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我错了!BFDH预测晶体形状的问题我应该早点分享

唯理计算 科学指南针一模拟计算联盟 2022-07-09


阐述晶体形状预测的相关问题



Crystal Habit有好几种常用的中文翻译,例如晶习,晶癖,晶体惯态……培养过晶体的同学应该知道,这个的晶体形状受到很多因素影响,有兴趣的同学可以读读:

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/B9780124095472109990


想要详细研究这类的课题的同学,需要坐下来安心读一读晶体生长的专著了。


上图是硫酸钾的晶体结构(图自Mullin, J. W. (1993). Crystallization, 3rd ed. Butterworth-Heinemann: London. With permission.


那么有什么方法可以去预测晶体形状呢?有,但是涉及到的因素过多,这个以后有机会再详聊。估计搞药物研究的老师和同学会比较感兴趣。


天主要还是和大家聊聊BFDH预测晶体形状 的问题。

 

The Bravais-Friedel Donnay-Harker (BFDH) method is a geometrical calculation that uses the crystal lattice and symmetry to generate a list of possible growth faces and their relative growth rates. From this, crystal morphology can be deduced.


BFDH里面包含四位前辈的名字


Bravais和Friedel的主要贡献就是阐明了生长速率问题

Bravais, A. Etudes Crystallographiques, Academie des Sciences: Paris (1913).

Friedel, G. Bull. Soc. Fr. Mineral., 30, 326 (1907).

D~1/d

D: the center-to-face distance

D: the lattice-plane spacing

晶体的外部形貌由其低阶晶面控制、决定

不同的{hkl}晶面,其面间距(即相邻的两个平行晶面之间的距离)各不相同。总的来说,低指数的晶面其面间距较大,而高指数面的面间距小。

一个面添加到晶面上的难易程度取决于该面的厚度,由于薄的添加面具有更大的面到晶体中心距离--根据此规则—具有更大的生长速率。


Donnay和Harker主要贡献是解释了生长晶面问题。

Donnay, J. D. H.; Harker, D. Am. Mineral., 22, 463 (1937).

 这个其实是对上述Bravais-Friedel 规则的发展。认为应该将晶体对称性与可能的晶体生长面联系起来,把平移对称性算符计入,认为高阶晶面生长速率优于低阶晶面。

可不是么,长得越猛的面越尖。到最后都变成尖尖的一个点了。


BFDH基本思想:利用晶体本身的晶格参数和对称性,计算产生大量可能的生长面及这些面的相对生长速率,然后推导出晶体的外部形貌。这其中没有涉及原子(分子)之间的键链性质和生长时的物理化学条件的影响,也没有任何关于表面能、生长抑制剂的考察的可能。


该方法的优势在于不挑晶体,对于任何晶体类型都适用。普适的反面就是预测精度真的差。上面举的硫酸钾的例子大家应该看出来了,这事真没谱。



怎么使用BFDH方法预测晶体形状



前面进行了一些文字阐述,方便大家更好的理解,接下来就说说怎么去使用BFDH方法预测晶体形状。


1 MS-Morphology


将晶体的cif拖入MS,然后打开Morphology工具,任务选择BFDH,然后run就完事了



计算很快就能结束,完成后可以点击具体某个面查看晶面属性



2 mercury


需要具有CSD licence的mercury用户才能使用软件中的BFDH预测功能。我手头没有这个许可证,对如何做感兴趣的同学可以查看一下本期的附件,我给大家准备了官方的视频教程


3 jcrystal


http://www.jcrystal.com/jcrystal.html



这个软件在win10上运行有些问题,推荐用XP或者win7运行。软件在自行根据相应规则搭建虚拟胞并研究形状上做的很好,但是对于自行导入一个cif然后预测形状做得很不好,我试了试,可以说是完全没法用。作者在帮助文档中承诺以后会改进BFDH功能,然而4年已经过去了……


4 WinXMorph


http://cad4.cpac.washington.edu/winxmorphhome/winxmorph.htm



载入语法合法的cif文件然后在tools里面找形态学预测就好了。预测精度不做评价。作者专门写了篇文章介绍这个功能。

可以参看:

From CIF to virtual morphology using the WinXMorph program

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1107/S0021889807003986


更多的晶体显示和形状预测与显示工具的介绍请看:

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/00357529.2018.1383832


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