为加强和规范土地增值税清算管理，国家税务总局山东省税务局制定了《国家税务总局山东省税务局土地增值税清算管理办法》，现予以发布。
特此公告。
国家税务总局山东省税务局
2022年11月11日
国家税务总局山东省税务局
土地增值税清算管理办法
第一条 为加强和规范土地增值税清算管理，根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则、《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则、《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发〔2006〕187号)、《国家税务总局关于印发〈土地增值税清算管理规程〉的通知》(国税发〔2009〕91号)、《国家税务总局关于加强土地增值税征管工作的通知》（国税发〔2010〕53号）等规定，制定本办法。
第二条 本办法适用于山东省范围内（不含青岛市）房地产开发项目土地增值税清算管理工作。
第三条 本办法所称土地增值税清算是指从事房地产开发的企业（以下简称房地产开发企业）在符合土地增值税清算条件后，依照税收法律、法规及土地增值税有关政策规定，计算房地产开发项目应当缴纳的土地增值税税额，向房地产项目所在地主管税务机关（以下简称主管税务机关）提供有关资料，办理土地增值税清算手续，结清该房地产开发项目应当缴纳土地增值税税款的行为。
第四条 房地产开发企业应当向主管税务机关如实申报土地增值税税款，保证纳税申报的真实性、准确性和完整性。
第五条 主管税务机关应当依照税收法律、法规及土地增值税有关政策规定，实施项目管理，提供纳税服务，开展土地增值税清算审核，依法办理土地增值税补(退)税手续。
第二章 项目管理
第六条 房地产开发企业应当在取得土地使用权并获得房地产开发项目施工许可后30日内，向主管税务机关报送土地增值税项目登记信息，并在每次转让（预售）房地产时，按月报送项目的进度和变化情况。
主管税务机关应当加强房地产开发项目的日常税收管理，按项目分别建立档案、设置台帐，对项目立项、规划设计、施工、预售、竣工验收、工程结算、项目清盘等房地产开发全过程情况实行跟踪监控，做到税务管理与项目开发同步。
第七条 土地增值税以政府规划部门核发的《建设工程规划许可证》确认的房地产开发项目为单位进行清算，对连续24个月内规划、施工的房地产开发项目，可将相关《建设工程规划许可证》确认的房地产开发项目合并为一个单位进行清算。
第八条 房地产开发企业应当根据清算单位合理归集收入、成本、费用。
第三章 预征管理
第九条 房地产开发企业在土地增值税清算申报前转让房地产取得的收入应当按预征率计算申报缴纳土地增值税。
第十条 转让房地产取得的收入是指房地产开发企业转让房地产实际取得的全部价款和其他经济利益，包括货币收入、实物收入和其他收入。
营改增后，纳税人转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税。适用增值税一般计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税销项税额；适用简易计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税应纳税额。
第十一条 房地产开发企业采取预收款方式预售自行开发的房地产项目的，按照以下方法确定土地增值税预征计征依据：
土地增值税预征计征依据=预收款-应预缴增值税税款
第十二条 房地产开发项目中同时包含普通住宅、非普通住宅和其他类型房地产的，应当按房地产的类型分别核算收入，适用相应的预征率计征土地增值税。土地增值税预征率：普通住宅预征率2%-3%、非普通住宅预征率2%-3%、其他类型房地产预征率2%-4%。
各市税务局在上述规定的幅度内确定适当的预征率，并报省税务局备案。
第十三条 房地产开发企业处置非地下人防设施建造的车库(位)等设施取得的收入，凡房地产开发企业与业主签订销售合同(或协议等)并转让产权的，应预征土地增值税。
房地产开发企业转让经政府批准建设的廉租住房、公共租赁住房、经济适用房等保障性住房，棚户区改造安置住房、危旧房改造安置住房等取得的收入，暂不预征土地增值税。
第十四条 房地产开发企业应于月(或季)末15日内向主管税务机关申报缴纳土地增值税。
第四章 清算申报
第十五条 房地产开发企业符合下列条件之一的，应进行土地增值税清算：
（一）房地产开发项目全部竣工、完成销售的；
（二）整体转让未竣工决算房地产开发项目的；
