circRNA研究汇总 | 20190819-0825

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欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目，本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献29篇，下面我们一起来看看circRNA研究最近有哪些新进展。

1、综述：哺乳动物细胞工程技术合成环状RNA

论文标题：Reinventing the Wheel: Synthetic Circular RNAs for Mammalian Cell Engineering

期刊：Trends Biotechnol  

影响因子：13.747

通讯作者：Alan Costello（爱尔兰都柏林城市大学）

最近的研究报道，证实了合成环状RNA分子在基因治疗和基于细胞表达系统的生物制剂生产中的应用。环状RNA是前体mRNA通过反向剪接方式自然形成的共价闭环RNA。虽然环状RNA曾被认为是剪接错误的非编码产物，但现在人们普遍认为，在真核生物中，环状RNA数量丰富，在基因调控和蛋白翻译等方面具有多种功能。关于环状RNA在各种疾病中的功能及应用已有大量报道，但人工合成环状RNA在重组蛋白生产和基于环状RNA的治疗方面的应用，才刚刚成为人们关注的焦点。该综述文章系统性地阐述了目前人工合成环状RNA的应用以及合成环状RNA的方法，主要重点介绍了以下几个方面。

l 介绍已经报道的在体内和体外合成环状RNA的机制和方法。

l 设计合成的环状RNA被用于调节天然miRNA的功能。

l 环状RNA可以编码蛋白质，并且已经证明了新的翻译机制。

l 利用环状RNA适配体，可以对蛋白质功能和细胞内代谢产物进行干扰。

图注：人工合成circRNA的应用方向

2、Ularcirc：一种集成反向和正向剪接位点识别的增强型circRNA分析及可视化工具

论文标题：Ularcirc: visualization and enhanced analysis of circular RNAs via back and canonical forward splicing

期刊：Nucleic Acids Res

影响因子：11.147

通讯作者：David T. Humphreys（澳大利亚张任谦心脏研究所）

环状RNA(circRNA)是一类独特的基因转录产物，只能通过跨越不一致连接的序列比对来识别，通常称为反向剪接连接(BSJ)。经典正向剪接方式也与circRNA的生物形成有关，无论是来自于亲本转录本还是来自于circRNA内部，而目前circRNA鉴定软件中通常不太会关注这一点。该文献作者开发的Ularcirc的软件工具，它集成了识别反向剪接位点和正向剪接位点的可视化功能，并能对鉴定的circRNA进行下游分析。Ularcirc可利用CIRI、circExplorer或STAR比对软件的原始输出结果，组装环状RNA的反向剪接位点（BSJ）计数表，并允许多样本分析。研究者使用Ularcirc工具分别从公共和内部生成的数据集中识别和表征circRNA，并演示了它如何用于(i)发现新的亲本转录本剪接模式，(ii)检测circRNA的内部剪接模式，(iii)以及揭示反向剪接位点（BSJ）形成的复杂性。此外，该研究还确定了circRNA可能具有比亲本转录本线性序列更长的开放阅读框。最后，我们检测并验证了由ApoA4转录本产生的一类新型环状circRNA的存在，其反向剪接位点（BSJ）来自编码外显子内的多个非经典剪接位点。

图注：Ularcirc工具集工作流程示意图

3、环状RNAcircNHSL1通过miR-1306-3p/SIX1/波形蛋白轴促进胃癌进展 

论文标题：Circular RNA circNHSL1 promotes gastric cancer progression through the miR-1306-3p/SIX1/vimentin axis

杂志：Mol Cancer 

影响因子：10.679

通讯作者：裘正军和黄陈（上海市第一人民医院）

越来越多的证据表明环状RNA (circRNAs)在各种癌症的发生和发展过程中发挥着重要的作用。然而，环状RNA在胃癌中的具体功能和潜在机制仍不清楚。该研究采用高通量测序技术RNA-seq分析筛选转移相关环状RNA的表达谱。采用qRT-PCR技术检测胃癌组织中circNHSL1的表达水平及对预后的影响。目前广泛认为vimentin波形蛋白作为一种间质标记物，在多种肿瘤中促进侵袭和转移。研究者采用荧光素酶报告基因法测定了SIX1对波形蛋白的调节作用。此外，原位杂交(ISH)检测miR-1306-3p的水平和预后价值。实验结果发现circNHSL1水平在胃癌中明显上调，与胃癌患者的临床病理特征及预后不良呈正相关。在功能上，circNHSL1促进细胞的迁移和侵袭，以及体内肿瘤的发生和转移。在机制上，circNHSL1作为miR-1306-3p海绵，减轻miR-1306-3p对靶基因SIX1的抑制作用。此外，SIX1通过直接与波形蛋白启动子区结合，增强波形蛋白在转录水平上的表达，从而促进细胞迁移和侵袭。此外，miR-1306-3p表达下调，与胃癌的病理特征及预后不良呈负相关。因此，CircNHSL1通过miR-1306-3p/SIX1/Vimentin轴促进胃癌进展，可能成为胃癌患者新的诊断标志物和治疗靶点。

图注：体内动物实验结果表明circNHSL1可促进胃癌细胞的增殖和转移

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