荐读 | 谁点的CIRCpedia更新啦，快来认领！
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声 明
最近，来自中科院上海生科院计算生物所——德国马普计算生物学伙伴研究所杨力教授团队于Genomics Proteomics Bioinformatics国际学术期刊在线发表了升级版的circRNA数据库的进展“CIRCpe{Piwecka, 2017 #307}dia v2: An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Comparison”。该研究通过整合六种物种circRNA数据，发布了升级版的circRNA数据库CIRCpediav2（http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/），介绍了基于前版数据库CIRCexplorer2的基础上，CIRCpedia v2数据库的新特性、检索、浏览、下载和circRNA表达差异分析等新功能。
CIRCpedia v2的新特性
1. CIRCpedia v2数据库通过对来自GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)， ENCODE (https://www.encodeproject.org/) 和 EMBL-EBI (https://www.ebi.ac.uk/)数据库的涵盖六个物种（包含人、小鼠、大鼠、斑马鱼、果蝇和线虫）的185个RNA-seq数据集进行分析，再经CIRCexplorer2预测具有反向剪接方式的circRNAs；
2. CIRCpedia v2数据库对circRNAs进行了综合全面性的信息注释，同时在不同物种、组织和细胞中分析了一个基因的多种反向剪接事件；
3. 对于single-read 和paired-end测序数据集，都可以利用FPM值定量circRNA的表达情况；
4. 通过LiftOver分析人和小鼠circRNAs序列保守性；
5. CIRCpedia v2利用新版JBrowse可视化观察circRNAs在基因组的位置，另外新增“Tool”功能可直接对不同circRNAs在不同组织和细胞中表达差异进行分析。
CIRCpedia v2的使用方法
1. 首先进入http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/网站（建议使用IE浏览器），可看到CIRCpedia v2的四大功能：检索、浏览、下载和表达差异分析工具；还有来自六个物种的185 RNA-seq数据集的分析情况，大部分数据集中在人、小鼠和果蝇上；
2. 进入“search”检索界面，设置好需要研究的物种（species），组织和细胞类型（cell），研究的基因名称或者位置或者circID，就可以进行检索，检索界面如下，可根据需要选择显示不同数据注释方式（circRNA、A5BS、A3BS）；点击“gene”下的基因名称，就会链接到genecard网站，以便更全面地了解该基因的信息（该功能目前局限于人源基因，而不适用于其他物种）；“ExonStart–ExonEnd”显示同一基因在不同细胞中不同的剪接方式包含的外显子；“cell line”显示该基因在这种细胞中特异反向剪接方式（但是检索结果中无法直接下载circRNAs的具体序列，只能下载circRNAs的检索汇总信息）；
3. 点击检索结果中“location”（但是无法直接链接到基因组的位置）或者页面顶部的“browse”，进入的界面都是相同的，这个时候需要复制检索结果中的基因组位置“Chr10:17233586–17235889”，粘贴到界面顶部右边的红框内，检索的可视化结果如下，根据需要放大或者缩小，下方可看到检索的circRNA名称“HSA_CIRCpedia_75849”；
单击相应的“HSA_CIRCpedia_75849”后，可出现该circRNA的相关信息和具体序列，点击“FASTA”，可下载具体的circRNA序列；
4. 点击“download”进入下载界面，修改注释方式表格和物种，都可以轻松下载相应的数据，其中A5BS和A3BS数据等待时间需要久点；选择某种cell line下载的话，下载可能会出错，建议选择all，后续再对下载文件进行筛选；
5. 点击“tool”进入差异表达分析界面，该功能是CIRCpedia v2的一大亮点，可以对多种circRNA在同一物种的不同组织或者细胞系中分析其表达差异情况，并以热图或者点图的方式显示出来，以供下载；一般规定了基因组位置的circRNA，则规定了相应的物种；研究者可选择在不同的组织和细胞中比较表达差异，再以两种图显示出来。
优点：CIRCpedia v2数据库提供了更综合性的circRNA注释信息，涵盖6个物种共185个RNA-seq数据集分析结果，主要通过CIRCexplorer2和 MapSplice计算流程统计获得了262,782个circRNA分子，其中包括73,972个可变反向剪接事件。CIRCpedia v2具有检索、可视化浏览、下载相应物种分析的数据和分析不同circRNAs在物种中表达差异等功能，提供不同领域的circRNA研究人员更好地查询目的基因生成不同剪接方式的环形RNA的详细信息，以便更好地认识临床上环形RNA的功能和潜在应用背后的分子机制。
缺点：但是网站中检索结果中人性化的下载序列功能、可视化浏览直接定位功能和物种间保守性百分比显示功能，有待进一步完善。自定义下载功能也有待进一步优化，另外，不同circRNAs在同一物种中表达差异分析结果的显示图可以进一步多样化，以适应研究者的需要。
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