回放来了 | SciFinder结构编辑器的使用
美国化学文摘(CAS)在7月7日举办了“SciFinder 论坛 | SciFinder结构编辑器的使用”讲座。本次讲座中,CAS解决方案专家程小燕博士全面介绍了SciFinder结构编辑器及具体使用方法,在线详细演示如何绘制通式结构、聚合物、配合物等多种类型的结构。在Q&A环节,程小燕博士和CAS市场经理余敏女士还就观众关心的ChemDraw与SciFinder联用、反应机理检索、反应检索、亚结构检索等方面的问题做了精彩解答。
回放链接
针对很多观众提出的回放请求,现为您奉上本次讲座的回放链接和问答环节。错过直播的小伙伴可以注册收看(听过直播的小伙伴也可重复收看哦),本次讲座内容十分细致、实用,值得收藏!
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https://casevents.webex.com/casevents/lsr.php?RCID=9609981ce61844049bda61bdb9b828f0
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观众问答
Q:
(1)可以通过分子结构来查询化学反应吗?(2)如何配合使用ChemDraw软件呢?
A:
(1) 可以。通过结构式查询反应可用以下两种方式:
点击主界面左侧Reaction Structure,打开编辑器进行反应式的绘制,或者物质的结构绘制(并标记物质在反应中的角色)即可进行反应检索。
点击主界面左侧的Chemical structure, 打开结构编辑器,绘制结构。检索获得物质结果集后,在物质结果集页面点击Get Reactions或点击物质CAS登记号下方绿色试剂瓶,即可获得此物质的反应信息。
(2) 可通过以下三种方式配合使用:
ChemDraw14.0及以上版本,可在其中绘制并选中结构或反应,然后点击页面上方SciFinder图标,即可进入SciFinder进行物质或者反应检索;
将在ChemDraw中绘制的结构保存为mol格式的文件(MDL .mol file),然后导入(import)至SciFinder结构编辑器;
将在ChemDraw中绘制的结构转换成SMILE或INCHI字符串,然后粘贴至SciFinder结构编辑器。
Q:
现在Java结构编辑器和Non-Java结构式编辑器有区别吗?
A:
Java和Non-Java在绘制结构的功能上无任何区别。只是Java模式下,支持可从其他绘制结构软件中复制粘贴结构到SciFinder结构编辑器。但请注意,目前大多浏览器(Chrome, Firefox等)的最新版本都不再支持Java插件,仅IE还暂时支持,且需要用户不断更新Java的版本。
Q:
请问搜索某一段短肽序列的话,可以查询到它所属的蛋白吗?
A:
仅从短肽检索的物质结果集中无法直接获得所属的蛋白信息。但是可以先通过物质检索获得短肽信息,然后再获得报道短肽的文献。在获得的文献结果集页面,点击Categorize查看学科主分类Biology,学科副分类Substances in biology,Index Terms中会呈现proteins,选中该项,在获得的文献中获取相应蛋白的信息。
Q:
请问,如何把所画结构定义为催化剂或者如何限制催化剂检索?
A:
通过以下几种方式可实现:
(1) 通过结构式检索获得物质结果集,在物质结果集页面点击Get Reactions后,其中一个选项为catalyst;
(2) 通过结构式检索获得物质结果集后,在物质结果集页面点击Get References, 选择USES得到报道物质用途的文献。在获得的文献结果集页面点击Categorize,查看学科主分类Catalysis,副分类Catalysts,即可在Index terms中浏览催化剂列表。
Q:
请问对于检索出来的结果,如何对重复结果进行筛选?
A:
从提问内容看,不清楚所谓重复的结果具体是什么。
(1) 如果此处所指为重复的反应结果。则可以通过Group by Document来合并显示来自同一篇文献的反应。
(2) 如果此处所指为重复的文献结果,则可以点击SciFinder页面右上角Preferences设置自动去重功能(自动去掉CAplus和Medline中的结果)。
Q:
single component会使结果有什么变化?
A:
Advanced search中的single component选项,是指所绘制的结构片段仅出现在同一个结构中或者某多组分物质的组分数为绘制的结构片段数量。
Q:
如果我想要查一个反应机理,比如二氧化锰催化过氧化氢的反应机理要怎么操作?
A:
有以下两种方式:
(1) 通过反应结果获取文献。在文献结果集页面点击Categorize,查看学科主分类Synthetic chemistry,副分类Reactions,然后查看Index Terms中涉及的反应机理信息。
(2) 在反应结果集页面,点击Group by Transformation查看反应的转化类型分类。
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Q:
检索的数据库范围有哪些?包括所有的文献吗?只有ACS旗下的文献还是更大?
A:
SciFinder涵盖了七个数据库,分为以下三类:
文献数据库:CAplusSM(最大的化学类文献数据库,收录了万余种期刊、64家专利授权机构的专利及会议论文、学位论文、技术报告、网络在线资源、预印本等,总文献量超过5200万条)、MEDLINE®(美国国家医学图书馆医学数据库)、MARPAT®(含有通式化学结构的专利文献)。
物质数据库: CAS REGISTRYSM(收录有超过1.63亿个化学物质、6800万条生物序列,是物质CAS登记号的权威来源,是收录物质最多、更新最快的物质数据库)、CHEMCATS®(化学品商业来源数据库)、CHEMLIST®(化学品合规信息数据库)。
化学反应数据库:CASREACT®(收录超过1.27亿条多步、单步反应,是全球最大的反应数据库,收录的反应既来自专利也来自非专利)。
从以上介绍可看出ACS旗下期刊仅为SciFinder收录的一部分信息,除ACS旗下期刊外,SciFinder还收录了其他万余种期刊、专利、学位论文、会议论文、技术报告、网络资源等。
Q:
超分子组装体的检索是不是归类到mixed compounds?
A:
物质的advanced search选项中的质类型mixed compounds是指混合物。超分子组状体之间没有共价键,可以归类为混合物。另外,键型是物质归类的重要参考依据。
Q:
如果我想查催化还原二氧化碳为C2产物的相关研究,要怎么检索?
A:
(1) 直接进行反应检索时,可以绘制反应式(例如:反应物CO2,产物绘制C...C)进行检索,即可获得反应研究信息。
(2) 也可以使用文献主题检索(例如: catalytic reduction of carbon dioxide),得到文献结果后,通过Categorize,查看主学科分类Catalysis下面对应的详细催化反应类型和物质信息,并精炼文献结果。
Q:
遇到很多使用中的问题,如何能获得及时的帮助和解决呢?
A:
欢迎将问题发送至下方的邮箱,我们会及时为您提供帮助:
china@acs-i.org
SciFinder论坛
美国化学文摘社(CAS)将举办“SciFinder 论坛”系列,旨在将SciFinder 与高校科研实际相结合,更好地发挥SciFinder在高校科研中的作用。从高校师生使用SciFinder的实际问题出发,围绕科研流程,由CAS 培训师主讲,同时也将邀请SciFinder用户作为嘉宾进行经验分享。
SciFinder简介
SciFinder由美国化学会(American Chemical Society, ACS)旗下的美国化学文摘社(Chemical Abstracts Service, CAS)出品,是一个研发信息应用平台,提供全球最大、最权威的化学及相关学科文献、物质和反应信息。SciFinder涵盖了化学及相关学科如生物、医药、工程、农学、物理等多学科、跨学科的科技信息;收录的文献类型包括期刊、专利、会议论文、图书、技术报告、评论、网络预印本和其他网络资源等。
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