如何获取感兴趣通路相关的基因集？
之前，在《案例复现（一）：表达数据的下载与差异分析》一文已经介绍过如何下载数据并进行差异分析。而在文献中，接下来则从Gene Ontology (GO)数据库中查找得到“Oxidative stress”相关的基因。
那么，如何从GO数据库中获取感兴趣通路（或基因功能）相关的基因呢？我这里做简单的演示。
首先，打开GO数据库的首页，数据库的网址如下：
GO数据库网址：
http://geneontology.org/
在首页的搜索框中输入关键词“Oxidative stress”，接着选择Gene Product选项，然后点击绿色的搜索按钮。
得到的初始结果如下，初步共得到10435个基因。
初步得到的基因太多，意义不大，接下来需要进一步筛选。按照原文中提到的筛选条件，点击Organism（物种）选项，物种选择Homo sapiens（只需点击绿色加号按钮）即可完成基因的筛选。
筛选后的结果如下，共得到465个功能与“Oxidative stress”相关的基因。接着勾选Gene/product，选择所有的基因，然后点击Custom DL按钮下载基因列表。
在下载选项中，可从Available pool拖动我们所需的数据到Selected fields的选框中，比如我这里额外添加了Organism（taxon）做演示。
接着，只需点击Download按钮即可在新的页面看到基因列表，点击鼠标右键，另存为，下载基因列表。
就这样，与“Oxidative stress”相关的基因列表就轻松得到了！接下来只需与之前得到差异基因列表取交集，即可得到与“Oxidative stress”相关的差异基因，删除掉重复值后，只需绘制韦恩图即可。
好啦，本次的分享就到这里啦！
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