exoRBase：外泌体长链RNA数据库

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声 明

        10月9日，Nucleic Acids Research杂志在线发表了复旦大学医学院上海肿瘤研究所黄胜林教授为通讯作者的文章，公布他们开发的专门收录外泌体中各种长链RNA（mRNA, lncRNA及circRNA）的数据库：exoRBase [1]。数据库连接：http://www.exoRBase.org

        早期的研究表明外泌体中的mRNA或lncRNA与一些疾病存在较强的相关性，具有较高的疾病诊断价值。如端粒酶TERT的mRNA更容易在肿瘤患者血清外泌体中存在，HOTAIR lncRNA可能在喉鳞状上皮癌和类风湿性关节炎疾病诊断中有重要价值。miRNA也经常在外泌体中存在，但分子量的局限加上表达特异性不够，大大限制了miRNA作为诊断分子的价值。黄教授研究中发现外泌体中存在circRNA分子，如果构建一个平台将外泌体中的长链的RNA分子汇总在一起，可能对将来开发相关分子诊断标志物有帮助，因此作者构建一个可以汇总外泌体来源长链RNA分子的数据库。值得一提的是另一个数据库ExoCarta收录了外泌体中miRNA、mRNA、蛋白及脂类的信息，该数据库主要收录编码蛋白的mRNA信息。

exoRBase数据库概要

        exoRBase数据库共收录了58330种circRNAs，15501种lncRNAs，18333种mRNAs，它们来自92份血清外泌体RNA-seq测序样本。作者还依据GTEx project获得组织特异性RNA表达特征，分析了相关RNA分子的组织来源。

图1 exoRBase数据库信息汇总（来自exoRBase数据库主页）

        数据库收录的样本包括健康对照者32例，冠状动脉心脏疾病（CHD）6例，结肠癌（CRC）12例，肝细胞癌（HCC）21例，胰腺腺癌（PAAD）14例，乳腺癌2例。每种疾病所对应的各种RNA分子数目如下表：

图2 exoRBase数据库样本信息（来自[1]）

数据库概览

        数据库提供了多种检索途径，可分别检索circRNA和线性的lncRNA或mRNA，还可以通过标本类型，基因类型，组织表达特异性信息等检索选项进行有针对性的检索。

图3 exoRBase数据库概览 （来自[1]）

数据库记录页面介绍

        数据检索单个基因的界面中可以呈现基因的折线图，热图，基因的概要信息，框图及详细描述等等。具体如下图所示：

图4 数据信息记录页面 （来自[1]）

        exoRBase数据库为外泌体研究提供了非常有价值的信息平台，也提供了数据下载和上传创口，是非常好的外泌体研究工具。

参考文献：

1. Shengli Li, Y.L., Bing Chen, Jingjing Zhao, Shulin Yu, Yan Tang, Qiupeng Zheng, Yan Li, Peng Wang, Xianghuo He and Shenglin Huang, exoRBase: a database of circRNA, lncRNA and mRNA in human blood exosomes. Nucleic Acids Research, 2017.

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