十一月上半月circRNA研究报道汇总
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声 明
双十一购物狂欢节刚刚结束了，一年一度的购物狂欢节一定给大家留下了很多难以忘怀的记忆。马上也到了我们半个月一次的circRNA研究报道汇总了，在十一月上半月里，circRNA研究论文数量稳中有增，延续了一直以来的高热度态势。下面就一起浏览一下这半个月里都有哪些相关的报道吧：
circDLGAP4调控血脑屏障完整性
论文题目：Circular RNA DLGAP4 ameliorates ischemic stroke outcomes by targeting miR-143 to regulate endothelial-mesenchymal transition associated with blood-brain barrier integrity
杂志：The Journal of Neuroscience （2016年影响因子5.9879）
通讯作者及单位：东南大学医学院姚红红教授
本文主要介绍发现circDLGAP4通过竞争性结合miR-143，抑制HECT结构域相关的E3泛素连接酶（HECTD1）的功能。急性缺血性脑中风患者及小鼠中风模型中均发现血浆中circDLGAP4显著下降。短暂性大脑中动脉闭塞中风小鼠模型中过表达circDLGAP4可显著减少其神经损伤和梗塞面积以及血脑屏障的损伤。内皮-间质转化（EMT）有助于血脑屏障损伤，过表达circDLGAP4可明显调控紧密连接蛋白（TJP）的表达，进而调控EMT [1]。
图1 circDLGAP4竞争性结合miR-143调控HECTD1 （来自[1]）
真核生物circRNA功能综述
论文题目：Molecular roles and function of circular RNAs in eukaryotic cells
杂志：Cellular and Molecular Life Sciences（2016年影响因子5.788）
通讯作者及单位：慕尼黑大学医学院Lesca M. Holdt
本文作者针对circRNA的最新研究进展，系统汇总了circRNA在真核生物中的主要功能研究进展。文章首先汇总了circRNA的研究历史，主要分类，形成条件等方面的主要进展，还针对circRNA的降解途径进行了汇总和分析。最后对circRNA的主要功能，作为疾病诊断标志物的研究进展等方面进行了详细的汇总和整理[2]。
图2 circRNA主要功能 （来自[2]）
circRNA作为肿瘤诊断标志物的研究综述
论文题目：Circular RNAs: emerging cancer biomarkers and targets
杂志：Journal of Experimental & Clinical Cancer Research（2016年影响因子5.189）
通讯作者及单位：江苏大学医学院张徐和许文荣
本文主要针对circRNA基本研究背景，作为肿瘤标志物的研究进展进行了系统汇总和分析[3]。
图3 circRNA在肿瘤中的功能 （来自[3]）
反复植入失败患者circRNA表达特征分析
论文题目：Altered Circular RNA Expression in Patients with Repeated Implantation Failure
杂志：Cellular Physiology and Biochemistry（2016年影响因子5.1034）
通讯作者及单位：兰州大学附属第一医院张学红
作者利用芯片分析了6例反复植入失败患者及对照组的子宫活检组织的circRNA表达谱，共筛选到856种差异表达的circRNAs，后续也进行了QPCR的验证和生物信息学的相关分析[4]。
图4 反复植入失败患者circRNA差异表达分析 （来自[4]）
基于数字PCR进行circRNA的绝对定量分析
论文题目：Plasma circular RNA profiling of patients with gastric cancer and their droplet digital RT-PCR detection
杂志：Journal of Molecular Medicine（2016年影响因子4.6859）
通讯作者及单位：宁波大学医学院郭俊明
微滴式数字PCR（ddPCR）是最近兴起的可绝对定量的PCR技术，本文作者首次将微滴式数字PCR应用于circRNA的绝对定量。作者利用ddPCR分析了胃癌患者血液中circRNA的变化情况，通过与疾病特征的相关性分析，最终表明Hsa_circ_0001017和 hsa_circ_0061276可以作为胃癌有效的诊断标志物[5]。
图5 ddPCR检测circRNA （来自[5]）
胃癌circRNA 综合分析
论文题目：The comprehensive expression analysis of circular RNAs in gastric cancer and its association with field cancerization
杂志：Scientific Reports（2016年影响因子4.2589）
通讯作者及单位：巴西帕拉州贝伦联邦大学Ândrea Ribeiro-dos-Santos
作者分析了正常胃组织，胃癌组织及癌旁组织中circRNA的表达情况，发现癌旁组织中circRNA表达丰度很高，与正常胃组织有很大区别，说明癌旁组织并不是特别理想的对照。作者认为circRNA可能作为基因组动态表达的一个表征[6]。
图6 正常胃，胃癌及癌旁组织中circRNA差异表达分析（来自[6]）
circRNA在单细胞间表达的异质性
