DFTB+计算参数获取工具(内含MS脚本使用方法的巨详细教程)
DFTB+是什么?
官方手册是这么说的:
DFTB+是一款融合了密度泛函方法(DFT)准确性和紧束缚方法(TB)高效性的半经验量子力学程序,其中所采用的原子轨道波函数和原子核间相互作用势均基于DMol3的结果拟合得到。DFTB+可以对数干个原子体系进行模拟研究,为解决电子、催化、化工等领域中各种复杂体系及复杂过程的相关问题提供一种新的模拟方法。
对于传统量化模块遇到的,如反应动力学过程等需要花费研究者大量时间和计算资源的问题, DFTB+有其独有的优势。所涉及的研究对象包括有机分子、团簇、绝缘体、半导体、金属,甚至是生物大分子等各类非周期性和周期性体系。
该工具的特殊功能,例如伏安特性曲线计算,投射函数计算这里就不提了,我们主要说说这个工具的定位。我个人理解,这就是一个DFT算不动,力场计算又无法满足要求时候的一种中间选择。
该计算方式可以以极低的成本(相较于常规DFT),来实现接近DFT研究精度的结果。
在这个计算中,计算精度和所调用的参数库里面的参数优劣有直接关系。DFTB+ 有个专门的计算任务就叫做Parameterization,该功能便是调用DMol3模块计算原子间参数的。
MS官方其实也提供了一系列的DFTB+参数化工具包实现了更方便快捷的研究。今天我们推送的就是该工具包。之所以选择推送这个,是因为该工具包里面有全套的脚本导入调用的教程,对于有了其他脚本但是不知道如何使用的同学,这绝对是你目前最该看的教程(不是指这个推文,而是指工具包里面附带的教程)
*该工具包获取见文末
该工具包来自bioviacommunity.force.com官方论坛的直接获取,且该工具包里面含有四个工具:
1.DFTB+ Generate Electronic Parameters
AutoParaElec.pl
生产一系列的不同电子态下的参数
2.DFTB+ Electronic Evaluation
EvalElec.pl
评估使用第一个工具所生成的能带结构
3.DFTB+ Final Evaluation
DFTBEvalTool.pl
将拟合参数与DMol3计算结果再进行一次比较测试
4.DFTB+ Merge Parameters
MergeSkflib.pl
将一系列的扩展参数集合并为单个参数集
而且是Perl 和 XML一起提供的,给大家使用脚本时候带来了图形化界面,按照教程导入即可。
具体的功能介绍可以打开perl脚本看文件头部的说明。
文件获取后台回复:0827
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