小结｜3月下半月circRNA研究报道汇总
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欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目，本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献25篇，下面我们一起来看看circRNA研究有哪些新进展。
1、 RNA环化降低了免疫原性并且可以延长体内蛋白翻译持续时间
论文标题：RNA Circularization Diminishes Immunogenicity and Can Extend Translation Duration In Vivo
杂志：Mol Cell.
影响因子：14.248
通讯作者单位：麻省理工学院
自然界中机体抵御RNA病毒感染时，主要通过RIG-I，TLR-3/7/8等受体对外源RNA分子进行识别，随后激活免疫系统，达到清除病毒的作用。之前有研究表明，体外合成的RNA导入细胞过程中也可触发细胞免疫效应，认为是外源circRNA缺少蛋白保护原因。而该项研究结果否定了上述原因，表明体外环化的RNA分子，通过提高circRNA的纯度和修饰等处理后，可有效避免TLR/RIG-I介导的免疫反应，且RNA分子环化后能更有效翻译蛋白，因此circRNA是一种非常有潜力的转基因载体，在疾病治疗中潜在重要价值。该研究详细解读请看：荐读 | 环化的RNA不诱发免疫反应，且可以高效翻译蛋白
图注：基于I型内含子的RNA环化载体构建示意图，本文中使用的环化载体中终产物circRNA包含了柯萨奇病毒的IRES元件（CVB3 IRES），Gaussia荧光素酶（GLuc）和Anabaena pre-tRNA的I型内含子，将其拆分后设计在待环化序列的两侧。在GTP和镁离子存在的条件下，能通过酯交换反应实现自动环化
2、 CircSERPINE2通过靶向miR-1271和ETS相关基因来预防骨关节炎
论文标题：CircSERPINE2 protects against osteoarthritis by targeting miR-1271 and ETS-related gene
杂志：Ann Rheum Dis.
影响因子：12.35
通讯作者单位：浙江大学医学院
在这项研究中，研究人员证明了circRNA可以作为竞争性内源性RNA来调节骨关节炎（OA）的病理过程。首先对OA和对照软骨组织之间的circRNA表达进行高通量测序。结果表明CircSERPINE2在OA软骨组织中的表达下调与细胞外基质（ECM）的合成代谢因子和分解代谢因子之间的不平衡和过度凋亡直接相关。CircSERPINE2充当miR-1271-5p的海绵，并通过靶向miR-1271-5p和ERG在人软骨细胞（HC）中起作用。OA兔模型关节腔内注射CircSERPINE2腺相关病毒可减轻OA症状。研究结果揭示了新型circRNA-CircSERPINE2在OA进展中的重要作用。CircSERPINE2过表达可通过miR-1271-ERG途径减轻人软骨细胞凋亡并促进ECM的合成代谢，为骨关节炎提供了潜在有效的治疗策略。
图注：circSERPINE2保护骨关节炎功能机制示意图
3、细胞外囊泡长RNA测序揭示人血液中丰富的mRNA，circRNA和lncRNA分子，可作为癌症诊断的潜在生物标志物
论文标题：Extracellular Vesicles Long RNA Sequencing Reveals Abundant mRNA, circRNA, and lncRNA in Human Blood as Potential Biomarkers for Cancer Diagnosis
杂志：Clin Chem.
影响因子：8.636
通讯作者单位：复旦大学肿瘤研究所
细胞外囊泡（EV）含有丰富的不同RNA种类，具有特殊功能和临床应用。然而，人血液中胞外囊泡长链RNA（exLR）的表达特征仍然很大程度上未知。该研究提出了人血浆exLR测序（exLR-seq）的优化策略。exLR测序样本队列包括159名健康个体，150名癌症患者（5种癌症类型）和43名患有其他疾病的患者。结果表明，1-2mL血浆样本中exLR-seq能可靠地检测到超过10000个exLR，包括mRNA，circRNA和lncRNA。我们观察到血液EV含有大部分完整的mRNA和大量的circRNA拼接位点。有趣的是，血液exLR的相对比例可反映它们的组织起源和不同免疫细胞类型。此外，exLR概况可以将癌症患者与健康个体区分开来。进一步研究表明8个exLRs可作为肝细胞癌（HCC）诊断的生物标志物，具有高诊断效率，训练组中 [曲线下面积（AUC）= 0.9527;95％CI，0.9170-0.9883]，验证组（AUC = 0.9825; 95％CI，0.9606-1）和测试组（AUC = 0.9627; 95％CI，0.9263-0.9991）。该研究揭示了人血浆中丰富的exLR，并鉴定了可能对癌症诊断有用的各种特异性标志物。
图注：人血液胞外囊泡长RNA测序（exLR-seq），每个样品平均检测到RNA分子数目，mRNA（11952），circRNA（4738），lncRNA（1022），pseugogene（705）
图注：8个exLR可作为HCC肝癌潜在诊断标志物ROC效能分析
4、哺乳动物环状RNA的表达和功能筛选深度研究
论文标题：Expanded Expression Landscape and Prioritization of Circular RNAs in Mammals
杂志：Cell Rep.
影响因子：8.032
通讯作者单位：中国科学院北京生命科学研究院
中科院北京生命科学研究院赵方庆研究员团队利用高通量测序技术对人、猴和小鼠的44个正常组织进行转录组评估，鉴定出大量circRNA分子，并重建72.6%的circRNA全长序列，为circRNA的可变剪切、保守性以及与线性RNA的关系研究提供了重要数据资源。该研究成果已汇总到circAtlas数据库中。circAtlas数据库提供界面友好的数据检索和呈现方式，包括了多项circRNA资源，如circRNA及其宿主基因在各组织中表达值，miRNA和RBP（RNA结合蛋白）预测信息；circRNA在人、猴、小鼠、大鼠、猪、鸡和狗7物种中保守性；circRNA蛋白翻译相关的ORF和IRES信息；文献报道疾病相关的circRNA收录等信息。更详细解读请看：circAtlas: 多物种circRNA表达数据库
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