论文题目：Heterogeneous circRNA expression profiles and regulatory functions among HEK293T single cells
杂志：Scientific Reports（2016年影响因子4.2589）
通讯作者及单位：华中科技大学宁康
作者利用单细胞测序的方法分析了HEK293不同细胞之间circRNA的表达差异情况，结果表明细胞之间circRNA的表达存在一定程度的异质性[7]。
图7 单细胞间circRNA表达异质性分析 （来自[7]）
细胞外囊泡转录组分析
论文题目：A total transcriptome profiling method for plasma-derived extracellular vesicles: applications for liquid biopsies
杂志：Scientific Reports（2016年影响因子4.2589）
通讯作者及单位：巴西圣保罗A.C.Camargo癌症中心医学基因组学实验室Emmanuel Dias-Neto和Diana N. Nunes
细胞外囊泡（EVs）是细胞之间远端通讯的重要途径，作者利用RNA-seq分析了临床来源的血清EVs中不同RNA的表达和分布情况，为基于EVs的液体活检提供了参考[8]。
图8 细胞外囊泡中不同类型RNA分布情况 （来自[8]）
结核杆菌感染后单核巨噬细胞中circRNA表达变化分析
论文题目：Identification of differentially expressed circular RNAs in human monocyte derived macrophages response to Mycobacterium tuberculosis infection
杂志：Scientific Reports（2016年影响因子4.2589）
通讯作者及单位：南昌大学第一附属医院罗清和李俊明
作者基于芯片法分析了结核分枝杆菌感染后的单核巨噬细胞中circRNA的变化情况，共分析到32种上调，110种下调的circRNA分子，选择了有代表性的进行了QPCR验证和疾病相关性分析，后面作者也预测了miRNA结合情况及通路分析[9]。
图9 结核杆菌感染后单核巨噬细胞circRNA表达变化分析 （来自[9]）
circPTK2促进膀胱癌细胞增殖和迁移
论文题目：Circular RNA hsa_circ_0003221 (circPTK2) promotes the proliferation and migration of bladder cancer cells
杂志：Journal of Cellular Biochemistry（2016年影响因子3.085）
通讯作者及单位：福建医科大学附属漳州市医院许振强
作者分析了膀胱癌临床标本中circPTK2表达差异情况，结果表明circPTK2的表达水平与膀胱癌的多项指标有较强的相关性，包括分化状态，N2-N3淋巴结转移和肿瘤分期等。作者也进行了过表达和敲低circPTK2的实验，结果表明circPTK2能促进膀胱癌细胞的增殖和迁移[10]。
图10 circPTK2促进膀胱癌细胞增殖和迁移 （来自[10]）
婴幼儿血管瘤circRNA表达分析
论文题目：Circular RNA profile of infantile hemangioma by microarray analysis
杂志：PLoS One（2016年影响因子2.8059）
通讯作者及单位：山东大学附属山东省立医院霍然
芯片法分析了4例婴幼儿血管瘤和癌旁皮肤组织中circRNA的表达情况，共发现了234种上调和374种下调的circRNA，作者也进一步分析了这些差异circRNA相关的miRNA和通路[11]。
图11婴幼儿血管瘤circRNA表达分析 （来自[11]）
山羊卵泡circRNA分析
论文题目：Circular RNA profiling reveals chi_circ_0008219 function as microRNA sponges in pre-ovulatory ovarian follicles of goats (Capra hircus)
杂志：Genomics（2016年影响因子2.801）
通讯作者及单位：湖北省农业科学院畜牧兽医研究所研究员陈明新
作者文中分析了山羊排卵前卵泡中circRNA的表达情况，并进一步分析了它们可能结合的miRNA的情况[12]。
图12 山羊排卵前卵泡circRNA表达分析 （来自[12]）
套索驱动形成的circRNA（laciRNAs）调控拟南芥发育
论文题目：lariat-derived circular RNA is required for plant development in Arabidopsis
杂志：SCIENCE CHINA Life Science（2016年影响因子2.7809）
通讯作者及单位：复旦大学生命科学学院郑丙莲
文章报道发现了来自At5g37720p基因加工过程中形成套索结构驱动的circRNA（laciRNAs）直接调控拟南芥的发育过程[13]。
图13 套索驱动形成的circRNA调控拟南芥发育过程 （来自[13]）
circ_0009910促进骨肉瘤形成
论文题目：Hsa_circ_0009910 promotes carcinogenesis by promoting the expression of miR-449a target IL6R in osteosarcoma
杂志：Biochemical and Biophysical Research Communications（2016年影响因子2.468）
