大规模农业基因组学时代！华大智造Low-pass WGS全流程产品亮相PAG Asia
2024年6月5日至7日，亚洲动植物基因组学大会 PAG Asia 2024在深圳大梅沙召开，本次大会专家云集，华大智造以 "What if genome sequencing technologies become a revolution in the field of agriculture？"为参会主题亮相现场，正式推出大规模农业基因组学Low-pass WGS全流程产品。
大规模农业基因组学Low-pass WGS全流程产品是一套专为农业科研和育种应用而开发的全流程组合产品，包括硬件、软件和试剂，涵盖“核酸提取-建库-测序-生信分析”流程，配备灵活组合的自动化方案，可满足不同的通量需求。通过全新的板式建库试剂盒搭配Low-pass WGS技术，以高通量、低成本、灵活快捷、自动化友好为特点，能够实现畜禽基因组的大规模测序与高效分析，为畜禽遗传改良和分子育种提供了强有力的工具支撑。
相较于传统芯片分型，这款组合产品无需提前筛选育种相关信息位点、无需定制个性化芯片、无需最低订购量，以几乎相同的成本即可获得接近全基因组范畴位点数据，助力育种计算模型的升级迭代，大幅提升育种值测算准确率。同时，用户可选择非标定制方案，广大农业基因组学专家对不同物种、不同通量、不同交付时效的需求，都可以通过这套组合产品的灵活方案来完成。
当前，华大智造推出的农业基因组学大规模Low-pass WGS全流程组合产品包括标准版和基础版两个版本，其中标准版基于高通量基因测序仪DNBSEQ-T7（年样本量在100k-1000k），基础版基于中高通量基因测序仪MGISEQ-2000（年样本量10K-50K)。
有哪些“秘密武器”？
传统的PCR-FREE建库过程需要经历打断、纯化、连接反应、纯化、定量、均一化/pooling过程。华大智造在这套全流程组合产品中全新推出的MGIEasy Large-scale PCR-FREE 全基因组低深度文库制备模块（板式）试剂盒专为Low-pass WGS应用而设计, 仅需三步（打断、连接反应、等体积pooling），即可实现无纯化建库过程，大大缩短大规模建库中所需的时间。
华大智造自研的实验室自动化平台，Low-pass WGS组合产品突破了大规模建库通量的限制，能够以最少的自动化设备灵活匹配超高通量的实验室需求，从而在短时间内低成本、高度自动化地完成大规模提取、建库、均一化和Pooling，最多只需要5台自动化设备就能满足DNBSEQ-T7的满通量运行的需求。
该组合产品基于DNBSEQ-T7标准版方案，日通量可达1536个样本，周通量7680个样本，年通量可达38.4万个样本；基于MGISEQ-2000中通量方案日通量可达192个样本，周通量480个样本，年通量为2.4万个样本（以猪的1x测序深度为例，单个样本数据量为3G，以一周6天，每年50周计算）。
组合方案中使用华大智造自主研发的生物信息分析加速器和自研Low-pass WGS分析加速软件，其中MegaBOLT可以处理192 个样本/24 h，ZBOLT Pro可以处理1536 个样本/24 h，其SNP位点信息与微阵列/50x WGS分析结果的一致性高达98%（以猪的1x测序深度为例）。
目前，华大智造推出的农业大规模Low-pass WGS全流程产品已提供部分物种的参考基因组集合，用户无需自行构建数据库即可进行猪的基因分型, 还可为已拥有猪参考基因组集合的用户提供免费格式转换服务。
在6月6日和7日的两场专业论坛上，来自产业界的组学服务商代表和学术界的组学专家对业内组学技术的应用展开了充分的探讨。
博瑞迪应用科学家周靖航博士、华智生物分子育种技术智创中心总监唐顺学博士强调了DNBSEQ平台在基因组学研究和农业育种中的重要作用。周靖航博士分享了GBTS技术与DNBSEQ平台结合在基因分型方面的卓越性能，在动植物品种鉴定、功能基因检测、全基因组选择等应用方向上具有出色表现。唐顺学博士则强调了DNBSEQ平台在推动生物技术(BT)、数据技术(DT)和人工智能(AI)方向融合驱动育种工作中的关键作用，可为智能和精准农业育种提供强有力的支持。
来自中国农业大学的胡晓湘教授，联邦水产与渔业研究所的Mugue教授以及西北农林科技大学的姜雨教授、澳大利亚阿德莱德大学Lloyd Low等人共同强调了 DNBSEQ 平台在动物育种领域的应用。胡晓湘教授突出了大规模平行测序技术在猪和其他畜禽基因组选择中的重要作用，指出了其在加速优良遗传特性识别和推动产业可持续发展方面的贡献。
Mugue 教授强调了DNBSEQ平台在虹鳟和三文鱼基因组研究中的重要作用，对这些鱼类基因组的深入研究，可以使科学家们能够识别出与生长速度、抗病性和适应性等重要经济性状相关的基因标记，进而指导育种计划，提高养殖效率和产品质量；姜雨教授表示基于机器学习算法的荷斯坦牛繁殖性状基因组选择方法搭配DNBSEQ平台，能够深入挖掘大规模测序数据下的基因与性状的复杂关联，为精准预测基因组估计育种值（GEBV）提供新的途径。Lloyd Low展示了low-pass WGS以及TCS 70K panel 搭配DNBSEQ平台对牛基因组进行分析的成功案例，并表示有望拓展到其他更多物种。
针对本次重磅推出的农业基因组学 Low-pass WGS 全流程组合产品，胡晓湘教授表示，“所测即所得，所得即所用，华大智造测序平台和 Low-pass WGS 应用结合，将助力农业动物育种大模型，提升育种效率。”
此外，与会专家指出：“利用DNBSEQ平台进行全基因组测序，我们成功识别了影响肉鸡母系生产性能的关键SNP位点。这一发现不仅优化了基因组选择和全基因组关联分析的策略，而且，随着DNBSEQ-T7测序仪的引入，大规模基因组学研究的成本也得到了有效降低。”
华大智造产品市场中心胡豆博士参加工业论坛
参会人员合影
参会人员合影
PAG Asia 2024作为一场专注于动植物基因组学研究的国际性盛会，成功汇聚了全球动植物基因组学领域的专家学者，提供了一个交流最新科研成果和技术创新的绝佳平台。
华大智造全新推出的农业高通量Low-pass WGS全流程组合产品，旨在解决全球人口增长、气候变化和环境压力下的农业挑战。通过降低测序成本和技术创新，为农业领域提供从核酸提取到数据分析的全流程组合产品，缩短育种周期，提升育种效率，促进农民、育种者和研究人员培育性能优越的品种，减少资源消耗，促进农业的可持续发展。
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基于MGISEQ-2000的中通量方案：
基于DNBSEQ-T7的高通量方案：