（三）直接转让土地使用权的。
第十六条 对符合以下条件之一的，主管税务机关可要求房地产开发企业进行土地增值税清算：
（一）已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；
（二）取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；
（三）房地产开发企业申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的。
对前款所列第（三）项情形，应在办理注销登记前进行土地增值税清算。
第十七条 上述第十五条、第十六条中所称“全部竣工”“已竣工验收”是指房地产开发产品符合下列条件之一的情形：
（一）开发产品竣工证明材料已报房地产管理部门备案；
（二）开发产品已开始投入使用；
（三）开发产品已取得了初始产权证明。
第十八条 符合本办法第十五条规定的应清算项目，房地产开发企业应在满足条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续，并结清应缴纳的土地增值税税款。
符合本办法第十六条规定的可清算项目，主管税务机关应每年作出评估，确定是否需要清算，对确定需要清算的项目，由主管税务机关下达清算通知，房地产开发企业应在收到清算通知之日起90日内办理清算手续，并结清应缴纳的土地增值税税款。
第十九条 房地产开发企业办理土地增值税清算申报时，应提供下列清算资料：
（一）土地增值税纳税申报表；
（二）房地产开发项目清算说明及其相关资料，主要内容包括房地产开发项目立项、用地、关联方交易、融资、税款缴纳、不同类型房产的销售情况、成本费用分摊方式等基本情况和主管税务机关需要了解的其它情况；
（三）不动产权证（国有土地使用权证）、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、建筑工程施工许可证、商品房预售许可证、测绘报告、竣工验收证明；
（四）土地使用权出让（转让）合同、支付地价款凭证；
（五）拆迁（回迁）合同、支付凭证、签收花名册、签收凭证；
（六）银行贷款合同、银行贷款利息结算凭证；
（七）项目规划、设计、勘察、工程招投标、工程施工、材料采购等合同和有效凭证；
（八）商品房销售合同统计表、销售明细表；
（九）发票台账，转让房地产的收入、成本和费用有关证明资料及记账凭证；
（十）开发项目中的公共配套设施，应按照建成后产权属于全体业主所有、无偿移交给政府或公用事业单位、自用、出租、有偿转让进行分项分类说明，并提供相关证明资料；
（十一）直接组织、管理开发项目人员花名册及工资明细；
（十二）转让房地产有关税金的完税凭证；
（十三）房地产开发企业委托涉税专业服务机构进行清算鉴证的项目，应报送土地增值税清算鉴证报告；
（十四）不允许在增值税销项税额中计算抵扣的进项税额相关资料。
第二十条 主管税务机关收到房地产开发企业清算申报资料后，对符合清算条件且报送清算资料完备的，予以受理;对符合清算条件但报送清算资料不完备的，应当要求房地产开发企业在15日内补齐清算资料后，予以受理；对不符合清算条件的，不予受理。
主管税务机关做出予以受理、补正资料、不予受理决定时，应当向房地产开发企业送达《税务事项通知书》。
第五章 清算审核
第二十一条 主管税务机关受理房地产开发企业清算申报资料后，应当自受理清算申报之日起90日内完成清算审核，出具清算审核结论。如因清算审核过程中需补正资料未补正、房地产开发企业在清算期间停产停业或存在税企分歧等特殊情形无法在90日内完成审核的，经县（市、区）税务局局长批准可以延长审核期限，延长的时间不得超过90天。
第二十二条 在清算审核中，发生以下情形之一、经主管税务机关集体研究决定可以中止审核，并书面通知房地产开发企业。中止审核的时间，不计入主管税务机关审核期限。中止审核的情形消失后，应当根据房地产开发企业申请或由主管税务机关主动恢复清算审核：
（一）因受不可抗力因素影响无法进行清算审核的；
（二）法院、检察院、公安等部门调取房地产开发企业账簿、凭证等资料立案检查，主管税务机关无法进行清算审核的。
第二十三条 清算审核包括案头审核、实地审核。案头审核是指对房地产开发企业报送的清算资料进行数据、逻辑审核，重点审核项目归集的一致性、数据计算的准确性等。实地审核是指在案头审核的基础上，通过对房地产开发项目实地查验等方式，对房地产开发企业申报情况的客观性、真实性、合理性进行审核。
第二十四条 主管税务机关应当组建清算审核专项工作组，依照税收法律、法规、规章、规范性文件规定，开展审核工作。
