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从0开始,一文通吃晶体NMR计算!

唯理计算 科学指南针一模拟计算联盟 2022-07-09



最近小编着重研究了一下CASTEP计算NMR的相关内容。这里把小编学习使用到的资料与大家进行一下分享。


首先如果是操作的话,看MS自带的软件教程,看完如何计算L-丙氨酸17O的NMR谱图就够了。这个教程里面从建模到计算到分析都给出了说明


如果对NMR计算有更深层的要求,需要知道更多的信息,这里推荐大家阅读CASTEP官方提供的。CASTEP使用密度泛函微扰理论和GIPAW方法来计算固体和分子中的化学位移。还可以计算电场梯度张量(EFG)和自旋-自旋(J)耦合。这些概念的理解可以参考CASTEP workshop中的


The Power of Solid-State NMR

GIPAW A solid-state theory for NMR

Applications of NMR Calculations


以上资料在本期推送中,获取方式见文末。


英国还有个叫做CCP-NC(Collaborative Computational Project for NMR Crystallography)的组织,该组织主要就是晶体NMR计算相关的计算研究工作。该机构网站上给出了使用MS做NMR计算的更详细的教程。


该机构主要的计算研究工具是CASTEP,其次是QE。以下是该机构给出的MS-CASTEP计算NMR教程


1.CASTEP calculations using Materials Studio

https://www.ccpnc.ac.uk/output/castep-calculations-using-materials-studio


上面这个教程基本属于从0开始教怎么用MS做计算,做NMR的计算。从准备模型到几何优化到NMR性质计算。


2.Isolated molecule calculation protocol with Materials Studio


https://www.ccpnc.ac.uk/output/isolated-molecule-calculation-protocol-with-materials-studio


上面这个教程是使用MS-CASTEP研究孤立分子的NMR的计算教程。


3.A practical guide

https://www.ccpnc.ac.uk/output/castep-for-nmr-calculations


上述教程,主要是讲解如何使用CASTEP原版程序记性NMR计算。当然这里的一些讨论完美适用于MS-CASTEP,比如晶体中结晶水要不要删除,超胞能不能用来做计算之类的讨论。


这个组织还有一个存储NMR数据的数据库,存储计算得到的magres文件。也许,你想计算的固体核磁数据已经被数据库收录了。


https://www.ccpnc.ac.uk/database/


例如搜索个苯酚的数据,直接就搜索到了




下载得到的magres文件可以用他们自家的MagresView进行查看。


https://www.ccpnc.ac.uk/magresview/magresview/magres_view.html


或者MagresPython也可以


http://tfgg.me/magres-format/build/html/index.html


http://www.castep.org/Tutorials/Magrespython


MagresView不仅可以查看下载得到的magres数据,我们用MS-CASTEP计算得到的magres文件也可以导入查看。还可以进行绘图操作,弥补了MS的一个短板。绘图效果看着还是很不错的,审美在线那种。下面是小编查看自己计算的Na2O NMR的截图。




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