空手套白狼！Genome Research报道WGCNA找到自闭症circRNA分子
“我身处人群，却如此孤独。”
也许这只是把酒言欢之际的一种说辞，但也可能是一种疾病。社交或人际关系对人的心理生理健康影响极大，长期孤独会显著地提高了自杀的风险。然而，有一群人却从幼儿时期就“与世隔离”。
孤独症或自闭症在医学中被称为自闭症谱系障碍（Autism Spectrum Disorder, ASD）是一种多见于儿童的神经发育障碍性疾病，病症包括语言障碍、有限的社交与兴趣以及固执的行为模式。
已有研究者尝试从不同的角度对 ASD 发生发展的分子学机制进行了解读，包括：
ASD 被发现具有高度的遗传异质性
已发现有数百个基因的遗传变异与 ASD 致病相关，然而每一个基因的致病效果占比很小
环境与基因的交互与 ASD 的进展密切相关
一些基因在 ASD 患者中的表达出现异常
表观因素包括可变剪切、lncRNA、miRNA以及 DNA 甲基化和组蛋白修饰也与 ASD 有关
然而目前却还没有人研究 circRNA 在 ASD 发生发展中所扮演的角色。
3 月 3 日，台湾中央研究院基因组学研究中心的庄树谆团队在冷泉港期刊 Genome Research 上发表了一篇关于 circRNA 与 ASD 的文章：
1.有时候，孤独是一种“病”
https://songshuhui.net/archives/54131
从文章题目上看，我们就能大致知道这篇文章所做的工作：
● 从全基因组角度分析 ASD 中表达失调的 circRNA 分子
● ASD 中的 ceRNA 调控
文章结果似乎不是那么显眼：
● 通过尸检病人全基因组的表达分析，发现了 60 个 circRNA 与 3 个共调控模块在 ASD 中发生了异常
● 通过整合分析 circRNA, miRNA 以及 mRNA 数据，构建了 ceRNA 网络，并发现 mRNA 富集到了 ASD 风险基因以及抑制突触相关的基因
● 实验验证了 circARID1A 作为海绵吸附 hsa-miR-204-3p 从而调控一些 ASD 风险基因
亮点似乎也不多：
● 第一篇从系统角度研究 ASD 中 circRNA 调控网络的文章
● 提供了一个与 ASD 相关的 circRNA 候选分子集合以及对应的 circRNA-miRNA-mRNA 资源
而文章的研究思路也就是套路：
● 差异表达分析
● WGCNA
● ceRNA
● 数据库注释
● 实验验证
更重要的是，他的测序数据并不是自己的！
那么为什么文章能够发表到冷泉港实验室的期刊呢？
冷泉港实验室被誉为世界生命科学圣地、“分子生物学摇篮”，名列世界影响最大的十大研究学院榜首。[2]
“事出反常必有妖”。实际上，读过全文之后，我认为这是一篇教科书式研究 ceRNA 的文章，虽然整体研究思路就是所谓的套路，但生物信息学工作与生物学实验都非常扎实。下面就让我们来剖析一下作者到底做了哪些努力：
名词解释
● ASD, Autism Spectrum Disorder，自闭症谱系障碍
● FC, frontal cortex，额皮质
● TC, temporal cortex，颞叶皮质
● CV, cerebellar vermis，小脑蚓部
● 混淆因子包括：性别、年龄、脑分区（FC 或 TC）、RNA 质量（RIN 值）、宿主基因的表达等等
● 重抽样：为了消除小样品带来的偏差，作者对样品进行了重抽样 70% 的样品 100 次进行差异表达分析
● DE-module：通过评估 module 特征基因与疾病状态的相关性得到的 module
2.CSHL冷泉港生物实验室期刊库及实验室指南
https://lib.cpu.edu.cn/ac/31/c1172a109617/page.htm
这篇文章作为 ceRNA 研究入门是非常合适的，更多精彩的内容还请大家阅读原文一探究竟。
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● 二维码：
延伸内容：中国孤独症现状摘录
● 世界自闭症关注日：每年的 4 月 2 日
● 发病率逐年增加
3.孙梦麟：《中国自闭症教育康复行业发展状况报告Ⅲ》发布
http://www.china.org.cn/chinese/2019-04/12/content_74673984.htm?f=pad&a=true
美国疾控中心统计 2016 年为 1.47%，而 2018 年为 1.69 %；韩国 2019 年发布的一个数据显示为 2.6%；2015年据我国发布的【中国自闭症教育康复行业发展状况报告I】中显示为 1%。按当时的 13 亿人口计算，至少有 1000万 的自闭症人群，其中儿童超过 200 万，而 2019 年【中国自闭症教育康复行业发展状况报告III】发布时可能已经超过了 300万。
● 致病原因：不明
● 是否可以治愈：目前无法治愈
● 目前治疗手段：通过教育康复减轻并融入社会，缺乏早期筛查与诊断，容易错过早期教育康复的黄金时期
● 患者生存状况：社会支持“悬崖式”的断层，尤其体现在对大龄一些人群的支持方面
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