第二十五条 土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应当在计算土地增值税时予以调整。
第二十六条 对房地产开发企业将开发产品用于安置回迁户、职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产。其收入按下列方法和顺序确定：
（一）按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定；
（二）由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。
第二十七条 房地产开发企业申报的房地产销售价格明显偏低且无正当理由的，主管税务机关应当要求其提供书面说明及相关证明材料，参照本办法第二十六条规定确定计税价格。
对房地产销售价格明显偏低的以下情形，可视为有正当理由：
（一）法院判决或裁定的转让价格；
（二）采取政府指导价、限价等非市场定价方式销售，能提供相关主管部门证明资料的；
（三）主管税务机关认定的其他合理情形。
第二十八条 对房地产开发企业在土地“招拍挂”环节，与政府约定在项目内建设配建房并无偿移交政府指定单位的，土地增值税应按照不含增值税收入确认收入。
第二十九条 土地增值税扣除项目按以下规定处理：
（一）取得土地使用权所支付的金额，包括为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。
1.以出让方式取得土地使用权的，为支付的土地出让金;以行政划拨方式取得土地使用权的，为转让土地使用权时按规定补交的出让金;以转让方式取得土地使用权的，为支付的地价款。
2.房地产开发企业在取得土地使用权时按国家统一规定交纳的有关费用，包括为取得土地使用权所支付的契税。
3.土地出让合同中约定分期缴纳土地出让金的利息，计入取得土地使用权所支付的金额，准予扣除。房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。
4.对房地产开发企业在土地“招拍挂”环节，与政府约定在项目内建设配建房并无偿移交政府指定单位的，建设配建房发生的建筑安装工程费，作为土地成本在土地增值税清算中予以扣除。
（二）房地产开发成本，包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。
1.土地征用及拆迁补偿费，包括土地征用费、耕地占用税、劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出、安置动迁用房支出等，其扣除金额根据补偿协议、签收清册、收付款凭据等相关资料确定。
（1）拆迁补偿费应当是真实发生和实际支付的，支付给被拆迁人的拆迁补偿、拆迁（回迁）合同和签收花名册或签收凭据应当一一对应。
（2）房地产开发企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，参照本办法第二十六条规定确认收入，同时计入房地产开发项目的拆迁补偿费。房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费；回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应当抵减本项目拆迁补偿费。
（3）房地产开发企业采取异地安置，异地安置的房屋属于自行开发建造的，房屋价值参照本办法第二十六条规定计算，计入本项目的拆迁补偿费；异地安置的房屋属于购入的，以实际支付的购房支出计入拆迁补偿费。
（4）货币安置拆迁的支出，房地产开发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。
2.前期工程费，包括规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘、“三通一平”等支出。
（1）房地产开发企业委托其他单位进行规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘的，提供服务的单位应当符合相关法律法规关于资质和收费标准的要求。
（2）在项目规划报建时，按政府规定缴纳的相关费用允许扣除。
3.建筑安装工程费，包括以出包方式支付给承包单位的建筑安装工程费、以自营方式发生的建筑安装工程费。
（1）发生的费用应当与工程造价审计报告、工程结算报告、工程施工合同记载内容相符。
（2）房地产开发企业自购建筑材料时，自购建筑材料费用不得重复计算扣除。
