【景观生态学】宝儿关于Linkage Mapper的一个织毛衣碎碎念教程：（2）Linkage Mapper工具箱部分操作流程

菌菌碎碎念：

宝儿姐的文章完成了30%，后面还会有续集==我也要努力排版才能追上她的脚步呢。

先来复习下上一篇文章吧：【景观生态学】宝儿边织毛衣边碎碎念式教程—关于Linkage Mapper的一个教程：（1）数据准备接下来是今天的文章~

02Linkage Mapper工具箱

啊~~~说了这么多终于看到主题词了“Linkage Mapper”！看到这个名称可能大家还有点懵，那么提起最近很火的“电路理论”、生态“夹点”，大概大家就都知道了！首先先介绍下Linkage Mapper工具箱及相关原理叭！（抄的，我承认）

Linkage Mapper是用于支撑区域野生动物栖息地连通性分析的GIS工具。它由几个Python脚本组成，打包为ArcGIS工具箱，可以自动绘制野生动物栖息地连接走廊。开发者为了支持2010年华盛顿野生动物栖息地连接工作，并将其公开用于其他野生动物的连接性评估。

Linkage Mapper使用核心栖息地矢量图斑和阻力栅格来绘制核心区域之间的最低成本联系。阻力栅格中每一个像元都有一个反映能量消耗、移动难度或死亡风险的值。阻力值通常由像元特性决定，如土地覆盖或房屋密度，并结合特定的物种的景观阻力。当动物离开特定的核心栖息地时，成本加权分析会累积总运动阻力图。这些脚本使用ArcGIS和Python函数来识别相邻的核心区域，并在他们之间创建成本最低的走廊地图。这些脚本能够标准化和合并走廊地图，并形成一个综合走廊地图。结果显示，每个网格单元在提供核心区域之间的连接方面的相对价值，允许用户识别哪些走廊由遇到更多或更少的特性，这些特性有助于或阻碍核心区域之间的移动。

目前的版本新开发的工具，可用于绘制走廊内的夹点（使用Circuitscape），绘制具有高度网络中心性的核心区域和走廊。

03操作教程（大概？）

其实关于Linkage Mapper工具箱的使用手册是很详细的了，但！英文的手册有时候真的太晦涩了！因为宝儿姐菜菜的英语导致翻译问题，操作一度停滞。。。然后每天遇到困难就找菌菌嘤嘤嘤（找他也没啥用）。。。。大概也就持续了一个多月吧！最后！我在CSDN上找到了亲爱的小酥，简直抓住了救命稻草，所以我就把我知道的关于Linkage Mapper的操作捋一遍，分享给大家叭！科学问题什么的，你们自己发掘吧！（我废话好多哦）

◐ 数据准备（啊！又！）

在一个根目录比较浅的地方建立一个文件夹，不能有中文哦！！！也不建议直接放桌面，也不怎么浅的赶脚，我就直接M:\lm了，将前面准备好的源地图层（source）和综合阻力面（plus1）放进该文件夹中，嗯！数据就准备好惹！然后在ArcCatalog中加载该文件夹位置！！！（哈哈哈哈，这是问题的第一步，调用该工具箱并不是打开ArcMap后调用，而是在ArcCatalog里。我承认我菜，我第一步的打开方式就出错了！！！导致嘤嘤嘤了很久，劝退第一步！但知道了问题所在之后就一路顺利啦，啦啦啦啦啦嘻嘻，感谢小酥！）

图2-1｜在ArcCatalog中加载

加载了文件夹后，就找到Linkage Mapper工具箱所在位置，我们常用的工具就标记出来的这5个啦！其他的我也没试，我也不知道，不要问我，嘤嘤嘤。。。。我后面有时间再研究吧（大概也是100年后叭）。让我们一一康康这几个工具咯！

图2-2｜常用工具

◐ Linkage Pathways Tool

在该工具模块下仅有一个工具，即Build Network and Map Linkages，从字面意思上来看是建立网络和地图联系，简而言之就是廊道提取，在Linkage Mapper中廊道的提取也是基于最小耗费路径原理，具体的操作步骤及说明看看说明书中的示意图，这就很清晰了，所以具体的含义就看手册吧，我就不照搬手册啦啦啦~~~

图2-2｜Build Network and Map Linkages

点击该工具箱，在弹出页面内按照提示依次加载文件夹lm、源地source、源地编号ID和综合阻力面，在Process Steps部分step1、step2、step3、step4默认就好，step5部分这里是截断距离，也就是廊道的最大长度设置，一般就~~~~~具体问题具体分析吧！！！我这里就设置20000吧！！！哈哈哈哈，然后点OK，让它运行去吧！！！运行速度就看电脑配置和源地数量咯。。。曾经我也就跑了七八个小时叭！！！

图2-3｜Build Network and Map Linkages操作

跑起来咯~~~~快乐！又可以去划水摸鱼了~~~啊~~看标红的地方就知道这个运行时间真的就跟你的源地数量有关啦！！！（不是说源地多不好哈，仅仅就想废话两句）

图2-4｜等待ing

啊啊啊啊啊啊~~~宝儿姐吃了个午饭，然后睡了个午觉，打了会游戏。。。。它还在运行。。。哎~~~~去吃个晚饭吧！啊~~~吃完饭，赏完月，吃完月饼了。。。。终于跑完了！望眼欲穿也不过如此了。。。

图2-5｜望眼欲穿ing

让我们康康结果叭！！！直接加载lm\output\文件夹中的link_maps数据库里的lm_LCPs线文件，这就是最终的结果啦~~~数据库中其他的文件含义，去看说明书？嗯，去看说明书吧！

图2-6｜生态廊道提取结果

很多人都说哇Linkage Mapper可以生成生态流通道，呐~~~就是在output文件夹中的lm_corridors_truncated_at_20k啦~~~带有“宽度”信息的生态廊道，这也是Linkage Mapper区别于其他方法的优势之处之一。但这个20k的连接宽度截止阈目前大家都基于经验值多次尝试。

图2-7｜生态流通道

◐ Additionsl Tools

在运行这一工具时是需要调用软件Circuitscape，来实现运用电路理论提取生态“夹点”和生态“障碍点”。所以在运行之前要确保电脑中已安装好Circuitscape软件。

后面还没写完，就等到下回分解吧~~~~

分享：Circuitscape安装包、Linakge Mapper工具箱和Linkage Mapper英文手册下载网址：https://circuitscape.org/downloads/

如果不想自己去下载，就接受套路，在后台回复“LM”。

作者｜宝   儿

排版｜数读菌

校阅｜数读菌

那今天就到这里结束啦，欢迎留言讨论。文中的图片文字未经许可不要随便“引用”。

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