分子模拟||VMD图像保存实用教程

VMD是一款免费的分子可视化软件，通过该程序可以对GROMACS、Amber、NAMD、Lammps等程序得到的轨迹文件进行处理，实现显示大型分子系统、制作动画、分析轨迹等操作。本文将介绍如何通过VMD渲染得到高分辨率的图片。

01

生成输入文件

首先，进入File-Render-Tachyon，点Start Rendering，即可在VMD的目录下生成Tachyon渲染器的输入文件vmdscene.dat。

02

绘制图片

接着，在VMD安装目录下建立一个render.bat文件，用于将vmdscene.dat文件中的数据绘制成图片，具体操作如下：

*render.bat文件获取方式见文末

tachyon_WIN32 vmdscene.dat -format BMP -o VMD.bmp -aasamples 24 -mediumshade -trans_vmd -res 2000 1500 -numthreads 4 

点击此.dat文件运行即可得到渲染后的VMD.bmp。

*o设定输出文件的名字以及格式；

*aasamples调节生成图片的锯齿化程度，越大锯齿越不明显；

*res设定图像尺寸，越大图像越清晰，耗时越高；

*numthreads 设定渲染时的线程数，可根据本机CPU的物理核心数进行调整。

参考链接：http://bbs.keinsci.com/thread-9178-1-1.html

以上是如何将获取的dat文件渲染出图片的教程，其实还可以通过直接将上述代码改变一下直接放入render command中，实现点击start rendering后直接渲染出图的功能。（默认的参数渲染的图真的太粗糙了）

"C:\Program Files (x86)\University of Illinois\VMD\\tachyon_WIN32.exe" -aasamples 24 %s -format BMP -res 3840 2160 -mediumshade -trans_vmd -o %s.bmp -numthreads 4

这里提醒一下，那个线程数没事可以不要设置，在windows10上面测试，发现设置了不如没设置的渲染快，而且中途会卡主程序几秒。

有的同学使用上述直接渲染的方法，渲染完找不到图了，那可能是没有在设置文件名时候点击Browse..设置存放路径。此时渲染的图片会被存放到

C:\Users\你的电脑用户名\AppData\Local\VirtualStore\Program Files (x86)\University of Illinois\VMD

另外附上自己常用的Linux-VMD 的render command

"/usr/local/lib/vmd/tachyon_LINUXAMD64" -aasamples 24 %s -res 3840 1750 -format TARGA -o %s.tga -numthreads 6

这里你可能要根据需要改一下tachyon_LINUXAMD64的路径。

祝大家玩得开心~

文件获取后台回复：0811

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