（3）房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业已就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质保金不得扣除。
（4）房地产开发企业销售已装修的房屋，其装修费用可以计入房地产开发成本。
销售已装修的房屋，装修费用不包括房地产开发企业自行采购或委托装修公司购买的家用电器、家具所发生的支出，也不包括与房地产连接在一起、但可以拆除且拆除后无实质性损害的物品所发生的支出。
随房屋一同出售的以房屋为载体，不可随意移动的附属设备和配套设施，如整体中央空调、户式小型中央空调、固定式衣柜橱柜等，其外购成本允许扣除。
（5）清算项目以外单独建造的样板房、售楼部，其建造费、装修费等不得计入房地产开发成本。
（6）实际发生并支付的工程监理费允许扣除。
（7）营改增后，房地产开发企业接受建筑安装服务取得的增值税发票，应当在发票的备注栏注明建筑服务发生地县（市、区）名称及项目名称，否则不得计入土地增值税扣除项目金额。
4.基础设施费，包括开发过程中所发生的开发小区内道路、供水、供电、供气、排污、排洪、通讯、照明、环卫、绿化等工程支出。
5.公共配套设施费，包括房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场（库）、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通讯等公共设施。
（1）建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除；
（2）建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除；
（3）建成后有偿转让的，应当计算收入，并准予扣除成本、费用；
（4）房地产开发企业将公共配套设施等转为自用或出租，不确认收入，其应当分摊的成本、费用也不允许扣除；
（5）同时开发多个房地产开发项目，但公共配套设施滞后建设的，滞后建设的公共配套设施按照受益对象分摊扣除。
6.开发间接费用，是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工社会保险费、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。
（1）企业行政管理部门（总部）为组织和管理生产经营活动而发生的管理费用，不得作为开发间接费用予以扣除；
（2）房地产开发企业委托代建支付的代建管理费，不得作为开发间接费用予以扣除。
（三）房地产开发费用，是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。
1.财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产开发项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%计算扣除。据实扣除的，应当提供贷款合同、利息结算单据以及发票。
房地产开发企业向金融机构支付的咨询费等非利息支出以及因逾期还款，金融机构收取的超过贷款期限的利息、罚息等款项，不得作为利息支出扣除。
2.凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%计算扣除。全部使用自有资金，没有利息支出的，按照以上方法扣除。
3.既有向金融机构借款，又有其他借款的，其房地产开发费用计算扣除时不能同时适用本项第1目、第2目所述两种办法。
（四）与转让房地产有关的税金，包括房地产开发企业缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税、教育费附加、地方教育附加。
1.营改增后，计算土地增值税增值额的扣除项目中“与转让房地产有关的税金”不包括增值税。
2.营改增后，房地产开发企业实际缴纳的城市维护建设税、教育费附加，凡能够按清算项目准确计算的，允许据实扣除。凡不能按清算项目准确计算的，则按该清算项目预缴增值税时实际缴纳的城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加扣除。
（五）财政部规定的其他扣除项目。对从事房地产开发的纳税人可按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本金额”之和，加计20%扣除。
