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如何用olex2绘制氢键

结构分析表征 结构分析表征 2022-05-18

OLEX2(软件下载请后台回复软件名)不仅可以用来解析单晶结构,而且也可以方便的绘制各种单晶结构图,今天介绍如何绘制氢键图,感谢@Tokyo 大佬的指导。

1.首先打开olex2自带的water数据,是一个锰的配合物,只显示了最小不对称单元,如果想锰配位完全,可以输入grow 命令,如果需要返回,则输入fuse;

2.实际上分子内氢键已经显示,如果我们想研究分子间氢键,需要先做堆积,可以输入pack X (X为堆积的层数),比如,pack 4则堆积四层,想要返回还是输入fuse;

3.如果需要研究某个方向的氢键,可以让氢键定向生长,点击draw-growing-mode grow-short即可;

4.出现的虚线即代表存在的分子间作用力,左键点击即可在对应的方向出现相邻的基团;

5.如果想使谱图更加清晰,可以选择性的删除原子,比如删除不需要的氢原子,点击draw-select 选择H,即可选中所有的氢原子,然后将不需要删除的氢不选中,点击delete即可删除其余氢原子;


6.draw界面还提供了标注各原子序号的功能,可自行研究;


7.绘制完合适的氢键图后,点击draw-bitmap images 即可导出图片格式,可以根据杂志要求生成合适分辨率和格式的图片,点击go,图片会自动保存在数据文件夹,如果多次保存图片,记得更改不同的文件名。

视频教程:

延展阅读

绝对构型的查看(图文)

单晶绝对构型判定(视频)

导出XRD标准谱图的几种办法(视频)

origin绘制XRD谱图(视频)

olex2如何绘制氢键图(视频)

olex2如何做PI-PI堆积图(视频)



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