变的。毕竟除了自己的工作以外，家人的需要也是他生活的一部分，他会随时为之做出调整。
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