第三十条 房地产开发扣除项目应当符合下列要求：
（一）扣除项目所归集的各项成本和费用，必须实际发生且取得合法有效凭证，未取得合法有效凭证的不得扣除。本办法所称合法有效凭证是指：
1.支付给境内单位或者个人的款项，且该单位或者个人发生的行为属于营业税或者增值税征收范围的，以单位或者个人开具的发票为合法有效凭证；
2.支付给境外单位或者个人的款项，以该单位或者个人的签收单据为合法有效凭证，税务部门对签收单据有疑义的，可以要求其提供境外公证机构的确认证明；
3.支付的行政事业性收费或者政府性基金，以取得的财政票据为合法有效凭证；
4.其他合法有效凭证。
（二）扣除项目金额应当准确地在各扣除项目中分别归集，不得混淆。
（三）扣除项目金额中所归集的各项成本和费用必须是在清算项目开发中直接发生的或应当分摊的。
（四）扣除项目涉及的增值税进项税额，允许在销项税额中计算抵扣的，不计入扣除项目；不允许在销项税额中计算抵扣的，可以计入扣除项目。
（五）属于多个清算单位共同的土地成本，原则上应当按清算单位占地面积占土地总面积的比例计算分摊。无法取得清算单位占地面积的，按清算单位规划建筑面积占总规划建筑面积的比例计算分摊。
属于多个清算单位共同的其他成本费用，按清算单位规划建筑面积占规划总建筑面积的比例计算分摊。
（六）同一清算单位中的土地成本、其他成本费用，按不同类型房地产可售建筑面积占总可售建筑面积的比例计算分摊。对于清算项目能够提供独立的土地出让合同、划拨协议、投资协议的，土地成本可直接归集到受益对象。
（七）对于单独签订装修合同、单独结算、有明确受益对象的室内精装修成本，可直接归集。
（八）对同一类事项，应当采取相同的会计政策或处理方法。会计核算与税务处理规定不一致的，以税务处理规定为准。
第三十一条 房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税，在清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用。
第三十二条 房地产开发企业处置利用地下人防设施建造的车库（位）等设施取得的收入，不征收土地增值税，在清算时不列收入，不扣除相应的成本。
不予扣除的成本=测绘报告确定的地下人防设施建筑面积÷测绘报告确定的总建筑面积×建筑安装工程费（不包含有明确受益对象的室内精装修成本）
房地产开发企业将地下人防设施无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除。
第三十三条 房地产开发企业购买在建项目后，继续投入资金进行后续建设，在清算时，其购买在建项目所支付的价款和契税允许扣除，但不得作为房地产开发费用按比例计算扣除以及加计20%扣除的基数。后续建设支出的扣除项目处理按照土地增值税清算的有关规定执行。
第六章 清算税款征收
第三十四条 房地产开发企业办理清算申报后，在主管税务机关出具清算审核结论前，预售（销售）房产取得的收入，应当根据清算申报结果，按照尾盘销售申报缴纳土地增值税。
第三十五条 房地产开发企业符合以下条件之一的，主管税务机关可实行核定征收：
（一）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；
（二）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；
（三）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的；
（四）符合土地增值税清算条件，房地产开发企业未按照规定的期限办理清算手续，经主管税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的；
（五）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
第三十六条 实行核定征收的项目，须经主管税务机关集体研究确定。房地产开发企业直接转让国有土地使用权的，原则上不得核定征收。
第三十七条 主管税务机关对房地产开发项目进行核定征收时，应当分别核定收入或者扣除项目金额，确定增值额，按照适用税率计算土地增值税。
（一）收入的核定参照本办法第二十六条确认；
（二）扣除项目的核定按下列方法和顺序确认：
1.土地价款
（1）土地管理部门提供的土地价款证明，契税完税凭证，人民法院判决、裁定的土地转让价格，人民法院执行不动产拍卖的土地成交价格等；
（2）当年度同类地段交易价格；
（3）当年度同类地段基准地价。
