在服务器端如何执行固定吸附量吸附任务，唯理计算来支招

MS的Sorption模块是做多孔材料吸附用得比较多的程序，很多人都会用自己的电脑做吸附计算，但是能用服务器为啥不用呢，而且还不占用电脑内存。那么我们就以MFI分子筛吸附CO2为例介绍在服务器端执行固定吸附量吸附任务，主要步骤包括以下几步：

1.准备文件：MFI.xsd 和CO2.xsd ，前者是从IZA网站下载优化好的MFI结构，后者也是优化好的结构

2.准备脚本：SorptionFixedLoading.pl

#!perl

use strict;

use Getopt::Long;

use MaterialsScript qw(:all);

Documents->Import("MFI.xsd");

my $doc = $Documents{"MFI.xsd"};

###############################################################

my $sorptionFixedLoading = Modules->Sorption->FixedLoading;

my $component1 = Documents->Import("CO2.xsd");

$sorptionFixedLoading->AddComponent($component1);

$sorptionFixedLoading->Loading($component1) = 40; # 这里的4是指1个MFI晶胞吸附40个CO2分子

# calculating Energy will return heat of adsorption

my $results = $sorptionFixedLoading->Run($doc, Settings(

CurrentForcefield => "COMPASS",

AssignChargeGroups => "Yes",

Temperature => 298,

LoadingMoves => 5000,

NumEquilibrationSteps => 5000,

ReturnLowEnergyConfigurations => "Yes",

CalculateProbabilityFields => "Yes",

CalculateEnergyFields => "Yes",

CalculateEnergyDistributions => "Yes"));

代码解释：计算用的是compass力场，默认的截断半径是fine，即12埃；ReturnLowEnergyConfigurations是得到能量最低构型，常用于构建分子动力学模拟的初始文件；CalculateProbabilityFields是计算CO2分子在MFI分子筛孔道中不同位置吸附的概率分布；CalculateEnergyFields是计算CO2分子在MFI分子筛孔道中不同位置吸附的能量分布；CalculateEnergyDistributions则得到吸附能分布。如果程序报错：

Unable to load the requested number of molecules

Requested loading = 40

Actual loading   = 30 in Sorption.FixedLoading

那么就是 LoadingMoves 和NumEquilibrationSteps 太小了，增大即可解决。

3.执行脚本：

执行脚本之前要注意：MFI.xsd ,CO2.xsd 和SorptionFixedLoading.pl 应位于同一文件夹之下

xxx/RunMatScript.sh -np 1 SorptionFixedLoading &

其中xxx 是RunMatScript.sh 文件所在的路径，-np 后面的 1 是指用1个核去做计算（Sorption模块不能做并行，用2个核和1个核是一样快，所以1个核就够了），SorptionFixedLoading 是perl脚本的名称 (去掉后面的pl) ，& 放后台去执行程序。 

插播下广告

唯理计算也可以提供服务器配置采购和超算租赁哦~
1.服务器配置采购服务：低配、中配、高配、定制，四种方案满足你的计算所需。

具体详情点击下方，蓝字跳转:

2.超算租赁服务:24小时都有技术小哥哥帮你解决问题
具体详情点击下方蓝字跳转：
【福利】租超算送课程，就在唯理计算，还有2400核时免费试用

one more thing

如果要做双组份的吸附，比如MFI同时吸附CO2和H2，SorptionFixedLoading.pl 就应该改成下面这种：

#!perl

use strict;

use Getopt::Long;

use MaterialsScript qw(:all);

Documents->Import("MFI.xsd");

my $doc = $Documents{"MFI.xsd"};

###############################################################

my $sorptionFixedLoading = Modules->Sorption->FixedLoading;

my $component1 = Documents->Import("CO2.xsd");

$sorptionFixedLoading->AddComponent($component1);

$sorptionFixedLoading->Loading($component1) = 40; # 这里的40是指1个MFI晶胞吸附40个CO2分子

my $component2 = Documents->Import("H2.xsd");

$sorptionFixedLoading->AddComponent($component2);

$sorptionFixedLoading->Loading($component2) = 30; # 这里的30是指1个MFI晶胞吸附30个H2分子

# calculating Energy will return heat of adsorption

my $results = $sorptionFixedLoading->Run($doc, Settings(

CurrentForcefield => "COMPASS",

AssignChargeGroups => "Yes",

Temperature => 298,

LoadingMoves => 5000,

NumEquilibrationSteps => 5000,

ReturnLowEnergyConfigurations => "Yes",

CalculateProbabilityFields => "Yes",

CalculateEnergyFields => "Yes",

CalculateEnergyDistributions => "Yes"));

*注：封面图来源：

文章链接：

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcc.7b07374 

引用格式：

J. Phys. Chem. C 2017, 121, 41, 22872–22882

另：招聘全职计算工程师，具体招聘详情请见下方：

唯理计算小福利：

针对模拟计算我们有专门的沟通群，想进群的小伙伴加微信

17812574221

备注：模拟计算进群

群里可以和老师一起探讨问题，老师也会帮助解答问题的哦~

   推荐阅读：

END