通讯作者及单位：青岛大学附属医院刘勇
circ_0009910在骨肉瘤细胞中高表达，敲低后导致增殖减缓，细胞周期阻滞。预测分析表明circ_0009910可竞争性结合miR-449a。miR-449a可靶向调控IL6R [14]。
图14 干扰circ_0009910抑制骨肉瘤细胞增殖 （来自[14]）
胸部疾病中circRNA相关研究进展综述
论文题目： Circular RNAs in thoracic diseases
杂志：Journal of Thoracic Disease（2016年影响因子2.365）
通讯作者及单位：中国医科大学附属盛京医院葛楠
本文针对胸部疾病中circRNA的研究进展进行综述分析[15]。
图15 胸部疾病相关circRNA汇总 （来自[15]）
结肠癌中circRNA 0003906表达特征及临床相关性分析
论文题目：The expression profile and clinical significance of circRNA 0003906 in colorectal cancer
杂志：OncoTargets and Therapy（2016年影响因子2.338）
通讯作者及单位：南昌大学医学院医学院附属第一医院Hu Jiaping
作者分析了6种结肠癌细胞系及122对结肠癌肿瘤标本中circRNA 0003906的表达情况，并分析了表达状态与结肠癌临床特征的相关性。结果表明结肠癌中circRNA 0003906表达明显下调[16]。
图16 circRNA 0003906在结肠癌中ROC曲线分析 （来自[16]）
HBV感染相关HCC中circRNA表达分析
论文题目：Screening of up and downregulation of circRNAs in HBVrelated hepatocellular carcinoma by microarray
杂志：Oncology Letters（2016年影响因子1.3899）
通讯作者及单位：首都医科大学附属北京佑安医院丁惠国
芯片法分析了HBV感染相关的肝细胞癌中circRNA的差异表达情况[17]。
图17 HBV感染相关HCC中circRNA表达分析 （来自[17]）
数字PCR用于细胞外游离circRNA检测
论文题目：Application of droplet digital PCR in quantitative detection of the cell-free circulating circRNAs
杂志：Biotechnology & Biotechnological Equipment（2016年影响因子1.059）
通讯作者及单位：第二军医大学附属长海医院Jing Qing
本文作者探讨了基于微滴式数字PCR检测细胞外circRNA的技术方法[18]。
图18 数字PCR用于circRNA检测 （来自[18]）
circ_0000520可作为胃癌诊断标志物
论文题目：Hsa_circ_0000520, a potential new circular RNA biomarker, is involved in gastric carcinoma
杂志：Cancer Biomarkers
通讯作者及单位：南京医科大学附属南京第一医院曹红勇和曹秀峰
利用QPCR分析了circ_0000520在胃癌和健康对照者之间的表达差异，信息学方法分析了相互作用的miRNA分子[19]。
图19 胃癌与健康对照者circ_0000520表达差异 （来自[19]）
circRNA MICRA作为心肌梗塞危险预后因子
论文题目：The circular RNA MICRA for risk stratification after myocardial infarction
杂志：IJC Heart & Vasculature
通讯作者及单位：卢森堡健康研究所心血管研究室Yvan Devaux
很多心肌梗塞患者往往会发展成心力衰竭，找到有效的相关诊断标志物具有非常重要的意义。本文作者探索并初步证明了circRNA MICRA作为心肌梗塞危险预后因子[20]。
图20 不同阶段circRNA MICRA表达状态分析 （来自[20]）
其他circRNA相关报道
Cell Research发表了哈佛大学医学院Pier Paolo Pandolfi为通讯作者的circRNA研究亮点点评，点评了前段时间Sicence杂志发表的CDR1as基因敲除小鼠模型的文章[21]。
在近期由中国科学院科技战略咨询研究院，文献情报中心与科睿安公司联合发布的《2017研究前沿》中，circRNA荣登生物科学Top10热点榜。说明国内外对circRNA的研究正逐步升温。未来该领域必将受到热捧。
家蚕中部丝腺和后部丝腺的circRNA测序数据
论文题目：Circular transcriptome sequencing of the middle silk gland and posterior silk gland in the Bombyx mori
杂志：Data in Brief
通讯作者及单位：西南大学家蚕基因组重点实验室程廷才
本文为作者测序分析后的数据，为家蚕丝腺组织中circRNA的相关数据[22]。
参考文献：
1. Bai, Y., et al., Circular RNA DLGAP4 ameliorates ischemic stroke outcomes by targeting miR-143 to regulate endothelial-mesenchymal transition associated with blood-brain barrier integrity. J Neurosci, 2017.