2.房地产开发企业办理土地增值税清算所附送的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的凭证或资料不符合清算要求或不实的，主管税务机关可参照以下方法，核定上述四项开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除：
（1）参照当地建设工程造价管理部门公布的建安造价定额资料，结合房屋结构、用途、区位等因素，核定单位建筑面积扣除项目金额标准；
（2）参照已完成清算审核的同期同类项目清算数据。
第三十八条 按照本办法第三十七条规定无法计算土地增值税的，可采取核定征收率方式核定征收。核定征收率：普通住宅5%；非普通住宅、其他类型房地产6%。
第三十九条 采取核定征收方式进行清算的，主管税务机关应当向房地产开发企业送达《税务事项通知书》，告知其核定征收的理由、依据、税款计算方法以及享有的权利义务。
第四十条 主管税务机关作出清算审核结论后，应当制作《税务事项通知书》，确定办理补、退税期限，并将审核结果书面通知房地产开发企业。主管税务机关确定的补缴税款期限原则上不得超过90日。房地产开发企业提出退税申请的，主管税务机关应当自受理退税申请之日起90日内办理退还手续。
第四十一条 房地产开发项目清算后销售或有偿转让的，房地产开发企业应当按规定进行土地增值税尾盘申报。
扣除项目金额=单位建筑面积成本费用×清算后销售（转让）面积
单位建筑面积成本费用=清算审核结论确认的扣除项目总金额（不含与转让房地产有关的税金）÷总可售建筑面积
采取核定征收率核定征收的，房地产开发企业应按照不同类型的核定征收率进行土地增值税尾盘申报。
第四十二条 房地产开发企业自结算缴纳土地增值税清算税款之日起三年内发生下列情形之一的，可向主管税务机关一次性提出申请，调整清算税额，退还多缴的土地增值税税款：
（一）清算时未取得合法有效凭证而在清算后取得的；
（二）清算时未支付款项而在清算后支付的；
（三）清算时应当分摊但实际未能分摊的共同的成本费用，清算后能够按照受益对象、采用合理的分配方法分摊的。
第七章 法律责任
第四十三条 应进行土地增值税清算的或经主管税务机关确定可进行清算的房地产开发企业，未按照规定报送涉税资料或者办理清算手续的，经主管税务机关责令限期改正，逾期仍不改正的，以及提供虚假清算资料、擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的，由主管税务机关按照《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则等有关规定处理。
第四十四条 涉税专业服务机构及其涉税服务人员出具虚假报告或涉税文书的，按照国家税务总局关于涉税专业服务监管的相关规定处理。
第四十五条 主管税务机关完成土地增值税清算审核后，如发现房地产开发企业存在少计收入或者多计扣除项目等税收违法行为，按照《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则等有关规定处理。
第四十六条 主管税务机关完成土地增值税清算审核后，如审计、财政等部门检查发现房地产开发企业仍存在税收违法行为，按照《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则等有关规定处理。
第八章 附 则
第四十七条 本办法未尽事项按照《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则、《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则和现行土地增值税政策的有关规定执行。
第四十八条 本办法自2022年9月21日起施行，此前已受理清算申报，但未出具清算审核结论的，按本办法处理。
关于《国家税务总局山东省税务局关于发布〈国家税务总局山东省税务土地增值税清算管理办法〉的公告》的解读
办法适用于于山东省范围内（不含青岛市）房地产开发项目土地增值税清算管理工作。
二、《办法》对房地产开发项目管理有什么具体要求？
办法第六条依据《国家税务总局土地增值税清算管理规程》（国税发〔2009〕91号）、《国家税务总局关于修订土地增值税纳税申报表的通知》（税总函〔2016〕309号）等规定，明确“房地产开发企业应在取得土地使用权并获得房地产开发项目施工许可后30日内，向主管税务机关报送土地增值税项目登记信息，并在每次转让（预售）房地产时，按月报送项目的进度和变化情况”。
三、如何确定土地增值税清算单位?
办法第七条规定“土地增值税以政府规划部门核发的《建设工程规划许可证》确认的房地产开发项目为单位进行清算，对连续24个月内规划、施工的房地产开发项目，可将相关《建设工程规划许可证》确认的房地产开发项目合并为一个单位进行清算”。
举例说明：某房地产开发项目立项后，取得建设用地规划许可，后续报建取得《建设工程规划许可证》，以《建设工程规划许可证》确认的房地产开发项目为单位进行清算，如果连续24个月取得多个《建设工程规划许可证》，并进行施工建设的，可将多个《建设工程规划许可证》确认的房地产开发项目合并为一个单位进行清算。
四、如何确定普通住房标准？
根据《山东省财政厅 山东省地方税务局 山东省建设厅关于公布山东省享受优惠政策普通住房标准的通知》（鲁建房字［2005］27号）规定“我省确定享受优惠政策的普通住房标准为同时满足以下条件：住宅小区建筑容积率1.0以上、单套建筑面积120平方米以下、实际成交价格低于同级别土地上住房平均交易价格1.2倍以下。允许单套建筑面积和价格标准适当浮动，上浮比例不得超过20%”。
五、土地增值税预征率和核定征收率是怎么规定的？
办法第十二条规定“普通住宅预征率2%-3%、非普通住宅预征率2%-3%、其他类型房地产预征率2%-4%。各市税务局在上述规定的幅度内确定适当的预征率，并报省税务局备案”。
办法第三十八条规定“普通住宅核定征收率5%,非普通住宅、其他类型房地产核定征收率6%”。
六、哪些收入暂不预征土地增值税？
为支持房地产市场平稳健康发展，办法将暂不预征范围扩大为“房地产开发企业转让经政府批准建设的廉租住房、公共租赁住房、经济适用房等保障性住房，棚户区改造安置住房、危旧房改造安置住房等取得的收入，暂不预征土地增值税”。
七、《办法》第十六条第(一)项“已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的”和本条第(二)项“取得销售(预售)许可证满三年仍未销售完毕的”起始时间在具体工作中该如何掌握?
“剩余的可售建筑面积已经出租或自用的”是指已售建筑面积、视同销售面积以及用于出租与自用的可售建筑面积之和÷项目总可售建筑面积×100%≥85%。
“取得销售(预售)许可证满三年仍未销售完毕的”起始时间为清算项目最后一份预售许可证首次取得时间。
八、如何判定房地产销售价格明显偏低具有正当理由？
办法第二十七条规定“对房地产销售价格明显偏低的以下情形，可视为有正当理由”：
1.法院判决或裁定的转让价格；
2.采取政府指导价、限价等非市场定价方式销售，能提供相关主管部门资料证明的；
3.主管税务机关认定的其他合理情形。
九、房地产开发企业在与政府约定的项目内建设配建房并无偿移交政府指定单位的，收入和成本如何确定？
办法第二十八条规定“对房地产开发企业在土地招拍挂环节，与政府约定在项目内建设配建房并无偿移交政府指定单位的，土地增值税应按照不含增值税收入确认收入”。
办法第二十九条规定“对房地产开发企业在土地招拍挂环节，与政府约定在项目内建设配建房并无偿移交政府指定单位的，建设配建房发生的建筑安装工程费，作为土地成本在土地增值税清算中予以扣除”。
十、《办法》第二十九条规定“...随房屋一同出售的以房屋为载体，不可随意移动的附属设备和配套设施，如整体中央空调、户式小型中央空调、固定式衣柜橱柜等，其外购成本允许扣除”，可移动家电家具、装饰品等该如何处理？
装修是指为使建筑物、构筑物内、外空间达到一定的环境要求，使用建筑装饰材料，对建筑物、构筑物的外表和内部进行修饰处理的工程建筑活动。可移动家电家具、日用品、可移动装饰品等不属于装修范围，也不属于土地增值税征收范围，因此在清算时其采购成本不允许扣除。本着收入成本配比原则，在清算时按采购原价在收入中同时剔除。
十一、同时开发多个房地产项目但公共配套设施滞后建设的，在实际工作中该如何掌握?