2. Holdt, L.M., A. Kohlmaier, and D. Teupser, Molecular roles and function of circular RNAs in eukaryotic cells. Cell Mol Life Sci, 2017.
3. Zhang, Y., et al., Circular RNAs: emerging cancer biomarkers and targets. J Exp Clin Cancer Res, 2017. 36(1): p. 152.
4. Liu, L., et al., Altered Circular RNA Expression in Patients with Repeated Implantation Failure. Cell Physiol Biochem, 2017. 44(1): p. 303-313.
5. Li, T., et al., Plasma circular RNA profiling of patients with gastric cancer and their droplet digital RT-PCR detection. J Mol Med (Berl), 2017.
6. Vidal, A.F., et al., The comprehensive expression analysis of circular RNAs in gastric cancer and its association with field cancerization. Sci Rep, 2017. 7(1): p. 14551.
7. Zhong, C., et al., Heterogeneous circRNA expression profiles and regulatory functions among HEK293T single cells. Sci Rep, 2017. 7(1): p. 14393.
8. Amorim, M.G., et al., A total transcriptome profiling method for plasma-derived extracellular vesicles: applications for liquid biopsies. Sci Rep, 2017. 7(1): p. 14395.
9. Huang, Z., et al., Identification of differentially expressed circular RNAs in human monocyte derived macrophages response to Mycobacterium tuberculosis infection. Sci Rep, 2017. 7(1): p. 13673.
10. Xu, Z.Q., et al., Circular RNA hsa_circ_0003221 (circPTK2) promotes the proliferation and migration of bladder cancer cells. J Cell Biochem, 2017.
11. Fu, C., et al., Circular RNA profile of infantile hemangioma by microarray analysis. PLoS One, 2017. 12(11): p. e0187581.
12. Tao, H., et al., Circular RNA profiling reveals chi_circ_0008219 function as microRNA sponges in pre-ovulatory ovarian follicles of goats (Capra hircus). Genomics, 2017.
13. Jinping Cheng, Y.Z., Ziwei Li, Taiyun Wang, Xiaotuo Zhang & Binglian Zheng, lariat-derived circular RNA is required for plant development in Arabidopsis. SCIENCE CHINA Life Science, 2017.
14. Deng, N., et al., Hsa_circ_0009910 promotes carcinogenesis by promoting the expression of miR-449a target IL6R in osteosarcoma. Biochem Biophys Res Commun, 2017.
15. Fan Yang, P.Z., Jintao Guo, Xiang Liu, Sheng Wang, Guoxin Wang, Wen Liu, Shupeng Wang, Nan Ge, Circular RNAs in thoracic diseases. Journal of Thoracic Disease, 2017.
16. Zhuo, F., et al., The expression profile and clinical significance of circRNA0003906 in colorectal cancer. Onco Targets Ther, 2017. 10: p. 5187-5193.
17. SHICHANG CUI, Z.Q., YUHAN CHEN, LEI LI, PENG LI and HUIGUO DING, Screening of up and downregulation of circRNAs in HBV related hepatocellular carcinoma by microarray. Oncology Letters, 2017.
18. Dan-Feng Chen, L.-J.Z., Kezhe Tan & Qing Jing, Application of droplet digital PCR in quantitative detection of the cell-free circulating circRNAs. Biotechnology & Biotechnological Equipment, 2017.
19. Sun, H., et al., Hsa_circ_0000520, a potential new circular RNA biomarker, is involved in gastric carcinoma. Cancer Biomark, 2017.
20. Antonio Salgado-Somoza , L.Z., Melanie Vausort, Yvan Devaux, The circular RNA MICRA for risk stratification after myocardial infarction. IJC Heart & Vasculature, 2017.
21. Bezzi, M., J. Guarnerio, and P.P. Pandolfi, A circular twist on microRNA regulation. Cell Res, 2017.
22. Gan, H., et al., Circular transcriptome sequencing of the middle silk gland and posterior silk gland in the Bombyx mori. Data Brief, 2017. 15: p. 709-711.
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