办法第二十九条规定“同时开发多个房地产开发项目，但公共配套设施滞后建设的，滞后建设的公共配套设施按照受益对象分摊扣除”。
十二、属于多个清算单位共同的土地成本和其他成本费用，如何扣除？
办法第三十条第五款规定“属于多个清算单位共同的土地成本，原则上应按清算单位占地面积占土地总面积的比例计算分摊。无法取得清算单位占地面积的，按清算单位规划建筑面积占总规划建筑面积的比例计算分摊”。
“属于多个清算单位共同的其他成本费用，按清算单位规划建筑面积占规划总建筑面积的比例计算分摊”。
十三、同一清算单位中的土地成本、其他共同成本，如何扣除？
办法第三十条第六款规定“同一清算单位中的土地成本、其他成本费用，按不同类型房地产可售建筑面积占总可售建筑面积的比例计算分摊。对于清算项目能够提供独立的土地出让合同、划拨协议、投资协议的，土地成本可直接归集到受益对象”。
十四、室内精装修成本如何扣除？
办法第三十条第七款规定“对于单独签订装修合同、单独结算、有明确受益对象的室内精装修成本，可直接归集”。
十五、利用地下人防设施建造的车库（位）等设施取得的收入和发生的成本支出，如何扣除？
办法第三十二条规定“房地产开发企业处置利用地下人防设施建造的车库（位）等设施取得的收入，不征收土地增值税，在清算时不列收入，不扣除相应的成本”。
“不予扣除的成本=测绘报告确定的地下人防设施建筑面积÷测绘报告确定的总建筑面积×建筑安装工程费（不包含有明确受益对象的室内精装修成本）”
“房地产开发企业将地下人防设施无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除”。
十六、购买在建项目进行继续建设再转让，如何扣除？
由于在建工程出让方在出让在建工程土地增值税清算时，相应的土地和开发成本已经加计扣除，为避免重复扣除，办法第三十三条规定“房地产开发企业购买在建项目后，继续投入资金进行后续建设，在清算时，其购买在建项目所支付的价款和契税允许扣除，但不得作为房地产开发费用按比例计算扣除以及加计20%扣除的基数。后续建设支出的扣除项目处理按照土地增值税清算的有关规定执行”。
十七、符合什么条件，主管税务机关可对房地产开发企业实行核定征收？
办法第三十五条规定“房地产开发企业符合以下条件之一的，主管税务机关可实行核定征收”：
1.依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；
2.擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；
3.虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的；
4.符合土地增值税清算条件，房地产开发企业未按照规定的期限办理清算手续，经主管税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的；
5申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
十八、核定征收土地增值税的具体方法？
办法第三十七条规定“对房地产开发项目进行核定征收时，应分别核定收入或者扣除项目金额，确定增值额，按照适用税率计算土地增值税”。其中：
1.收入核定方法和顺序：一是按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定；二是由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。
2.土地价款核定方法和顺序：一是土地管理部门提供的土地价款证明，契税完税凭证，人民法院判决、裁定的土地转让价格，人民法院执行不动产拍卖的土地成交价格等；二是当年度同类地段交易价格；三是当年度同类地段基准地价。
3.四项成本（前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用）单位面积金额标准核定方法：一是参照当地建设工程造价管理部门公布的建安造价定额资料，结合房屋结构、用途、区位等因素核定；二是参照已完成清算审核的同期同类项目清算数据核定。
十九、土地增值税清算税款的补缴和退税期限是如何规定的？
办法第四十条规定“主管税务机关确定的补缴税款期限原则上不得超过90日。房地产开发企业提出退税申请的，主管税务机关应当自受理退税申请之日起90日内办理退还手续”。
二十、清算缴纳的土地增值税可以追溯调整吗？
办法第四十二条规定“房地产开发企业自结算缴纳土地增值税清算税款之日起三年内发生下列情形之一的，可向主管税务机关一次性提出申请，调整清算税额，退还多缴的土地增值税税款：一是清算时未取得合法有效凭证而在清算后取得的；二是清算时未支付款项而在清算后支付的；三是清算时应分摊但实际未能分摊的共同的成本费用，清算后能够按照受益对象、采用合理的分配方法分摊的”。